主要職責
（一）貫徹執行國家和省環境保護的法律、法規和方針、政策；擬訂並組織實施全市環境保護政策、規劃和規範性檔案；組織編制全市環境功能區劃；組織擬訂並監督實施重點區域、流域污染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃。
（二）負責全市重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重大以上環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調縣（市）區政府重大以上突發環境事件的應急、預警工作，協調解決有關跨區域環境污染糾紛，統籌協調重點流域、區域污染防治工作。
（三）承擔落實國家和省政府減排目標的責任。組織制定主要污染物排放總量控制和排污許可證制度並監督實施，提出實施總量控制的污染物名稱和控制指標，督查、督辦、核查縣（市）區污染物減排任務完成情況，負責環境保護責任目標、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、市財政性資金安排的意見，按市政府規定許可權，審批、核准市規劃內及年度計畫規模內固定資產投資項目，並配合有關部門做好組織實施和監督工作；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展，參與應對氣候變化工作。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受市政府委託對市重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價，對涉外環境保護的地方性法規、規章草案提出有關環境影響方面的意見，按規定許可權審批開發建設區域、項目環境影響評價檔案。
（六）負責全市環境污染防治的監督管理。制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等污染防治管理制度並組織實施，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
（七）指導、協調、監督全市生態保護工作。擬訂全市生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。指導、協調、監督全市自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作，協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治等工作；協調、指導農村生態環境保護；監督生物技術環境安全，牽頭生物物種（含遺傳資源）工作，組織協調生物多樣性保護。
（八）負責全市核安全和輻射安全的監督管理。實施國家、省有關政策、規劃、標準，參與核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理工作；監督管理核設施安全、放射源安全，監督管理核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治；對核材料的管制和民用核安全設備的設計、製造、安裝和無損檢驗活動實施監督管理。
（九）負責環境監測和信息發布。執行國家、省環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理市環境監測網和全市環境信息網，建立和實行環境質量公告制度，統一發布全市環境綜合性報告和重大環境信息。
（十）開展環境保護科技工作。組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，推動環境技術管理體系建設；參與組織協調全市有關環境保護的國際交流與合作事務。
（十一）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施焦作市環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十二）承辦法律、法規、規章規定的行政許可、審批、審核、核准等事項。
（十三）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市環境保護局設10個內設機構。
（一）辦公室。負責機關文電、會務、機要、檔案、信息、安全、保密、計生、政務公開、綜合治理、後勤等工作；承擔全市環境保護責任目標管理工作；負責機關和直屬單位財務、國有資產管理、政府採購、內部審計工作。
（二）宣傳教育科。組織實施全市環境保護宣傳教育工作；組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；承擔新聞審核和發布工作；組織開展全市環境保護系統幹部培訓教育工作。
（三）綜合計畫科。組織編制全市環境功能區劃、環境保護規劃；協調、審核環境保護專項規劃；審核城市總體規劃中的環境保護內容；負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向，會同有關部門就環境保護專項資金提出安排意見；負責組織全市環境保護建設項目爭取外來資金；負責開展全市環境保護系統國際交流與合作工作；負責組織制定地方環境監測制度和規範，組織開展全市環境監測，調查評估全市環境質量狀況並進行預測預警；承擔市環境監測網和全市環境信息網的有關工作；承擔發布全市環境質量狀況的有關工作。
（四）法制科。組織開展環境保護政策調查研究；組織擬訂全市環境保護政策和規範性檔案；指導、協調全市環境保護法制建設；指導和監督環境保護依法行政，負責環境保護行政處罰；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；組織機關行政複議、應訴及賠償工作；負責處理信訪和辦理民眾舉報工作。
（五）人事科。承擔機關、直屬單位的黨群、人事和機構編制管理工作；承擔縣（市）區環境保護部門領導幹部雙重管理有關工作；承擔環境保護行政體制改革有關工作；承擔機關退休幹部管理工作，指導直屬單位退休幹部管理工作。
（六）污染物排放總量控制科。擬訂全市主要污染物排放總量控制和排污許可證制度並組織實施；提出總量控制計畫；考核總量減排情況；承擔全市環境統計和污染源普查工作。
（七）環境影響評價與輻射環境管理科。承擔全市規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價工作；指導全市建設項目的環境管理工作；監督管理環境影響評價機構資質和相關職業資格；對超過污染物總量控制指標、生態破壞嚴重或者尚未完成生態恢復任務的地方，承擔暫停審批除污染減排和生態恢復項目外所有建設項目環境影響評價檔案工作。擬訂並監督實施全市核與輻射環境保護政策，起草有關規範性檔案；承擔全市核事故與輻射環境事故應急工作；對全市電磁輻射、核技術套用、射線裝置和伴生放射性礦產資源的開發、生產、銷售、儲存、使用中的污染防治以及放射源退役後的安全和防護實施監督管理；負責市管輻射建設項目的環境管理工作。
（八）污染防治科。擬訂全市水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等污染防治規範性檔案並組織實施；組織實施排污申報登記、跨縣（市）區界河流斷面水質考核等環境管理制度；組織擬訂全市有關污染防治規劃並對實施情況進行監督。
（九）科技生態科。擬訂全市自然生態保護規劃並監督實施；提出新建和調整各類自然保護區、生態功能保護區審批建議；指導、協調、監督全市自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作；組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作；開展全市生態狀況評估；指導生態示範建設與生態農業建設；協調和監督生態破壞恢復整治、野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治等工作；指導農村土壤污染、畜禽和水產養殖污染防治工作；組織擬訂全市環境保護科技政策；負責編制環境保護科技發展規劃；組織環境保護重大科技攻關和實施技術示範工程。
（十）行政事項服務科。負責統一受理（辦理）送達行政許可事項；負責審核受理材料，催辦督辦有關行政事項辦理進度，協調相關科室及部門處理許可事項報批過程中的有關問題。依據法律、法規和規章規定，承辦對下列事項的許可審批：1.建設項目環評報告及環保“三同時”驗收審批；2.排污費的減、免、緩審批；3.排污單位拆除、閒置、關閉及改變防治設施審批；4.向大氣（水體）排放污染物許可；5.收集、貯存、處置危險廢物經營許可證核發。
人員編制
市環境保護局機關行政編制為36名（含單列紀檢編制1名、監察編制2名）。其中：局長1名，副局長3名；正科級領導職數12名（含總工程師1名、機關黨委專職副書記1名），副科級領導職數5名。
機構改革
2018年12月22日焦作市機構改革方案發布，組建焦作市生態環境局 。將市環境保護局的職責，以及市發展和改革委員會的應對氣候變化和減排職責，市國土資源局的監督防止地下水污染職責，市水利局的編制水功能區劃、排污口設定管理、流域水環境保護職責，市農業局的監督指導農業面源污染治理職責等整合，組建市生態環境局，作為市政府工作部門。
整合各縣（市、區）相應生態環境管理職能，組建各縣（市、區）生態環境分局，作為市生態環境局的派出機構。市縣生態環境監測監察機構垂直管理改革按中央及省有關部署實施。
不再保留市環境保護局、縣（市、區）環境保護局。
