一、職能調整
將指導和管理社會審計的職能交給市財政局。
二、主要職責
根據上述職能調整，市審計局的主要職責是：
（一）貫徹執行國家和自治區有關審計工作的方針政策，草擬審計地方性法規、規章並監督執行；確定審計工作重點，制定審計工作計畫。
（二）向市人民政府報告和向市有關部門通報審計情況；提出制定和完善有關政策法規、區域經濟調控措施的建議。
（三）依據《中華人民共和國審計法》的規定，進行下列審計：
1．市財政預算執行情況和其他財政收支。
2．市人民政府各部門、直屬事業單位及所屬單位的財務收支。
3．區（縣）政府預算執行情況和決算。
4．地方金融機構的資產、負債和損益狀況。
5．市人民政府有關部門管理的和受市人民政府委託由社會團體管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
6．負責對國有企業的資產、負債、損益進行審計監督。
7．負責對國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支進行審計監督。
8．其他法律法規規定應由市審計局進行的審計。
（四）向市長提交烏魯木齊市預算執行情況的審計結果報告；受市人民政府委託向市人大常委會提出烏魯木齊市預算執行情況和其他財政收支審計工作報告。
（五）組織實施對貫徹執行國家財經方針政策和區域經濟調控措施情況的行業審計、專項審計和審計調查；按規定組織對縣級黨政領導幹部和國有企業、國有控股企業法定代表人進行任期經濟責任審計；指導區（縣）審計機關對縣級以下黨政領導幹部進行任期經濟責任審計；依法受理被審計單位對區（縣）審計機關審計決定的複議申請。
（六）根據有關法律法規和市人民政府規定，對市屬國有大中型企業和國家重點建設項目進行審計監督。
（七）承擔自治區審計廳授權的審計事項；組織領導、協調監督區（縣）審計機關的業務；監督社會審計組織的審計業務質量，組織審計專業培訓。
（八）承辦市人民政府交辦的其他事項。
三、機構設定
烏魯木齊市審計局內設12個職能處室和3個派出機構，各處室、派出機構名稱及主要職責如下：
一、辦公室
負責機關綜合協調、文秘、檔案、信息、信訪、財務、安全保衛、綜合治理等行政管理工作；擬定審計工作規劃，安排年度審計項目；負責審計統計工作。
二、組織人事教育處
負責機關及所屬事業單位的黨群、組織人事、機構編制工作；負責機關離退休人員管理工作；協助管理區（縣）審計部門負責人。
三、紀檢監察室
負責機關及所屬單位的紀律檢查和行政監察工作。
四、法制處
負責擬定審計地方性法規、規章；組織對區（縣）審計機關和社會審計組織審計業務質量的監督檢查；負責行政複議和應訴工作；審核與覆核局機關和派出審計機構的審計報告、審計意見書和審計決定；組織實施審計普法教育；指導區（縣）審計機關的法制工作。
五、財政審計處
擬定市級預算執行情況審計總體方案，匯總審計結果；負責審計本級預算執行情況、市地方稅務局系統稅收征管情況、市級國庫辦理市級預算資金收納撥付情況；負責對區（縣）政府預算執行情況和決算進行審計監督；負責對市財政局、市地方稅務局及其下屬單位的財務收支狀況進行審計監督；指導區（縣）財政審計業務。
六、行政事業審計處
負責審計與市財政有撥繳款關係的市人大機關、市政協機關、市中級人民法院機關、市人民檢察院機關和政黨組織、社會團體的財政財務收支；負責審計政府有關部門和直屬事業單位的財務收支；開展專項審計和審計調查；指導區（縣）行政事業審計業務。
七、經貿審計處
負責組織對市屬國有大中型企業和國有控股企業進行審計監督；開展專項審計和審計調查；指導區（縣）經貿審計業務。
八、農牧與資源環保審計處
負責審計人民政府有關部門管理和受市人民政府委託由社會團體管理的農業、畜牧業、林業、水利、資源環保、扶貧開發等專項資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查；指導各區（縣）農牧與資源環保資金審計業務。
九、社會保障審計處
負責審計市人民政府有關部門管理和受市人民政府委託由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支，以及各項社會福利、救災救濟、優撫安置和社會捐贈基金、資金的管理使用情況；開展專項審計和審計調查；指導區（縣）社會保障審計業務。
十、固定資產投資審計處
負責對市重點建設項目的概預算執行和決算進行審計監督，組織對其它建設項目的審計監督；開展專項審計和審計調查；指導區（縣）固定資產投資審計業務。
十一、外資運用與金融審計處
負責對本市運用國際組織和外國政府貸款、援助和捐贈項目的財務收支進行審計監督；開展專項審計和審計調查；負責審計地方金融機構的財務收支、信貸計畫的執行和財務收支；開展專項審計調查。
十二、經濟責任審計室
按規定對縣級黨政領導幹部和市屬國有企業、國有控股企業法定代表人進行任期經濟責任審計；開展專項審計和審計調查；組織協調區（縣）審計機關對縣級以下黨政領導幹部和國有企業法定代表人進行任期經濟責任審計。
十三、烏魯木齊市審計局派出審計一處
負責經濟技術開發區、高新技術產業開發區審計工作。
十四、烏魯木齊市審計局派出審計二處
負責公、檢、法、司、城建系統審計工作。
十五、烏魯木齊市審計局派出審計三處
負責文化、教育、衛生、農牧系統審計工作。
