歷史
乾隆時期
1755年，清軍平定準噶爾，三年後又消滅阿睦爾撒納勢力，西域底定。乾隆皇帝把這片土地命名為“新疆”，取名為新辟疆土，出自1760年乾隆給陝甘總督楊應琚的諭令:“新辟疆土如伊犁一帶，距內地遠，一切事宜難以遙制。”
1759年，清朝平定回部的大小和卓之亂，採用伯克制和軍府制，開始統治南疆。其後大和卓之孫和卓玉素普、張格爾等數次回國叛亂。回部之前在準噶爾暴力統治之下。而準噶爾部的滅亡也導致新疆及中亞部分（吉爾吉斯斯坦全部，塔吉克斯坦、烏茲別克斯坦部分，哈薩克斯坦東部）完全伊斯蘭化。之前此區域統治民族準噶爾部蒙古全民信奉藏傳佛教。1762年，清朝在伊犁設立伊犁將軍，統一行使對天山南北各地的軍政管轄。
道光時期
1826年大和卓之孫張格爾依附英國叛亂，後被擒至北京處死。
和卓家族源於中亞的伊斯蘭教蘇菲派領袖瑪哈圖木·阿雜木（艾哈邁德·卡薩尼）。瑪哈圖木·阿雜木的後裔號稱“和卓”，於明代末年遷入葉爾羌（今新疆莎車）、喀什噶爾（今喀什市）等地，分為黑山派和白山派。清乾隆年間，白山派和卓波羅尼都、霍集占兄弟擁兵反叛，史稱“大小和卓之亂”，被清軍平定。此後，波羅尼都之子薩木薩克流亡於布哈爾、浩罕一帶，生有三子：和卓玉素普、張格爾、巴布頂。浩罕伯克認為和卓後裔奇貨可居，將其視為入侵中國新疆的工具。
道光初年，張格爾、玉素普在浩罕的支持下先後進入新疆西部作亂，皆被清兵平定。浩罕則通過入侵戰爭掠奪了大量財富，並逐步攫取在新疆西部的貿易特權。平定張格爾之亂後，欽差大臣、直隸總督那彥成嚴禁與浩罕通商，使浩罕經濟遭受重創。道光十一年（1831年），浩罕遣使議和，並重新開始進貢。清廷為了換取邊境的安寧，於次年準許重開貿易。此後的十幾年間，雖然軍事行動暫時收斂，但浩罕利用其庇護的和卓後裔侵略新疆的政策並未改變。居住在浩罕的和卓子嗣也長大成人。
玉素普、張格爾、巴布頂兄弟的子孫很多，幾乎全部住在浩罕。邁買的明、克齊克罕（名阿布都拉）是和卓玉素普之子，邁買的明在同輩人中最年長，因此被稱為“ 卡塔條勒”，意為“大頭領”。倭里罕是巴布頂之子。塔瓦克爾、薩比爾罕、阿克恰於、伊善罕四人的譜系不明，均為和卓玉素普的侄輩。道光二十五年（1845年），胡雅達爾即任浩罕汗，重新開始糾集和卓後裔及中國境外的柯爾克孜人侵擾新疆。
同治回亂
從1862年至1873年在中國陝西、甘肅爆發的一次境內的穆斯林對漢族之間的仇殺。它維持了十年多，波及陝西、甘肅、寧夏、青海和新疆等地區，最後被以漢人湘軍為主的清朝軍隊鎮壓。而同治回亂的很多穆斯林首領也退到新疆，或借道新疆逃往俄羅斯。
19世紀中葉，俄國威脅清朝的整個北部邊境。1864年的塔城條約將新疆西北部巴爾喀什湖以南大片土地割讓給俄國，這些土地現在分別屬於哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦。
1871年，俄國侵占包括伊犁城（伊寧市）在內的伊犁河谷，當時清朝在新疆只剩下塔城、哈密等少數據點。
1875年，清朝陝甘總督左宗棠就任欽差大臣，督辦新疆事務。到1877年底，清軍陸續收復了中亞浩罕汗國阿古柏侵占了多年的天山南北，史稱“清軍收復新疆之戰”。1881年，清政府收復被沙俄占領長達11年之久的伊犁地區。1884年（光緒十年）11月19日，清政府頒發上諭，任命劉錦棠為新疆巡撫，魏光燾為新疆布政使，標誌著新疆省的正式建立。 新疆省，實行與中國本部18省一樣的行政制度，由巡撫統管全疆各項軍政事務，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今烏魯木齊）。
開發治理
清朝時期對新疆的經略治理，其規模和深度皆遠勝於此前中原歷代中央王朝，新疆經濟社會得到前所未有的發展進步。
（1）屯田戍邊，屯墾事業規模空前。清朝在新疆屯田始於清康熙、雍正年間，起初是以籌集軍糧為主旨的兵屯，至新疆統一後，得到了進一步發展，形成包括兵屯、回屯、民屯、旗屯、犯屯等多種屯墾形式的農業開發事業，屯田範圍和規模也比從前有很大拓展，不僅推動了新疆農業經濟的進步和社會的發展，還為新疆近代乃至現代農業的發展準備了條件，而且鞏固了清朝對天山南北各地的統治。
（2）新疆的移民及人口增長。由於平定準噶爾叛亂的戰爭及新疆統一後社會相對安定，內地居民大批入疆，這中間有派遣鎮戍邊疆的軍人，也有由政府招募移民實邊的普通百姓。大批滿族、漢族、蒙古族、錫伯族、索倫（達斡爾族）伴隨著清朝平叛的軍事行動進入新疆，新疆的民族成分與分布格局發生了很大變化。據統計，這一時期新疆人口的發展速度和增長率均高於同期全國平均水平。清朝新疆移民及人口的增長有益於當地經濟的發展和社會進步。
（3）新疆的商業貿易有一定發展。新疆統一後，天山南北官方及民間商業都很活躍。一方面表現在官營商鋪的設立，進入新疆的俄羅斯族和烏孜別克族多為從事經營的商人；另一方面，體現在清政府對於商品貿易的有效管理，特別是對對外貿易所進行的嚴格控制。新疆的財政管理以及稅收制度逐步建立，鑄造局統一幣制，逐漸同中原內地接軌。
（4）興辦各種文化教育事業。清朝在新疆各地興辦義塾，發展文化教育事業，仿內地建置，建學宮，設訓導，行科舉。到光緒末年，實行“新政”，廢科舉，興學堂，烏魯木齊、伊犁等地出現首批新興學堂，一些青年甚至被選派出國留學。
歷史意義
我國歷代中央王朝能夠長期維持對新疆地區的管轄和治理絕非偶然，除了新疆與中原地區源遠流長的密切的經濟、文化聯繫，歷代中央王朝制定的政策和實施對新疆各族所具有的吸引力之外，更為重要的是，國家統一乃新疆各族民心所向。歷代中央王朝對新疆的管轄和治理順應了我國統一發展的歷史趨勢。中國自秦漢以後就是一個統一的多民族的文明古國，統一的歷史悠久綿長，積極追求統一、竭力維護統一是中華民族各民族的光榮傳統。無論西漢設立西域都護府還是唐朝平定叛亂，以及清朝統一新疆，中央政府維護新疆統一的軍政活動，都能得到新疆各族民眾的積極回響和大力支持，期盼統一、追求統一是新疆各族人民的人心所向。統一的意識已成為我們偉大祖國2000多年歷史長河的強大精神力量。
