根據2011年5月國務院頒布的《平潭綜合實驗區總體發展規劃》，海關給予平潭以下三項優惠政策措施。
第一項是創新通關制度和措施，即：按照既有利於平潭開發和人員、貨物、交通運輸工具進出方便，又有利於加強查驗監管的原則，實施一線放寬、二線管住、人貨分離、分類管理的管理模式。第二是實施優惠稅收政策，除了研究制定平潭綜合實驗區《“一線”不予免稅或保稅貨物清單》和《“二線”不予退稅貨物清單》外，對區內生產性企業加工生產的產品出區內銷，企業可採取“選擇性徵稅”的辦法，即可按照產品出區狀態或折算成料件申報徵稅。第三，在平潭設立出境開放口岸的前提下，按現行有關規定設立口岸離境免稅店。參照現行大嶝對台小商品交易市場模式，支持在平潭設立一個台灣小商品交易市場。《中華人民共和國海關對平潭綜合實驗區監管辦法（試行）》（以下簡稱“《辦法》”）8月1日起實行，遊客每天可在平潭對台小額商品交易市場購買6000元免稅商品。
海關對平潭地區“一線放寬、二線管住、人貨分離、分類管理”的管理模式。
“一線放寬、二線管住、人貨分離、分類管理”的分線管理模式，是國家總結現有海關特殊監管區域優惠政策賦予平潭的特殊、優惠的區域性政策。目前全國僅平潭和珠海橫琴新區實施該模式。
所謂一線、二線，就是平潭與境外之間的口岸設定為“一線”管理，而平潭與我國關境內的其他地區（簡稱為區外）連線的通道設定為“二線管理”。“一線”具有口岸功能，所有進境的保稅貨物採取備案管理，關稅征管和貿易管制措施實行從優措施。“二線”具有海關特殊監管區域功能。目前一期建設將海峽大橋平潭端作為二線的界線，以此界定區內和區外。“人貨分離、分類管理”，則是對進出區的貨物、人員、交通工具實行通道式管理，海關管住該管的對象，實行區別化管理，實現有效監管、高效運作的管理要求。
分線管理模式賦予了平潭綜合實驗區更加靈活的貿易管制政策。《辦法》規定，進口貨物在“二線”執行貿易管制政策；出口貨物在“一線”執行貿易管制政策。這與目前海關特殊監管區域不論進出口貨物原則上均在二線執行貿易管制政策有很大的突破，使得平潭貿易管制措施更靈活、更便利。
該模式是海關適應平潭關於兩岸交流合作和兩岸共同家園建設的需求，應對保稅加工、保稅服務等業態發展進行的探索和創新。
平潭主要享受的“免、保、退、選”四大稅收優惠政策。
平潭主要享受“免、保、退、選”四大稅收優惠政策：“免稅”和“保稅”是指從境外進入平潭與生產有關的貨物，不屬於《一線不予免稅貨物清單》或《一線不予保稅貨物清單》所列商品的，就可以實行備案管理，享受免稅或保稅政策，其中兩份《清單》（參閱財政部網站“財關稅【2013】62號文”）；“退稅”是指與生產有關的貨物由區外入島，即可享受出口退稅；“選”就是選擇性徵稅。
選擇性徵稅的概念及對企業的優惠。
《國務院關於平潭綜合實驗區總體發展規劃的批覆》提出了選擇性徵稅概念，即：對設在平潭的企業生產、加工並經‘二線’銷往內地的貨物，可以根據企業申請，按其對應進口料件或按實際報驗狀態徵收關稅政策。
此項政策賦予企業選擇關稅計稅的權利，即哪一種算的稅款低，企業就可以選擇哪一種繳納關稅。另外需要說明的是，根據國家規定，增值稅、消費稅的計稅價格，企業不能選擇，一律按貨物報驗狀態徵收。
在平潭對台小商品市場購買免稅商品的具體規定。
答：平潭島內居民和遊客憑身份證進入台灣小商品交易市場後，每人每天可以購買6000元免稅商品，包括糧油食品、土產畜產、紡織服裝、工藝品、輕工業品和醫藥類等6大類，其中糧油食品類包括糧油製品、食用動物及其產品、食用植物及其產品、水產品、食品製成品。土產畜產類包括茶葉、咖啡、可可、香調料及香料油、山貨、畜產品、煙類。紡織服裝包括紡織品、絲織品、服裝。工藝品類包括陶瓷、地毯及裝飾掛毯、工藝品。輕工業品類包括家用電器、箱包及鞋帽、文體用品、日用五金器皿、鐘錶、家具、日用雜品、紙品。醫藥品類包括中成藥、藥酒。
需要注意的是部分商品有購買數額限制，例如雪茄菸每人每天500克以內免稅，酒精度在12度及以上的酒類商品每人每天2000毫升以內免稅，咖啡每人每天5公斤以內免稅。
