管理上設校辦公室、教務科、總務科。教師均由國內、外醫科大學畢業的醫師、教師擔任，校長林筱海(兼教公共衛生學和流行病學)。醫學課的教師計有林筱筠、馮寶 、姚士湖、陳學謙、韋天望、符和京、陳家澤、王石池、黃福康、黃福江、陳光遠、鍾衡石，教化驗技術的有陳漢川、溫孟學等。
除課堂講授外，還利用設於椰子園的陸軍醫院作為臨床教學的實習基地，各臨床課的教師也多是該院的醫師。
學生分兩部制，設高級和初級兩個班，每班學生每年招收40名，高級班從國中畢業生考試入學，二年畢業。初級班從國中肄業或高小畢業生中考試錄取，學制一年結業。初級結業後，可繼續升入中高級班學習。l947～1950年5月間，共培養中級醫學人才200人。l951年，該校同海南大學醫學院合併成立海南醫學專門學校。
