瓊山中學創辦於一九一三年四月十五日。系由民國初年的瓊山縣縣立第一高等國小發展而成。而後又合併瓊山縣縣立師範學校。上述兩之蹤跡，則源於宋明年間的瓊崖“雁峰書院”。 明代名臣丘浚和海瑞二公曾求於雁峰書院。雁峰原位於府城南門，原地稱“瓊庠”，對面有個三元峰，因常有雁群聚棲，當時在此讀書的丘浚便作《雁聚瓊庠記》。後人遂取名“雁峰書院”。清朝末年，由於時代思潮的衝擊，科舉制度被廢除，各地書院相繼改為學校，雁峰書院當時也改為雁峰兩等國小（即高等和初等國小）。不久又改為高等國小，這就是瓊山中學的前身。
一九一一年，雁峰高等國小在校長曾對顏先生的領導下發展迅速，規模不斷擴大，學校聲譽日高。一九一三年遂奉命改為瓊山縣縣立第一高等國小，由當時的瓊山縣開明紳士張瑞鑾任校長。張校長到任不久，就在第一高等國小的基礎上著手創辦瓊山縣縣立中學（附設國小部）。張瑞鑾升任中學校長。確定四月十五日為學校創辦日。
中學創辦初期，校舍緊缺，為解決這一困難，一九一四年經當時瓊山縣縣長蔣宗堪裁決，將中學部和國小部分開，中學部暫代府城古樓附近的蘇泉書院為校址。一九一七年，為適應全縣國小迅速發展的需要，社會上熱心教育的人士便將國小部改為縣立師範學校，並將瓊崖工業學堂洋樓拆掉，在清代中軍游擊府遺址新建校舍（該校現校址的東側）。縣立師範學校及附屬不學但從雁峰書院遷入新址。一九二二年，瓊山縣立中學也因蘇泉書院校址窄小，難展宏圖，且系借用之地，非長久之計，後經 省府批准，將當時破爛不堪的瓊州府
舊府署修繕一新，於當年十一月十一日興校遷入新校址（現校址）。然而，由於與縣師範只是一牆之隔，教學和生活安排都頗感不但，一九二六年二月，縣教育會長李春榮便呈報省教育廳批准，將兩校合併。一九三一年，師範班和國小班停止招生，瓊山中學便成為單純的普通中學。在師生員工的鼎力奮鬥下，學校生機勃發，規模不斷擴大，此段發展變遷延至一九三七年。
不幸的是，當時日敵侵華，國難當頭，民族面臨危亡，府城屢遭日幾機轟炸騷擾，為師生安全計，學校遷至瓊山縣龍塘墟（現龍塘鎮）。一九三九年海南淪陷，學校被迫停課。自雁峰書院以來
所積存的貴重書籍和資料，師生檔案及教學設備等，在日寇的鐵蹄下蕩然無存，幾經滄桑而發展起來的瓊山中學，也跟災難深重的祖國一道，慘遭浩劫。學校雖然提課，但瓊中的學子們為了追求知識和真理，仍幾個人、十幾人乃至幾十人自動聚在一起，分散在各地繼續學習，其精神令人欽佩。
一九四五年抗戰勝利，縣長陳哲委任陳繼福為校長，組織瓊山中學在甲子墟複課。校址設在甲子墟的國小里，分散在各地的師生陸續返校。是年十一月，學校從甲子遷至海口市西門外竹林村的原日偽瓊 崖女子一中校址。一九四六年上半年又從海口遷回府城原址，並多方發動社會力量集資，整修校舍。當
時的縣商會和縣公產整理委員會陸繡軒、王先生等都給予大力資助。至一九四九年，學校發展已具相當規模。國中已招76個班，高中部已招10個班。
一九五零年五月海南解放，瓊山縣人民政府派員接管瓊山中學，在新校長未委派之前，由梁朝棟（馮白駒將軍當年的老師）、曾祥鵬、呂承徽等五位老師組成校務委員會，負責學校行政事務。八月，海南文教處派王運應接任校長。
此後，在黨和人民政府的重視下，縣委書記兼縣長王月波極為關心並大力支持瓊山中學辦學。學校諸多困難得到解決，師資隊伍不斷充實，校舍每學期都有所擴建，學校圖書館藏書下下子增至5000多冊，各類教學儀器也有400多件，教學質量顯著提高。一九五一年，海南文教處舉辦作文、歌詠、美術、演講、壁報和足、排、籃球等比賽，我瓊山中學學生均名列前茅。
一九五二年五月，瓊山中學隨瓊山縣人民政府一起遷往嶺腳。但由於那裡嶺高地僻，交通不便，各方麵條件都較差，一九五五年五月，一段穩定發展的時期，辦學質量有明顯提高。楊茲楠考上清華大學，吳坤定等一批學生分別考取北大、復旦等全國名牌大學生。
一九五八年十二月一日，瓊山縣同海口市實行市縣合併，學校遂改名為海口市第三中學。一九五九年十月十八日，瓊山復縣，學校又復名為瓊山中學。至此，瓊山中學幾經遷址和易名，應該是立穩腳跟等展宏圖了。
然而，一九六六年下半年，全國發起“文化大革命”，學校發展又遭挫折。與全國各地一樣，學校“停課鬧革命”。一九六六年下半年學校又改名為“海南前哨中學”，一九六九年下半年才復名為瓊山中學。時至一九七六年，學校正常的教學秩序才得到真正的恢復，學校開始迅速發展。一九七八年原教學大樓落定，各方面的辦學條件得到很大的改善。一九七八年，學校被定為瓊山縣重點完全中學，師資力量得到調整和充實，學校的教學質量和辦學成績都顯著提高，聲譽日益提高，影響不斷擴大。
中國共產黨第十一屆三中全會以後，特別是改革開放海南建省辦大經濟特區以來，瓊山中學更是迅猛發展。學校的校容校貌建設和辦學條件，從根本上得以改變。由瓊山縣政府撥款，一九八四年建成科學館，一九八六年建成圖書館。一九八五年由著名校友楊茲楠捐贈人民幣柒萬元建成新校門，同時捐贈人民幣伍萬元設立“楊茲楠獎學金”。一九八八年由旅港鄉
親黃有雄先生捐資人民幣捌萬元建成“有雄樓”、由旅港鄉親、校友黃奕金先生出資人民幣叄萬元建成兩個讀書亭——“敬師亭”和“校友亭”；一九九二年由台胞吳乾華先生捐資港幣肆拾萬元建成乾華樓；一九九三年由瓊山市洗篤信先生贊助人民幣捌拾萬元建成篤信藝術館，符昌海先生和雲龍鎮政府分別捐贈人民幣伍萬元建成昌海廊和雲龍廊；一九九四年由瓊山縣人民政府撥款三百萬元改造大操場，建起宏偉壯觀的司禮台和標準的三百米八道跑道，改造了全校的排水系統，徹底解決了大操場常年積水淤泥問題；一九九二年至一九九七年學校男女學生裝宿舍樓、商品公寓樓、第4至第8棟教工宿舍樓相繼落成；瓊山市青年企業家鄭先平先生向學校贊助人民幣壹佰伍拾萬元，用於改造校道，裝備校文工團等。鄭先平先生被瓊山市人民政府聘為瓊山中學名譽校長。由瓊山市人民政府撥款捌佰萬元，瓊山市青年企業家許振發先生贊助壹佰伍拾萬元，學校自籌壹佰伍拾元籌建，一九九九年九月二十九日剪彩落成全省一流的新教學樓；同年十二月，學校自籌壹佰貳拾萬元改造學生食堂。從根本上改變了學生零散用餐的歷史，為學生提供了衛生條件好的食堂，用餐舒適的餐廳。社會上關心教育的人士和廣大校友都對瓊山中學辦學給予支持。自此，學校的辦學硬體已具備相當規模，教育質量也一年比一年提高。
一九九二年升入各類大專院校的學生人數突破三百人大關，此後每年高考升學率一年比一年提高。很多品學兼優的學生考入清華大學、北京大學、中國人民大學、復旦大學、武漢大學、中山大學等全國名牌大學，二000年許敏考入北京大學，二000一年何賢超、陳定佳考入清華大學。中考成績也一直居瓊山市前茅；近10年間學生參加全國、全省學科競賽有438人次獲獎。學校男子排球89至91年連續三年獲得全國中學生“振興中華杯”排球賽第二名，在省內比賽也一直居於第二名的位置上；二00一年奪得海南省中學生排球錦標賽冠軍，並受海南省教育廳委託，組隊代表海南省中學生參加全國中學生第八屆運動會，在排球預賽中以全勝的成績奪得第一名，在決賽中奪得第三名。創造了海南省中學生參加全國中學生歷屆運動會的最好成績。學校文藝隊、歌詠隊多次獲得省比賽的好名次，在海府地區享有很好的聲譽；教師的教學論文、公開課評優課調教也多篇多人多次獲全國和省的獎勵，顯示了高水平的師資實力。學校一九九二年被國家教委收錄入《中國名校》一書。學校自一九九三年來，多次被評為海南省文明單位，衛生工作先進單位。
