機構設定
1、辦公室
主要職能： 協助局領導組織、協調、督促局機關政務工作；制訂局機關各項工作制度；負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、行政事務、新聞宣傳、資產、房產、信息、檔案管理以及後勤服務等工作。研究擬訂衛生人才發展規劃；指導全縣衛生人事制度改革；負責局機關和下屬醫療衛生單位編制、人事任免、勞動工資、崗位培訓、職稱等工作。編制衛生事業經費的預算、決算，協調、落實衛生事業經費；擬訂衛生財務管理規章制度並監督實施；協同有關部門指導全縣醫療衛生收費管理並監督檢查；指導全縣衛生基本建設，管理醫療衛生單位國有資產和基本建設。
2、醫政與科技教育股
主要職能： 研究提出衛生事業發展規劃，指導全縣區域衛生規劃工作，統籌與協調全縣衛生資源配置。監督醫療機構的醫療質量和服務質量，負責醫療機構和從業人員的監督管理；依法監督管理縣中心血庫的采供血及臨床用血質量；協助有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。負責全縣醫療單位藥品採購、使用、保管的監督管理，協助有關部門調查處理藥物不良反應等。研究擬訂縣醫學科技發展規劃和管理辦法；組織協調醫藥科研、指導醫學科技成果普及套用工作；擬訂醫學教育發展規劃。貫徹執行國家、省、市關於中醫藥工作的方針、政策，組織擬訂和實施中醫事業發展規劃、計畫。
3、疾病控制與衛生監督股
主要職能： 擬定傳染病、血吸蟲病、地方病、慢性非傳染性疾病與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施，組織對傳染病、地方病的綜合防治；組織調度全縣的衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、病情的發生和蔓延。研究提出地方性衛生政策；負責對衛生執法的監督，承辦有關政府法制事項；監督管理全縣傳染病防治及食品、職業、環境、放射和學校衛生。
4、基層衛生與婦幼保健股
主要職能： 研究擬訂農村衛生、社區衛生服務、初級衛生保健的發展規劃和服務標準；指導農村基層衛生組織的建設；擬訂婦幼衛生工作規劃、政策措施；指導全縣婦女保健、兒童保健業務，監督母嬰保健專項技術的實施。另按有關檔案規定設定紀檢監察室，負責衛生系統紀檢監察工作。
5、紀檢監察室
主要職能：負責衛生系統紀檢監察工作。
6、愛委會辦公室
主要職能：擬訂全縣愛國衛生工作長遠規劃、年度計畫、階段實施計畫，統籌協調縣愛國衛生運動委員會各成員部門工作職責的落實；組織開展農村改水、改廁工作；負責開展城鄉公共衛生經常性檢查工作，組織民眾性的社會衛生監督活動；擬訂全縣健康教育規劃，負責健康教育管理工作，組織開展除害防病工作。
機構職能
(1)、 貫徹執行黨和國家關於衛生工作的法律、法規和方針、政策，落實省、市有關衛生工作的規定，研究擬定地方性衛生政策；研究制定全縣衛生事業發展規劃並組織實施。
(2)、 研究提出區域衛生規劃；統籌規劃與協調全縣衛生資源配置，研究制訂全縣衛生人才發展規劃、社區衛生服務發展規劃和政策措施並指導實施。
(3)、 編制衛生事業經費的預算、決算；協同有關部門指導全縣醫療衛生收費管理並監督檢查。
(4)、 研究制訂全縣農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
(5)、 貫徹預防為主方針，開展愛國衛生運動和全民健康教育。制定對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治。
(6)、 指導全縣醫療機構改革；實施醫療機構執業許可制度和從業人員執業準入制度；組織實施國家和省關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範。
(7)、 依法監督管理中心血庫及臨床用血質量。
(8)、 研究擬訂全縣醫學科技、教育發展規劃，組織醫藥衛生科研，指導醫學科技成果的普及及套用工作。
(9)、 監督管理全縣傳染病防治及食品、職業、環境、放射和學校衛生工作。
(10)、 貫徹中西醫並重的方針，制訂、實施全縣中醫藥事業發展規劃；管理和指導全縣中醫和中西醫結合工作。
(11)、 承擔全縣血吸蟲病、地方病防治領導小組和縣愛國衛生運動委員會的日常工作。
(12)、 負責管理全縣醫療救護工作，組織調度全縣衛生技術力量，協助縣、鎮政府及有關部門對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
(13)、 負責全縣醫療單位藥品採購、使用、保管的監督管理，協同有關部門調查處理藥物不良反應等工作。
(14)、 承辦縣政府交辦的其他事項。
