1937年，沈海清調離清華大學，任中共北平郊區區委委員、北平市工人工作委員會宣傳委員。抗戰爆發後，化名林一民，到華北國民抗日軍中做政治工作，部隊改編為晉察冀軍區第五支隊時，任第三中隊政治部主任。1938年7月7日，為紀念"蘆溝橋事變"一周年，率部攻打石景山發電廠，致使全城停電，對北平震動很大。同年冬，去延安抗日軍政大學學習，結業後任西北財經辦事處金融貿易科長，留在陝甘寧邊區從事經濟工作。
1945年抗日戰爭勝利後，沈海清被派往東北，先後在瀋陽、哈爾濱、牡丹江等地貿易金融部門擔任領導職務。1949年夏，創辦東北保險公司，任經理兼東北銀行總行業務處長。
中華人民共和國成立後，沈海清先後在東北人民政府計畫委員會和國家計畫委員會任成本物價處長、副局長等職。1956年調任輕工業部計畫局局長。他在經濟工作中剛正不阿，直言不諱，1958年曾在黨的會議上陳述個人見解，反對浮誇和瞎指揮，受到打擊。"文化大革命"期間，再次受到迫害，到"五七"幹校勞動。1975年調回輕工業部任進口成套設備辦公室負責人，主管遼陽化纖公司的進口設備。此時，他患有嚴重胃病，仍奔波於北京、遼化之間，直至病情惡化確診為胃癌才住院治療。1976年9月8日逝世，終年64歲。
