主要職能可概括為“三大管理”，即農村承包契約管理、農民負擔監督管理、農村財務管理，具體工作職責：
1、宣傳貫徹落實黨在農村的法律、政策、方針，指導農村雙層經營體制，完善家庭聯產承包責任制，推廣各種先進管理經驗。
2、指導農村土地承包、耕地使用權流轉和承包契約管理，負責農村各類經濟契約的簽訂、鑑證、調解工作。
3、負責對鄉村集體經濟組織及其所屬企業、事業單位的財務審計工作。
4、負責對農民承擔費用和勞務管理的監督、監測工作，檢查農民負擔法律法規執行情況。
5、指導鄉、村集體經濟組織的財務管理和資產管理工作，負責對農村財會人員的政策培訓和業務培訓，搞好農村收益分配工作。
6、負責對農村經濟收支、農民收入及各類經濟數字的統計工作。
