進入新世紀，學院為適應江蘇經濟的大發展、實現“兩個率先”和自身發展的迫切需要，在機遇與挑戰並存的關鍵時刻，新的領導班子積極謀求改革的新突破和發展的新思路，審時度勢，及時做出了“創業與發展”的戰略決策，使學院取得了前所未有的跨越發展。學院自此進入了依託大都市優質資源辦學的新時期。學院面向全國招生，全日制在校學生已達1.2萬人。2006年學院共錄取普招專科生2900名，對口單招學生700名，五年制高職生800名，錄取分數線連續第三年位居全省第三，居文科類高職院校首位。
學院擁有兩個校區，其中位於江寧大學城的建築面積40萬平方米，總投資5億元的江寧新校區於2003年2月7日破土動工，在短短8個月的時間裡，克服重重困難，爭分奪秒、日夜奮戰，完成10萬平方米的一期工程建設,確保了當年秋季3000新生的正常開學，成為江寧大學城首批入駐的院校。目前，擁有現代化教育設施“園林式、生態型、智慧型化”的新校區已經基本建成。
學院擁有“雙師型”和中級以上職稱的教師400餘名。設有工商管理、貿易經濟、會計、信息技術、工程技術、人文社科（旅遊管理系籌建）、藝術設計、套用外語等八個系和體育部以及繼續教育學院和國際合作學院。專業設定形成了以商貿流通、現代服務業為主。文、理、工、藝多學科協調發展，計23個專業群37個專業方向，形成了普通專科、成人專科、成人本科、五年制高職、出國留學等多種辦學層次並舉的格局。
學院黨委堅持以科學發展觀總攬全局，在拓寬發展空間，改善辦學條件等外延方面取得顯著成績的同時，十分重視加強內涵建設。堅持以改革為動力，以創新促發展。堅持以就業為導向，努力把學院建設成為“立足商貿，服務企業，著力培養高素質技能型人才”特色鮮明的名校。在2005年人才培養工作水平評估中，榮膺“優秀”等級。
2006年，學院進一步鞏固與深化高職高專辦學水平評估優秀成果，提出了創建高水平示範性高職學院的新目標。綜合辦學水平穩步提高，辦學條件明顯最佳化，產學研協調發展，辦學特色更加明確和彰顯。在堅持走“現代化、特色化、國際化”的辦學之路，堅持面向市場、服務經濟等方面取得了一系列成績，為辦人民滿意的高職教育，為推進江蘇現代服務業和職業教育的健康發展和服務“兩個率先”，做出了新的貢獻。學院近幾年多次被授予“省文明單位”、“省文明學校”、“先進基層黨組織”等榮譽稱號。
為適應江蘇“十一五”期間將加快現代物流業、軟體業、金融業、商務和科技服務業、信息服務業、文化產業、旅遊業、房地產業、現代商貿業、居民服務業等十大重點現代服務產業發展的客觀需求，使人才培養與市場需求的有效對接。學院緊緊圍繞現代服務業產業，積極面向區域和地方社會經濟發展，積極調整專業結構，設定複合型專業和專業方向，著力構建現代服務類專業群。“財務會計”專業被評為省級品牌專業建設點，“電子商務”專業被評為省級特色專業。學院與江蘇省註冊稅務師協會率先簽定合作辦學和專業共建協定，共同培養註冊稅務師方向人才，2006年開始招生。開創了我國註冊稅務師行業人才定向培養的先河。
在省高職研究會首批成立10個專業協作委員會中，學院牽頭召開商貿與財經類專業協作委員會成立大會暨學術研討會；成為中國高職教育研究會副會長單位、中國高等教育學會常務理事單位、中國高等教育學會學術委員會（高職高專組）副組長單位，全國高職高專校長聯席會主席團觀察員單位，以及江蘇省高職研究會國際合作與交流研究委員會主任單位。學院牽頭成立了江蘇現代服務業職教集團，選擇了一大批社會知名度高、上規模、管理科學、技術先進的企業，建立了相對穩定的校外實踐基地。與江蘇五星電器有限公司、南京中央商場股份有限公司、南京新街口百貨商店股份有限公司、蘇果超市集團、金陵飯店集團等100多家服務業企業開展了多種有效的校企合作，培養和培訓企業急需的管理骨幹和從業人員。
學院投資80多萬元，建設大學生創業園。積極營造“鼓勵創業，寬容失敗，勇於創新，追求成功”的創業環境，培養大學生的創業意識和新型就業觀念，提升學生的實戰技能和經營管理能力。
在光華校區已經開工建設，總建築面積達58000平方米，具有國內一流水平的實驗實訓大樓。成立《江蘇歐普高校軟體人才培訓管理中心》的培訓基地，這是由省教育廳、美國歐普公司和我院三方共同投資合作的項目，計畫在“十一五”期間培訓、考核企業需要的6萬名軟體技術人才。
在江寧校區，建設示範性、共享型的江蘇流通現代化工程實訓基地，該基地共有七個中心組成，含有29個展廳。江寧校區的“180項目”也全面啟動，該項目包括實訓倉儲式超市；實訓賓館；實訓百貨商場；大學生商貿餐飲創業一條街；大學生自助式公寓；大學生科技創業園等，占地180畝，項目總建築面積約13萬平方米。
經江蘇省勞動和社會保障廳批准，在學院共開設了家用電子產品維修工、維修電工、食品檢驗工、製冷工、室內裝飾設計員、廣告設計師、電子商務、現代物流等九個國家級職業資格技能鑑定項目。中國商業聯合會職業店長培訓中心和考試中心。
2005年籌建的國際教育學院，經過一年的努力，積極尋求與境外大學聯合辦學，走國際化合作辦學之路，不斷提高國際化合作辦學的水平和層次，拓展國際化辦學的廣度和深度，構建多層次、立體化辦學格局。
學院實施學生思想政治教育工作的隊伍建設工程，強化系部在學生日常管理中的重要作用，加強輔導員和班主任隊伍建設，不斷加強和改進大學生思想政治教育。開展了形式多樣的學生活動和社會實踐活動，提高學生的綜合實質。在“2006年高教社杯”全國大學生數學建模競賽中，學院獲得江蘇唯一的全國乙組一等獎；獲江蘇賽區一等獎、二等獎、三等獎各一個。在8月舉辦的中國電子商務師比賽中，我院學生代表江蘇參賽一舉拿下兩個銀獎和一個優秀獎。在江蘇賽區的競賽中，我院囊括前十四名。10月在新加坡舉辦的“2006年度市場行銷大賽”中，我院的“YounGo全國校園連鎖便利店”項目順利進入了決賽，並與新加坡國立大學、南洋理工學院同時獲得優勝獎，這是我國職業院校學生首次出現在國際大賽中並取得優秀成績。在我院開展的阿里巴巴電子商務師認證考試中，我院信息系學生通過率達95.83%，超過全國平均水平三十五個百分點。
在促進平安校園建設方面，健全保衛制度，完善安全管理規定，採取多種形式的安全教育活動。投資65萬元建設校園視頻監控系統，在全省高校中率先開通校園禁毒網，制定突發事件應急預案、建立和健全各種治安保衛制度，2006年無重、特大刑事和治安案件，各部門、系（院）無安全責任事故。切實維護了校園的安全與穩定。
進入2007年，中共江蘇經貿職業技術學院第一次代表大會於2007年1月召開，大會規劃了學院今後五年的發展藍圖，明確提出“繼往開來、和諧發展，創建高水平示範性高職學院”的奮鬥目標。在全體師生的共同努力下，學院將緊緊圍繞“穩定規模，充實內涵，完善建設，提高質量”的要求，努力建設一個率先發展、科學發展、和諧發展的學習型學院，積極做好爭創江蘇省乃至全國示範性高職學院的各項準備工作，迎接學院發展的新高潮。
