正高碘酸是弱酸，溶於水、乙醇，Pk1=3.3 Pk2=6.7 Pk3=15 Pk4<水。其分子為八面體構型。具有強氧化性，可以將二價錳離子氧化成高錳酸根，也用於其他氧化反應，反應條件溫和且反應迅速。正高碘酸在真空條件下加熱失水得到偏高碘酸。
純淨的偏高碘酸不存在。偏高碘酸水溶液的最高濃度為86%，具有很強的酸性和氧化性。偏高碘酸是無機酸中氧化性最強者之一，能將金屬錳氧化為七氧化二錳或高錳酸，將硫酸鹽氧化為過二硫酸鹽，將二價鐵氧化為高鐵酸鹽。酸性只比高氯酸和極不穩定的氫砹酸弱，在常規無機酸中酸性排第三。86%偏高碘酸如果和有機物接觸，先會使其脫水碳化，之後甚至會著起火來。偏高碘酸為難揮發性酸。如皮膚上沾到偏高碘酸，應先用清水沖洗，再有硼酸二氫鈉溶液中和。必要時需到醫院就醫。
正高碘酸和偏高碘酸可分別生成鹽類，稱為“正高碘酸鹽”及“偏高碘酸鹽”。正高碘酸鹽一般難溶於水，可以電解碘酸鹽製備，也可在鹼性條件下用氯氣氧化碘酸鹽製備。偏高碘酸鹽的溶解度和化學性質與同族鹵素的高氯酸鹽類似，但陰離子半徑更大，氧化性較弱，不過酸性條件下氧化性極強，和偏高碘酸類似。 有機化學中，正高碘酸或偏高點酸鹽可氧化鄰二醇並使碳-碳鍵斷裂，生成兩個羰基化合物，可用於確定糖類的結構。
