1935年7月上旬,游擊隊經白沙、摩尼、分水嶺等地,沿途探聽紅軍川南遊擊縱隊的行蹤,並在敘永分水嶺朱家山與川南遊擊縱隊會合。兩支隊伍會合後,以適應形勢發展的需要,特委決定同心協力一同作戰,決定部隊改稱為“中國工農紅軍川滇黔邊區游擊縱隊”,特委也改稱中共川滇黔邊區特委,部隊擴大到近千人,下轄七個大隊,李青雲任縱隊特派員,使川滇黔邊區的武裝鬥爭得到了很快的發展,創建了新蘇區根據地。由於部隊合編,人員增多,隊伍壯大,對川滇黔邊區影響也逐漸增大。因為中央紅軍已渡江北上抗日,所以川滇黔邊區的紅軍游擊縱隊被敵人視為心腹大患,蔣介石害怕紅軍游擊隊在邊區紮下根。國民政府軍閥武裝急忙調兵遣將,隨即對紅軍游擊縱隊發動第一次“三省會剿”,抓緊刺探游擊隊的行跡,跟蹤窮追。
1935年7月上旬,縱隊由朱家山出發,第二天在田壩級與川軍顧曉凡團遭遇。陳宏指揮部隊搶占高地打退敵人多次衝鋒,斃傷敵軍多人。7月12日,縱隊在徐策、張鳳光、陳宏的率領下,由分水嶺經天蓬寨、文興坡到長官司,準備去攻打興文縣建武等地。7月14日,縱隊在長官司與川軍周化成部激戰之後,主要領導人徐策、張鳳光相繼犧牲,陳宏負傷被俘,縱隊損失嚴重。隨後,餘澤鴻在簸箕壩召開特委擴大會議,總結半年來的經驗教訓,決定轉變策略,外線出擊,奇襲敵人,在川滇黔邊區打出影響來。在特委書記兼縱隊政委餘澤鴻,特委委員、縱隊司令員劉乾臣,縱隊政治部主任鍾昌濤,參謀長聶昭良,組織部長龍厚生,特派員李青雲的帶領下,長途跋涉,打下了貴州赫章,四川筠連;打到瀘州蘭田壩、敘蓬溪;貴州一碗水、燕子口、婁山關等地。1935年11月折回川南,由於氣候嚴寒,傷病員無法隱蔽,供給極度困難,加之敵派重兵加劇“圍剿”,縱隊主要領導人相繼犧牲,李青雲同參謀長劉復初將縱隊餘下的20多人帶上連天山隱蔽休整,使敵軍結束了第一次“三省會剿”。
1936年2月,李青雲與劉復初將隊伍帶下山來,轉移到興文洛柏林,與同在這裡堅持鬥爭的龍厚生、黃虎山等人會合,召開特委擴大會議,推舉李青雲任特委(宣傳)委員、縱隊政治部主任、特派員。與龍厚生、劉復初組成新的特委領導班。會議分析了形勢,總結了一年來對敵鬥爭的經驗教訓,決定繼續堅持川滇黔邊區的游擊武裝鬥爭,在滇川邊區主動襲擊敵人,配合紅二、六軍團的戰略行動。6月9日,縱隊到達威信院子場與紅二、六軍團組建的貴州抗日救國軍阮俊臣的第三支隊和國民黨軍陶樹清的起義部隊合編,組成紅軍川滇黔邊區抗日先遣隊,李青雲任先遣隊特派員。7月,縱隊單獨活動,恢復原建制,李青雲仍任政治部主任兼特派員,在威信邊境地區開展武裝鬥爭,又吸收珙縣底洞鋪一連川軍起義部隊,同時發展以殷祿才為首的雲南遊擊支隊,開展轟轟烈烈的革命武裝鬥爭,打擊敵人,創建根據地。
1936年11月,三省軍閥部隊加劇對紅軍游擊縱隊的“會剿”。11月下旬,縱隊由大雪山向水田寨轉移,行進到鎮雄野臘溪,準備宿營時,突然被滇軍田富伍營追至包圍,將縱隊打散,李青雲與龍厚生等帶領十多名隊員衝出重圍,連夜趕至水田寨,隱蔽在一個山洞裡。1937年1月,川南民團指揮孔陣雲由古藺進駐壇廠,李青雲被孔陣雲部清鄉時搜捕,殺害於水田寨。