李軍鵬2006年被抽調為國務院深化行政管理體制改革聯席會議綜合組成員，先後參與了我國深化行政管理體制改革方案和國務院機構設定、職能配置及人員編制問題的研究。
李軍鵬的研究領域是公共管理與公共行政、公共服務與社會管理、責任政府與行政倫理、人力資源開發與管理、社會危機管理、行政執行力。其講授的專題包括了行政體制改革與服務型政府建設、轉變地方政府職能加強社會管理與公共服務、公共服務體系與公共服務改革、科學民主決策機制、責任政府與行政問責制、人才強國戰略與人力資源開發等。
李軍鵬在人民日報、中國行政管理、學術研究等刊物發表論文與文章190餘篇。
李軍鵬出版過多部著作，其專著主要有《公共行政學》、《公共服務型政府》、《公共管理學》、《公共服務型政府建設指南》、《公共服務學》、《建立與完善社會主義公共行政體制》、《深化行政管理體制改革若干重要問題解析》、《責任政府與政府問責制》等9部，合著及參與編寫著作有《中國政府改革的方向》、《公共行政概論》、《中國公共行政案例教程》等20餘部。而他曾主持與參與國家與省部級課題10餘項，主持完成國家社會科學基金“十五”及“十一五”規劃課題2項，主持完成省部級課題4項。現正主持《中國旅遊公共服務發展”十二五“規劃》委託制定、省部級重點課題《公共服務體系建設的戰略研究》。2004年，他的《中國政府公共產品供給的國際比較研究》一文獲第三屆行政管理科學優秀論文論著評選論文一等獎；2008年，《公共服務型政府》一書獲第四屆中國行政管理科學優秀成果著作類二等獎；2010年，《責任政府與政府問責制》一書獲國家行政學院第二屆優秀科研諮詢成果獎著作類二等獎。
