1922年畢業於上海吳淞同濟工藝專門學校德文科。1923年4月赴德國，就讀於漢諾瓦工業高等學校水利專業。1927年在柏林西門子土木工程公司實習。1928年回國，先後在重慶、哈爾濱等水利工程部門工作。1932年再次赴德，在阿朋那黑水工試驗所參加由世界首創河工試驗的恩格思教授主持的黃河試驗，這是治理黃河史上首次進行的模型試驗。在此期間，他獲得博士學位。1933年8月回國後，承擔中國第一個水工試驗所的籌劃、設計和施工任務，並出任水工試驗所所長。先後進行了官廳水庫大壩和蘆溝橋滾水壩的消力以及透水丁壩等多項試驗。1937年，李賦都主持陝西灞河決口堵復工程，取得成功。
1942至1948年，他在西安、開封任國民政府黃河水利委員會設計組主任、工務處處長。1948年10月至1949年12月，在陝西武功任西北農學院水利系主任、院務委員會主任委員。1950至1954年，他先後擔任西北軍政委員會水利部部長、西北行政委員會水利局局長、西北黃河工程局局長、陝西省人民政府委員等職。
1955年起，他任黃河水利委員會副主任兼黃委會水利科學研究所所長，1978年任黃委會顧問。他主張黃河的治理與開發應當始終把泥沙問題放到首位，要特別重視和大力開展黃河中游水土保持工作，並提出治理溝壑的“萬庫化”構想，主張黃河下游要進行河道整治，固定中水河槽。在長期的實踐過程中李賦都逐漸形成了自己的一套治河思想。
李賦都先後當選為第一、二、三、五、六屆全國人大代表，河南省第二、三、五、六屆人大代表，第五、六屆河南省人大常委會副主任，河南省人民委員會委員，第三屆全國政協委員，政協河南省第二、三、四屆委員會副主席。中國國民黨革命委員會第三至六屆中央委員會委員和民革河南省第五、六屆委員會主任委員。中華全國自然科學專門學會聯合會組織委員會委員，中國科學技術協會常務委員，河南省自然科學聯合會主席，中國水利學會常務理事等職。
主要著述有《黃河問題》、《河流總論》、《黃河治理問題》、《泥壩的攔泥作用》、《黃河下遊河床演變和河道治理問題》、《黃河中游水土流失地區的溝壑治理》、《治河與泥沙》等。
