政治生涯
李慧瓊1999年，李慧瓊首次參加區議會選舉，當時25歲的她首次於九龍城區議會土瓜灣北（G13）選區參與直選並勝出，而其姑姑李蓮則在馬頭角選區連任，並成為當時香港最年輕的女性區議員，其後在2003年及2007年於同區成功連任。
立法會選舉方面，她在2004年加入民建聯（香港民主建港協進聯盟），並隨曾鈺成名單排名第三參選2004年立法會選舉九龍西地區直選，但由於比例代表制下未能晉身立法會。2008年，由於港島區的前民建聯主席馬力過世，黨內重量級人馬曾鈺成被派往港島區參選，於是李慧瓊便被看中被排在民建聯名單首位出戰2008年立法會選舉九龍西選區，最後憑著民建聯與工聯會的催谷下輕鬆勝出，更成為該區之選票量最高名單。值得著意的是，她在多次選舉中與不少議員一樣有同時以民建聯與工聯會的政黨聯繫參選。
2006年，李慧瓊獲政府委任為中央政策組非全職顧問。
2012年，李慧瓊獲香港特別行政區行政長官梁振英任命為香港行政會議非官守議員。
2012年9月9日，李慧瓊以277143票當選香港立法會區議會（第二）功能組別議員（俗稱超級區議員）。
2015年4月，當選為民建聯新一屆黨主席，成為該黨創黨近23年來最年輕的黨主席，亦是首位女主席 。
2016年3月17日，身兼香港民建聯主席的行政會議成員李慧瓊宣布，辭去行政會議一職，否認參選特首。
2016年10月13日，香港立法會選舉,內會主席由李慧瓊以三十八票比二十三票擊敗郭榮鏗當選立法會內務委員會主席！
人物事件
2008年初，李慧瓊代表民建聯以九龍城區議會議員的身份去信區議會小組及立法會，要求將沙中線土瓜灣站由原來的土瓜灣道近九龍城碼頭與翔龍灣之位置遷往宋皇台道交界，被指其在宋皇台道附近的傲雲峰擁有物業，且為土瓜灣北選區的議員，有利益衝突之嫌。事件後來獲區議會內建制派、民協區議員及港鐵的支持，卻引起一些南土瓜灣居民包括近九龍城碼頭一帶的翔龍灣與偉恆昌新村的居民不滿，後更成立南土瓜灣關注組以爭取權益。李慧瓊又建議透過輕軌列車將前啟德機場用地的郵輪碼頭與規劃中之沙中線接軌。
李慧瓊曾被指與民建聯的經濟事務副發言人及援交問題項目負責人陳仲翔盜用援交少女之資料向外發布了《援交調查第三期》報告，卻被指原來是剽竊自關注性工作者權益組織的紫藤的20名援交少女之資料。紫藤直斥民建聯之行為可恥，並發表嚴正聲明指出“沒有與民建聯合作任何有關援交的調查，亦為民建聯欺騙公眾、向公眾作出不誠實公告的行為感到遺憾。”李慧瓊等民建聯成員指2009年6月開始展開合作關係，交流保護援交少女的看法；雙方立場不盡相同，但仍決定進一步合作，如其後共同草擬檔案予警方、與警方會面和出席論壇等。李慧瓊堅持不會就事件道歉，且反駁調查是民建聯跟紫藤合作調查所得，認為紫藤的“可恥論”為言過其實，並指對方的聲明措辭過份強烈，又反指從沒有表示不準引用有關資料。紫藤方面指無法接受有關解釋，重新申明對民建聯的可恥譴責維持不變。
2009年12月25日，有署名“762”的網民於上傳名為《我的師姐李慧瓊》的短片，指李慧瓊是香港科技大學首位成為立法會議員的畢業生，更指她為“科大之光”。
2010年1月，李慧瓊拒絕簽署由世界自然基金會發起支持將瀕危物種藍鰭吞拿魚列入《瀕危野生動植物物種國際貿易公約》限制其貿易以加強保育的聲明，其中的原因之一竟是因為女兒愛吃日本菜，怕女兒會因為李慧瓊簽署公約而不喜歡。
2010年5月，李慧瓊於選區內張示英文橫額，原意是關懷少數族裔（Caring for ethnic minorities），但職員將橫額寫成“Caring for ethic minorities”，直譯為“關懷道德少數”。時事評論員林忌撰文影射李慧瓊，稱她其實是關懷民建聯這個“少數道德無恥”的組織。
回應政改
香港最大政治團體民主建港協進聯盟(民建聯)副主席、特區立法會議員李慧瓊認為，反對派議員聯署反對政改方案，動搖了中央與反對派溝通對話的基礎，不僅對推進香港民主進程沒有幫助，更會帶來反效果。她對李飛取消下月訪港感到可惜。
