日本本土馬在明治以前是極差的,只是在維新之後引進了馬種改良,才有了所謂東洋大馬。原產的日本馬有8種：托加拉馬、御崎馬、木曾馬、野間馬、北海道和種馬、對州馬、與那國馬、宮古馬。
木曾馬是日本本土馬種中最優良的品種，同時，也是戰國時代武田家騎兵的主要戰馬。
公元前一世紀以來中亞,蒙古產的馬種,在2~3世紀起東傳入日本
體型：一、體格強健。胸深幅闊，心肺發達。腸胃較大，比較不宜生病。
二、容易繁殖。木曾馬很容易受胎懷孕，可以一年產一個馬駒。並且母馬也特別疼愛馬駒。
三、能耐粗食。體長腹大，意味著腸道很長，能夠充分消化各類草料纖維。
四、頭低耳短。頭和背在同一水平附近，與其他的馬種相比頭部很低。並且，前髮長而密生，鬃由於又粗又硬而倒向頸部的一側。
五、單毛色。通體都是相同的毛色。
木曾馬的遠親——蒙古馬
蒙古馬是中國乃至全世界較為古老的馬種之一，主要產於內蒙古草原，是典型的草原馬種。蒙古馬體格不大，平均體高120～135厘米，體重267～370千克。身軀粗壯，四肢堅實有力，體質粗糙結實，頭大額寬，胸廓深長，腿短，關節、肌腱發達。被毛濃密，毛色複雜。它耐勞，不畏寒冷，能適應極粗放的飼養管理，生命力極強，能夠在艱苦惡劣的條件下生存。8小時可走60公里左右路程。經過調馴的蒙古馬，在戰場上不驚不詐，勇猛無比，歷來是一種良好的軍馬。
