會員制證券交易所的佣金和上市費用較低，從而在一定程度上可以放置上市股票的場外交易。但是，由於經營交易所的會員本身就是股票交易的參加者，因而在股票交易中難免出現交易的不公正性。同時，因為參與交易的買賣方只限於證券交易所的會員，新會員的加入一般要經過原會員的一致同意，這就形成了一種事實上的壟斷，不利於提供服務質量和降低收費標準。
會員制證券交易所因其在組織形式上不同於公司制證券交易所，故在組織結構上也有別於公司制證券交易所。由於會員制證券交易所的成員並非投資者或股東，其最高權力機關通常稱為會員大會而非股東大會，證券交易所的執行機構則稱為理事會而非董事會。理事會的職責主要有：決定政策，並由總經理負責編制預算，送請成員大會審定；維持會員紀律，對違反規章的會員給予罰款，停止營業與除名處分；批准新會員進入；核定新股票上市；決定如何將上市股票分配到交易廳專櫃；等等。
