研究過程
2009年12月27日上午，相關部門正式公布河南省安陽縣安豐鄉西高穴村西高穴墓被確認為曹操高陵墓。雖然河南省文物局等部門運用多種方式證明該墓就是曹操墓，但質疑聲卻一直不斷。復旦大學人類遺傳學實驗室在隨後宣布，擬用DNA技術開展對曹操家族DNA研究。
曹操本是生活在兩千年前的歷史人物，尋找他的DNA似乎遙不可及，而要把曹操後人與兩千年前的曹操進行“親子鑑定”，鎖定曹操的DNA特性就顯得尤其重要。為此，復旦大學歷史系教授、中國魏晉南北朝史學會副會長韓升和復旦大學現代人類學教育部重點實驗室李輝教授成立課題組。
課題組首先在全國範圍內徵集曹操後人，採集了79個曹姓家族的280名男性和446個包括夏侯、曹等姓氏男性志願者的靜脈血樣本，最終樣本總量超過1000例。
與此同時，課題組專家對全國各地258個曹姓家譜（其中118部在上海圖書館）做了全面的梳理研究，並與史書和地方志參照，試圖找到曹氏遷徙的可能線索。“比如曹氏各個分支的祖先以及現居住地與歷史記載上曹操後代的流向能不能相吻合。”
韓升說，經過這一步驟的研究，課題組篩選出8支持有家譜、經過史料分析具有一定可信性的曹氏族群。找到這8個曹氏族群後，專家再對他們的DNA進行了檢測。“人類DNA共有30億個鹼基對組合成23對染色體和線粒體，男性獨有的、鹼基對也比較穩定的Y染色體是最合適的檢測對象。”李輝說，“經過複雜的Y染色體DNA全序列檢測，最終發現其中6個家族屬於O2*－M268的基因類型，這6支O2*－M268類型樣本的祖先交匯點在1800年至2000年前，這正是曹操生活的年代。”
2012年底，根據現代基因和古DNA的雙重驗證，課題組得出最終結論——100%確定曹操家族DNA，相關論文發表在國際學術雜誌《人類遺傳學報》上。
課題組專家表示，對曹操後代的追尋，第一次從基因層面驗證了許多同姓人群在千百年前是一家的可能性。其間，生命科學、歷史學、人類學的跨學科合作，發揮了重要的作用。
研究結果
既非曹參後代亦非夏侯氏抱養
2009年，河南安陽對外宣布發現曹操墓，此訊息一出即引發轟動，亦引發爭議。隨後，復旦大學人類遺傳學實驗室宣布，擬用DNA技術開展對曹操家族DNA的研究。曹操本是生活在2000年前的歷史人物，尋找他的DNA似乎遙不可及。
要把曹操後人與2000年前的曹操進行“親子鑑定”，首先需要的是可靠的樣本。課題組李輝教授告訴記者，從2009年起，專家組在全國各地採集了79個曹姓家族的280名男性和446個包括夏侯、操等姓氏男性志願者的靜脈血樣本，最終樣本總量超過1000例。
隨後，課題組進一步梳理全國258個曹姓家譜，篩選出8支持有家譜、經過史料分析有一定可信性的曹氏族群，再對他們的DNA進行檢測，最終發現其中6個家族的祖先交匯點在1800年至2000年前――這正是曹操生活的年代。
曹操家族DNA“這些家族共同檢出了一個非常罕見的染色體類型，這個比例在全國人口只占到5%左右。”李輝說，這也就意味著他們假冒的可能性只有千萬分之三，“因此法醫學上可認定他們是曹操的後代。”
課題組透露，在確認曹操後代的同時，他們還用同樣方法驗證了漢代丞相曹參的家族基因與曹操家族基因沒有關係，從而證明曹操是曹參後人說法有誤；同時對民間傳說曹姓是曹操後代避禍改姓而來、曹操是夏侯氏抱養而來等說法，研究證明曹操家族與這兩個姓基因沒有明確遺傳關係、家族基因不一致，因此說法也不準確。
曹操之父來自家族內部過繼
通過成功反推出曹操家族DNA，課題組破解了曹操部分身世之迷；而曹操家族之迷，也隨著研究的深入，慢慢揭開謎底：
2011年，復旦課題組來到曹氏宗族墓所在地――安徽亳州，並從上世紀70年代從曹氏宗族木“元寶坑一號墓”出土的文物中找到兩顆牙齒，“經過現場挖掘人的口述和墓內中央位置的銘文等，最終確定兩個牙齒均來源於曹操叔祖父――河間相曹鼎。”
有了數千年前曹操叔祖父的牙齒，通過古DNA測試，隱藏在這顆牙齒中的時空記憶也逐漸展現。
根據現代基因和古DNA的雙重驗證，課題組得出最終結論――100%確定曹操家族DNA。通過比對，安徽亳州的曹操祖輩墓葬元寶坑1號墓的遺骨與現代曹操後人緊密關聯；夏侯氏、曹參後人都不是該類型。故此，課題組認為曹操之父來自家族內部過繼，該家族並非曹參本族。
記者了解到，至今找到的曹操後人有9支，分別來自安徽績溪、安徽舒城、安徽亳州、江蘇海門、廣東徐聞、江蘇鹽城、山東乳山、遼寧東港、遼寧鐵嶺，“這一課題研究第一次從基因層面驗證了許多同姓人群在千百年前確實是一家。
相關內容
為什麼選擇曹操家族來做“親子鑑定”?
李輝解釋說，一方面，曹操家系是帝王家系，家譜記載較全，不像普通老百姓的家系那樣容易散佚。另一方面，由於對曹操這個人的評價一直存在歷史爭議，願意假冒其後代的人不多，可以保證曹操家族的可靠性。此外，曹操宗族墓的墓葬集中，保存條件也非常好，材料豐富。
據悉，這一研究在世界上第一次把遺傳基因研究精確到家族、歷史人物層面，通過現代人的基因精確反推歷史著名人物的基因，對歷史研究是一個新的突破。
在韓升看來，生命科學和歷史學的跨學科合作，將有助於更多歷史謎團的揭開。在該研究課題的基礎上，一門人類學家和歷史學家共同參與的歷史人類學新學科有望產生。
“只要有生物遺骸保存下來，保存狀況比較好，我們都能取樣研究。”李輝說。
據介紹，課題組還在著手研究孔子家族、隋唐盛世中的李氏家族等更多中國著名歷史家族。光是根據目前取得的一些成果，“中國的政治史恐怕要大大往前推。”李輝透露。
韓升表示，他們希望用這種遺傳生物學與歷史研究相結合的手段，通過分析重要歷史人物基因、重要家族基因混入情況等，破解傳統研究無法解答的歷史謎案，逐漸呈現整箇中華民族衍變融合的歷史。
