歷史
第一代
母元1802年，人類和玉兔族發生戰鬥，當時玉兔族第一勇士霸枝誤殺了自己的妹妹娘枝，一怒之下發誓要毀滅人類為妹妹報仇，霸枝為此在母元1805年出走，還將自己天血家族的力量以及玉兔道法拋棄以尋找新的力量。霸枝之父，時任玉兔村村長的天枝不願意打破和平從而試圖阻攔霸枝，兩兔在公元1806年大戰一場後，霸枝雖打敗天枝但也受了重傷。自此，霸枝暫停了自己的復仇計畫，同時謀劃自創門戶。
不久之後，遠古三大魔獸之一的八岐魔蛇穿越時空來到地球，還帶來了五個修羅體玉兔，它們是熔枝、魔枝、凍枝、鯊枝和氤枝，五兔及魔蛇禍害一方，逐漸威脅到了玉兔村，玉兔村村長天枝帶領五行戰士與五兔及魔蛇對戰三天三夜，最終成功封印了八岐魔蛇，但五個修羅體玉兔卻投靠了霸枝，組成了第一代暗月教，但霸枝總是被熔枝擊敗，熔枝為了體驗鬥爭的樂趣傳授給霸枝吸星術，霸枝用此招封印了熔枝的一半道力後才降伏住它並由此當上了暗月教的教主。此後，暗月教大舉進攻人類，但由於魯班工會的緣故每況愈下。
母元1812年，霸枝將自己的靈魂出賣給閻魔並自創暗之天武，隨後準備動用終極暗黑力量，天枝得知後帶著五行戰士圍攻第一代暗月教，戰鬥中熔枝殺死了五行戰士中的水枝和炎枝並打殘土枝，誰知天枝利用激將法促使霸枝再次利用吸星術把熔枝封印到了土枝體內，熔枝剛一被封印天枝就使用天月之力相繼封印霸枝、氤枝、凍枝和魔枝，卻耗盡了道力，正當五行戰士金枝的妹妹銀枝及天枝的三弟地枝帶領其它玉兔前來支援的時候，解除修羅體天武狀態的鯊枝卻迷住了銀枝，鯊枝隨後用寄戰術控制住銀枝並逃走。
金枝和地枝後來在白澤神獸的幫助下找到了銀枝，但銀枝卻瘋狂愛著鯊枝，金枝一怒之下欲用白澤神獸殺害鯊枝，但鯊枝最終負傷逃脫，銀枝雖被救回但卻懷上了鯊枝的孩子；不久銀枝生下了鯊枝的兒子鮫枝，但金枝為了不讓鮫枝跟隨鯊枝從而在它剛斷完奶就強行帶走了鮫枝進行訓練且不允許其和銀枝相見，傷心的銀枝因此得了抑鬱症。誰曉得恢復後的鯊枝找上玉兔族討要銀枝，眾兔齊上卻被修羅體天武狀態的鯊枝全部擊敗，眼看村子就要毀於一旦，三歲的雄枝推著抑鬱症晚期的銀枝出現，銀枝同意和鯊枝走，但請求鯊枝認下鮫枝並治好金枝，鯊枝正在猶豫的時候天枝訓練的捕鯊部隊帶著白澤神獸臨時出關，見此鯊枝表面同意了銀枝的請求，實際上卻用暗黑道力給金枝下了毒，也沒有認下鮫枝。鮫枝見母親就這樣被欺騙著奪走從而恨死了鯊枝，發誓要殺死它，雄枝見此和蛟枝結拜並立下除魔誓言，鯊枝大鬧玉兔村劫走銀枝一個月後金枝的毒性發作最後道力盡失。此時天枝下令將霸枝封印在魔角峰、將魔枝和八岐魔蛇一起封印在長城，將凍枝封印在和之國的北海道冰窖，將氤枝封印在沙漠，而由於熔枝的緣故身體膨脹的土枝被安置在南海化為島枝；與此同時，長大後的鮫枝也帶領新的捕鯊部隊將鯊枝封印在南海的一條巨人鯨的腹中，至此暗月教第一代正式瓦解。
第二代
玉兔村村長職位後來傳到毛枝，毛枝派出躁枝看守氤枝封印、醫枝看守凍枝封印、鮫枝自願留下看守鯊枝封印，而在競選村長中失敗的仙枝自我放逐去看守八岐魔蛇的封印。然而過了不久魯鷹來到魔角峰釋放了霸枝的封印，時任村長的雄枝見狀只得利用自己的一半元神將霸枝的元神一分為三，雄枝也因此神經錯亂；魯鷹卻利用同化細胞和霸枝的第一元神合體，霸枝又將雄枝的一半元神和自己的第二元神結合到光枝的舍利中改造為墓枝，並找到狼枝、蟹枝、邪枝和鬼枝等籌謀重建暗月教，過了不久，為了躲避黃金家族的星枝加入暗月教，而狼枝也引誘了因為老虎親人被殺從而對人類產生仇恨的虎枝墮落入教，暗月教第二代正式形成。
霸枝又將自己的第三元神和虎枝結合，還在雪山和地獄谷建立了暗月教的基地，與此同時鬼枝也組建了暗忍部隊。過了不久，霸枝讓刃枝為自己打造地獄刀，刃枝打造好了地獄刀後欲占為己有而被霸枝殺死，同時告訴刃枝的兩個兒子若不服可以來報仇；刃枝的二兒子忍枝受到觸動，加入了暗月教。與此同時，讓自己變得更強大以保護弟弟和家人的黑枝、父母死後一心想報仇的牙枝等兔也加入了暗月教。要為母親報仇的雷枝和電枝在刺殺靂枝（兩兔父親）的時候也被抓入暗月教，邪枝本要吃掉它們，在蟹枝要求提供實驗供體的情況下兩兔被關入監獄。後來，靂枝為了斬草除根私放走兄妹倆，但接著殺死了雷枝，而悲憤之下天武變身的電枝正欲同靂枝決一死戰的時候，天武變身的黑枝趁靂枝雲化時使用雷獸之拳擊中其心脈從而殺死了它；為父親和哥哥收完屍後，對黑枝心生愛慕的電枝聽了黑枝加入暗月教的原因後也加入了暗月教。自此，鬼枝收忍枝為徒並傳授它從人類世界偷來的東西，邪枝傳給牙枝金剛牙後將它扔進蛇妖森林修煉，電枝和黑枝則在一塊行動。
過了不久，星枝和霸枝不和叛逃，後加入仙枝的門下從良並成為其大弟子，改名築枝；蟹枝不久後也退隱來到螃蟹島；二代暗月教逐漸開始衰落。但忍枝卻修煉成了暗之天武並在熊本城吃下土蜘蛛的內丹獲得了魔武變身的能力，牙枝也吃掉了蛇王美杜莎的內丹獲得了魔武變身的能力，兩兔被霸枝派往沙漠尋找氤枝的蹤跡。黑枝和電枝則被派往魯班工會劫奪秘密文書，最後電枝獲得自己的馭獸暗黑鳳凰，霸枝相中黑枝為繼承人（因為霸枝的第三元神和虎枝的元神有時候不和，霸枝決定為自己的第三元神找尋新的容器）並同魯班工會的武曲星君在貪狼星君身上培養“吞噬”暗黑聖舍利，而牙枝和忍枝也成功黑化了躁枝並放出了氤枝，為了欺騙仁枝和四季使者去沙漠，霸枝沒有讓氤枝回來而是讓它在沙漠修煉，其第一元神復活刃枝並派它去沙漠與躁枝、氤枝會合，鬼枝也派出暗忍部隊的十號成員稅枝去了盾皇城做內應。
後來，霸枝宣布黑枝為其繼承人，這讓忍枝很不滿。一次任務後，黑枝被玉兔村抓走並關押在月亮監獄（當時電枝疑似在修煉並將暗黑鳳凰改造成雷電鳳凰所以未陪同），重傷的鬼枝和邪枝被帶回到雪山基地，爆發不滿的忍枝當場殺死了它們。至此暗月教第二代正式瓦解，只留下了墓枝和虎枝。
第三代
鬼枝和邪枝死後，忍枝搶走了霸枝的舍利和地獄刀（實際是霸枝故意如此以挑動他和黑枝爭鬥從而藉此控制黑枝）。墓枝和牙枝歸順了忍枝並來到玉兔村的月亮監獄劫走了黑枝，至此暗月教第三代的第一梯隊開始正式登上舞台。在得知玉兔村派出白枝、綠枝和灰枝來到人類世界後，霸枝也命令黑枝、忍枝、牙枝和墓枝組隊來到人類世界。在經歷了梅花市之戰後，忍枝被炸藥炸死，牙枝從良，墓枝被鐵枝殺死，雄枝元神被回收，而霸枝卻成功控制了黑枝的身體，至此暗月教第三代第一梯隊正式瓦解。
螃蟹島之戰中，白枝、綠枝和灰枝來到螃蟹島遇上了蟹枝，而從良的牙枝也趕來相助，最後霸枝派出暗黑雷獸利用蟹枝和早先被抓的魯班工會特工煉出了“融合”暗黑聖舍利，但蟹枝並未死，它用蛻生術活了下來。後來霸枝又征服了同玉兔族為敵的野豬一族，並在它們的地盤毛骨沼澤建立了新的基地，並煉成了“恐懼”暗黑聖舍利。
魯班工會之戰，霸枝為了儘快恢復道力選擇白天解放黑枝，黑枝後來將自己的馭獸小雷獸送給白枝並賦予其雷之天武變身的能力，還變身雲之天武幫助白枝打贏了貪狼。最後，霸枝和人形暗黑雷獸奪走了“吞噬”暗黑聖舍利，但卻因為貪狼過度使用致使舍利並不完整，霸枝遂決定復活第一代暗月教的所有兔子從而重振暗月教。
長城之戰，霸枝首先派出葉枝作為間諜混入長城內部，再派電枝、幻枝、硬枝、間枝、刺枝及暗忍部隊組成暗黑兔子幫攻打長城，標誌著暗月教第三代的第二梯隊正式登場；戰鬥中電枝獲得了八岐魔蛇的舍利，但電枝正欲用八岐魔蛇的舍利提升自己的道力至天武第三階段時被霸枝發現，電枝拼盡全力消滅人形暗黑雷獸，但被霸枝擊敗生死不明。後來，霸枝奪走了暗黑雷獸的舍利並利用這個舍利復活了魔枝，但由於黑枝的抗爭身負重傷（白天的時候黑枝的元神和意識再度復甦並變身雲之天武對戰魔枝所致），身負重傷的刺枝、幻枝和硬枝則被玉兔村帶走。與此同時，意識和神經恢復正常的雄枝帶領炎組保衛玉兔村。
和之國之戰中，魔枝和葉枝為給霸枝療傷來到了和之國醫枝的道場，誰曉得醫枝治癒了霸枝後，魔枝唆使其後代妖枝殺光了和之國里所有的怪物和玉兔（櫻枝想法逃走幸免於難），只留下醫枝（霸枝要將其為藥引子復活凍枝）；誰知醫枝在最後關頭元神甦醒使得霸枝未得逞，但霸枝還是利用熊本城城主猿飛不知火的內丹復活了凍枝。最後，雖然妖枝被灰枝所殺，但霸枝卻利用熊本城內怪物們的內丹完全控制了黑枝（但霸枝要殺白枝時黑枝的元神和意識做了最後一次抵抗，自戕身體欲與霸枝玉石俱焚，不過未成功），白枝在長城結識的夥伴斗枝也被葉枝劫走。
盾皇城之戰中，白枝等兔遭遇到了刃枝等兔的襲擊。最後自然之樹賜予櫻枝玉兔舍利使櫻枝殺死了躁枝，白枝也打敗了稅枝，但稅枝卻被刃枝殺死（稅枝誤以為白枝是自然之子，同時感激白枝不殺之恩欲透露出盾皇城的一切，被刃枝用毒蠍馭獸殺死），而氤枝也復活了。最後霸枝未能得到自然之果（自然之樹是仁枝和四季使者所化，所結出的果實實際是仁枝的紅色聖舍利“樹”，霸枝曾提到它的三個元神若要合體就必須藉助紅色聖舍利的力量），硬枝、刺枝和幻枝也從良加入兔子幫，至此暗月教第三隊第二梯隊正式瓦解。
盾皇城之戰結束不久後，暗月教的地獄谷基地被毛枝等兔毀滅，虎枝也被抓回玉兔村，而霸枝的第三元神也再度被封印。但霸枝卻用暗黑道法治癒了斗枝並通過葉枝的美人計將斗枝納入暗月教。
霸枝為復活熔枝和鯊枝派出葉枝、斗枝、魔枝和凍枝來到螃蟹島，與此同時雄枝帶領炎組、白枝帶著綠枝、牙枝、灰枝、兵枝、刺枝、硬枝、幻枝、櫻枝和鐵枝也趕到螃蟹島，鯊枝和熔枝相繼復活後，白枝等兔和炎組與斗枝、葉枝及第一代暗月教的四大魔頭決戰。戰鬥結束後，熔枝被雄枝用吸星術弄得生死不明、雄枝犧牲，魔枝肉體被毀但留下了一點元神逃脫，凍枝利用零度進化逃脫，鯊枝被鮫枝利用幻劍空間同歸於盡，葉枝被白枝放走，斗枝被打入海中僥倖未死。在毛骨沼澤和氤枝一起修煉的霸枝感應到鯊枝死後決定出動野豬軍團發動人兔第二次大戰，而從海上救起了斗枝的葉枝也準備將斗枝打造成暗月教的新生五魔。至此，第三代暗月教只剩下斗枝和葉枝，但卻形成了暗月教第三梯隊的雛形。
組織成員
未確認死亡成員
霸枝、魔枝、凍枝、氤枝、斗枝、葉枝、魯鷹、黑枝、電枝
已死亡成員
鯊枝、墓枝、邪枝、鬼枝、靂枝、狼枝、妖枝、躁枝、稅枝、魯班工會特工、暗黑雷獸
已脫離組織成員
星枝（築枝）、蟹枝、虎枝、牙枝、忍枝、刺枝、硬枝、幻枝、間枝
