土岐氏流明智氏
攝津源氏流的土岐氏一族。南北朝時代的美濃國守護土岐賴貞（初代美濃守護土岐氏）九男土岐九郎賴基的兒子明地彥九郎賴重的後裔。
明智氏是直接仕於足利幕府的奉公眾。代代以可兒郡長山的明智城為據點，在日本戰國時代出了明智光秀相當著名。光秀本來仕于越前 朝倉氏，後來與細川藤孝一同擁立寄宿到朝倉氏的足利義秋成為征夷大將軍，在足利義秋元服並改名為足利義昭時成為義昭的足輕大將，之後一同成為尾張織田信長的家臣。光秀在信長的統一事業中相當活躍，在立下許多功績後成為坂本城城主和丹波龜山城城主。1582年，光秀在本能寺之變中討殺信長，之後在山崎之戰中敗給羽柴秀吉後死去。光秀的族人（除了已經出家的人以外）在坂本城自殺，大名身份的明智氏滅亡。
光秀之前的明智氏系譜有諸多說法，但是江戶時代成為沼田藩藩主的土岐家是明智氏流，在同家流傳下來的“土岐文書”是了解光秀以前的明智氏的動向不可缺少的史料。在這個沼田家譜的記載中，明智氏的祖先亦是土岐賴貞的九男賴基，賴基的兒子賴重是最初改姓為明智氏的人。今日以明智為姓的一族已經所剩無幾，但是以沼田土岐家開始的荒深家等，意義上的明智氏在今日仍然存在。只要計算光秀的話，女兒玉子（明智玉子）嫁給細川忠興並令血脈流傳至今。關於其他，有指擔任江戶町年寄的喜多村彌平兵衛是光秀的末子。此外，明智姓的庶子系統（還有明田姓）的一族亦都存在。
明智氏在山崎之戰後被消滅的明智氏多數為了避難而逃往長宗我部元親的土佐國。土佐藩鄉士中有在幕末時期中活躍的坂本龍馬的坂本家使用桔梗紋，是明智氏一族的明智秀滿末裔，之後成為坂本家（才谷家）（有說法指這是坂崎紫瀾的小說（‘汗血千里駒’）的創作。龍馬稱自己是紀姓以及是紀貫之的子孫。而以坂本為姓氏前的大濱姓的家紋是“丸田字”紋）。
木田氏流明智氏
還有與上記的明智氏不同，還有以清和源氏滿政流八島氏的一族木田重國的玄孫光行（明智太郎）為開始的明智氏存在（『尊卑分脈』）。
