學校於1998年成立研究生科,隸屬科研處。2001年成立研究生處,下設招生辦公室、培養科和學生科。2002年成立研究生黨支部。2005年研究生處調整機構設定,下設招生辦公室、學位辦公室、教務科和學生科。2006年經學校黨委批准,成立新鄉醫學院黨委研究生工作部,同時增設思想政治教育科。2009年再次進行機構調整,研究生處下設招生辦公室、學位辦公室、培養科。黨委研究生工作部下設思想政治教育科和研究生團總支。現有工作人員7人,其中具有高級職稱者4人,初級職稱3人,獲得博士學位者2人,獲得碩士學位者2人,學士學位者3人。
1998年經國務院學位委員會批准,獲得碩士學位授予權,1999年首屆獨立招生。先後在第七、第八、第九次、第十次國家學位授權審核中,共獲得二十個碩士點(兒科學、精神病與精神衛生學、外科學、神經病學、套用心理學、病理學與病理生理學、解剖學與組織胚胎學、眼科學、中西醫結合、生理學、細胞生物學、免疫學、內科學、老年醫學、臨床檢驗診斷學、護理學、藥物化學、藥理學、情報學、馬克思主義中國化研究等),跨五個學科門類,分布在八個一級學科中。現已招生十屆,畢業八屆,在校生410人。2004年獲得同等學力人員碩士學位的授權。校內具有導師資格者131人,建有研究生樓和形態學、機能學等10餘個研究生實驗室,實驗儀器設備總值達3000餘萬元。
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