劇情簡介
戰艦上，塵封在初號機里14年的真嗣終於甦醒過來，與美里、律子、明日香還有東治的妹妹再會。從眾人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他發現明日香卻一點也沒有變化，明日香告訴他，EVA的駕駛者受到EVA的詛咒，是永不會變化的。此外真嗣又得知，初號機中獲救的僅得他一人，而他奮力從使徒手中救出的凌波麗並沒有在初號機的駕駛艙里，不能接受這一事實的真嗣，更得知他再也不需要駕駛EVA，並被迫戴上炸彈項圈，只要他想離開戰艦或登上EVA，美里就會引爆炸彈。聽到這一切後，真嗣繼續抑鬱。
與此同時，戰艦受到EVAMARK09的襲擊，從MARK09上感覺到麗的真嗣毅然躍入MARK09的手中離開戰艦，美里直到真嗣離開到引爆器電波範圍外都沒能下定決心引爆炸彈。MARK09被8號機打掉頭部。
回到NERV本部的真嗣，看到荒蕪的景象後震驚不已，在通道上他遇到正在彈鋼琴的渚薰，之後再13號機製造室里遇到碇源堂，碇源堂讓真嗣在13號機完成後和渚薰一起操縱13號機後就離開了。之後從碇源堂和冬月的對話里得知麗其實是被救出了但是和碇唯一樣留在了初號機里了。
真嗣和渚薰每天一起彈鋼琴，兩人關係變親近，真嗣也漸漸恢復了精神。但是一直不解美里她們要叛變還不許自己再次登上EVA。渚薰帶真嗣去看如今變成死地的地表並告訴他這一切都是14年前真嗣自己引起的。當時雖然真嗣只是一心想著要救麗，但他的行動直接引發第三次衝擊。而麗是他母親的克隆。
知道真相後的真嗣再度一蹶不振，認為駕駛EVA一點好事都不會發生。13號機完成後也拒絕行動，渚薰開導他並把戴在真嗣脖子上的炸彈摘下戴到自己的脖子上，告訴真嗣這炸彈本來就是準備用來炸死渚薰的。只要他們兩人操縱13號機拔出朗基努斯槍和卡西烏斯槍的話，他們就能拯救世界。真嗣終於決定登上13號機。第13號機同綾波麗駕駛的Mark.09一起抵達了中央大垂直溝的最深處，在此薰看到Lilith和EVAMark.06分別被長槍貫穿，然而在此，遭到明日香的改2號機和真理的8號機的襲擊，薰此時拒絕出戰。薰試圖阻止拔出槍（2把都是朗基努斯之槍，並非一朗基努斯一卡西烏斯，朗槍在新劇場好像是有三把，而且在初號機覺醒之後還有很多情節都應該被編進第四部倒敘另外還有破的演職員表之後有渚薰用卡槍把初號機刺穿阻止三沖並說一句這次一定只讓你一個人幸福的劇情，再加上之後差點再一次毀滅世界可以確定真嗣和渚薰肯定是被真嗣他爸給忽悠了），但遭到真嗣的拒絕，將薰對EVA的控制切斷（似乎本來是真嗣強行駕駛，在接近槍時傀儡系統啟動了，因為真嗣說了一句怎么控制不能）拔出了兩把槍。之後，第2使徒Lilith的屍骸土崩瓦解，潛藏在Mark.06體內的第12使徒重又開始活動。Mark.09將Mark.06的頭斬落，出現黑色的帶狀使徒將第13號機繞起來，此時第13號機覺醒，全身布滿核心的第12使徒迅速縮小，然後被吞噬。戰鬥再開，這次2號機戰9號機，8號機戰13號機。由於9號機整體都是核所以明日香無奈選擇射出控制艙並引爆2號機，9號機里的麗也逃離。另一邊，由於第四次衝擊開始，薰脖子上的炸彈被引爆，可是衝擊還是繼續進行，瑪麗強行射出真嗣的控制艙才阻止了衝擊。
陸地上，明日香找到真嗣的控制艙，艙內的真嗣再度進入自閉狀態，明日香只好拽著真嗣走。此時麗也出現，於是三人一起走向遠方。
演職員表
演員表
角色 | 配音 |
碇真嗣 | |
綾波麗 | 林原惠美 |
葛城美里 | 三石琴乃 |
Ryoji Kaji | 山寺宏一 |
Makinami Mari Illustrious | 坂本真綾 |
Asuka Langley | 宮村優子 |
Shigeru Aoba | 子安武人 |
Kaworu Nagisa | |
赤木律子 | 山口由里子 |
Gendo Ikari | 立木文彥 |
Makoto Hyuga | |
ozo Fuyutsuki | 清川元夢 |
Maya Ibuki | 長澤美樹 |
Kensuke Aida | 岩永哲哉 |
Touji Suzuhara | 關智一 |
Hikari Horaki | 岩男潤子 |
Sohryu Kyouko | 川村萬梨阿 |
Naoko Akagi | 土井美加 |
Keel Lorenz | 麥人 |
Mayumi Yamagishi | |
Satsuki Ooi | 山本麻里安 |
Aoi Mogami | |
Asuka's father | 關俊彥 |
職員表
製作人 | 庵野秀明、大月俊倫 |
導演 | 摩砂雪、鶴卷和哉、庵野秀明 |
副導演（助理） | Daizen Komatsuda、Katsuichi Nakayama、Kiyotaka Suzuki |
編劇 | 庵野秀明 |
攝影 | Toru Fukushi |
配樂 | 鷺巢詩郎 |
剪輯 | Yeong-mi Lee |
美術設計 | Tatsuya Kushida、加藤浩 |
人物
 碇真嗣 | 碇真嗣 日文名：碇シンジ（IKARI SHINJI）冰上恭子 別名：碇真治 國籍：日本 性別：男 出生日期：2001年6月6日 Q設定年齡為：28歲 血型：A型 聲優：緒方惠美 身份：第三適任者/第二新東京市立第一中學2年A班學生是EVA初號機的駕駛員，第三適格者（THIRD CHILDREN） 由於親眼目睹了母親在試驗事故中被“消滅”，再加上父親的冷酷無情，給他帶來了莫大的精神壓力，與渚熏共同駕駛十三號機 |
 明日香 | 明日香 中文名： 惣流·明日香·蘭格雷 日語：惣流・アスカ・ラングレー（動畫）、式波・アスカ・ラングレー（新劇場版） 英語：Asuka Langley Soryu、Asuka Langley Shikinami 羅馬字：Sōryū Asuka Rangurē、Shikinami Asuka Rangurē 身份：第二適任者、二號機的駕駛員、第三新東京市立第一中學2年A班學生 Q設定年齡為：28歲 性別：女 生日：2001年12月4日 血型：O型 出生地：德國 國籍：美國 母親：惣流·恭子·齊柏林 前任監護人： 加持良治 現任監護人：葛城美里 班級：第三新東京市市立第一中學2年A組 聲優：宮村優子 |
 渚熏 | 渚薰 日文名：渚カヲル中文名：渚薰 英文名：Nagisa Kaworu 聲優：石田彰 性別: 男 Q設定年齡為：29歲 生日：CE2000年9月13日(和第二次衝擊是同一天) 星座：處女座 血型：AB型 身高：約160cm 左右身份：The Fifth Children |
 真希波 | 真希波 日文名：真希波·マリ·イラストリア 港版官方中文譯名：真希波·真理·伊拉絲多莉亞斯 大陸民間中文譯名：真希波·瑪麗·伊蘭崔亞斯 羅馬音：Makinami Mari Illustrious 性別：女 出生地：英國 （“破"的藍光dvd版內的冊子裡標明） 生日：3月31日 聲優：坂本真綾（さかもと まあや、1980年3月31日 ) Q設定年齡為：28歲 |
 美里 | 葛城美里 日文名：葛城ミサト 發音：Katsuragi Misato 角色定位：EVA女主角之一 Q設定年齡為：43歲 生日：1986年12月8日 星座：射手座 身高：163cm 血型：A型 畢業學校：第二東京大學 聲優：三石琴乃 美裡帶領一部分NERV人員脫離NERV，並組成了AAA阻止人類補完計畫。 |
 赤木律子 | 赤木律子 英文名：Akagi Ritsuko日文名：赤木リツコ 出生日期：11月21日 身份：NERV技術開發部博士/MAGI系統管理員（劇場版q脫離NERV） 血型：O型 Q設定年齡為：44歲 聲優：山口由里子 |
| | 日向誠 日文名：日向マコト 中譯名：日向實/日向誠/日向庚 英文名：Hyuga Makoto 身份：NERV中央作戰司令部成員（劇場版q脫離NERV） 官階：二尉 直屬：葛城美里 |
| | 青葉茂 日文名：青葉シゲル 中譯名：青葉茂 英文名：Aoba Shigeru 身份：NERV中央作戰司令部成員（劇場版q脫離NERV） 官階：二尉 直屬：冬月幸增 生日：5月5日 年齡：30歲 聲優：子安武人 |
 碇源堂 冬月 | 碇源堂 中譯名：碇源堂日文名：碇ゲンドウ 譯名：有碇元渡、碇源堂、碇嚴道 身份：seele頭目 Q設定年齡為：62歲 聲優：立木文彥 出生日期：1969年4月29日 他從年輕時代起就是一個相當神秘的人，為了加入NERV組織而接近碇唯。而後在幾乎毀滅世界的第二次衝擊發生後，他就全力投入解析死海文書、對抗“使徒”，計畫著人類補完計畫和其他種種相關的問題。 |
| | 伊吹摩耶 身份：NERV中央作戰司令部成員（劇場版q脫離NERV） 階級：中尉 曾直屬上司：赤木律子 AAA人員：高雄コウジ |
