金剛殿
始建於明代，後毀，在本次修復時挖出的地基中得到部份印證。民國期間供奉密跡和穢跡金剛（民間俗稱哼哈二將）。1976年經園林部門改建翻修成兩層重檐磚混結構，本次翻建根據專家意見，採用重檐歇山頂磚木結構，高10米，在外觀造型上兼有唐朝雄健和宋朝柔和的特點。殿上安放兩方匾額，其一為明代陳勉所書“惠山寺”，另一方為乾隆皇帝所題，當代著名書法家李可染先生所題“江南第一山”。金剛又名密跡金剛、金剛力士、執金剛等，是總執金剛杵現大威勢維護佛法天神的通稱。密跡指常侍佛，而憶持佛眾秘要之意。金剛殿的兩尊金剛像，採用來自緬甸的優質巨型楠木精雕而成，像高3.5米，外觀古樸；造型剛猛有力，表情生動傳神，表現了護法“擎山持杵遍虛空之勢”，為當代佛像中的藝術精品。
天王殿
在原惠山寺的二山門，即淮軍昭忠祠的頭門原址，挖掘到佛殿的基礎，發現了青石磉板，對照明代惠山寺圖，應為天王殿遺址。本次重建的天王殿系歇山頂建築，東西各設三個拱門。屋頂戧脊東西兩面分別飾有風調雨順國泰民安金字。佛教中的四天王分別為東方持國天王，南方增長天王，西方廣目天王和北方多聞天王。我國寺廟中多有天王殿，供奉四天王，寓意 “風調雨順”。現在殿內所供的“四大天王”採用惠山傳統泥人雕塑工藝精繡而成。
鍾亭
惠山寺銅鐘是這次惠山寺修復的亮點，該鐘採用仿唐式樣，造型古樸大方。鍾重6噸，高2.6米，口徑1.7米，壁厚10厘米。精選黃銅良冶，輔以錫、鋅及稀土元素，加注金、銀等貴金屬，用傳統泥范工藝和成熟的現代鑄鐘技術製造而成。福音清越，聲躍群籟，弘顯惠山古寺唐宋餘韻。惠山寺銅鐘由錫惠名勝區全額出資鑄造。鐘面鐫刻三段銘文，其一為唐代陸羽的惠山寺記，其二為明代卲寶的鐘銘，其三是錫惠名勝 區專為惠山寺修復撰寫的鐘銘。入三摩地
大同殿門坊面西額間原有表彰與太平軍作戰時陣亡的清軍將士的磚刻“河獄英靈”，因其內涵與惠山寺氛圍和功能相衝，故本次修復時將之遷移，改用佛教辭彙“入三摩地”來代之。 “ 入三摩地”典出《愣嚴經》“我憶往昔，恆河沙劫，有佛出世，名為水天。教諸菩薩，修習水觀，入三摩地。”“三摩地”是梵文譯音，其意義是“等至”。“等”是平等，“至”是極點。“等至”就是平等達於極點。通俗地講，入三摩地就是入正定，意為住心一處，不亂不動。大雄寶殿
在大同殿門坊、原李鴻章碑亭後與清祠堂建築（昭忠祠）、龍眼泉之間有一塊空地，這就是清代同治年間被毀的大雄寶殿遺址。2003年5月在原址進行考古挖掘，露出的牆基和出土的青石磉台證實了這一點。新建的大雄寶殿為面闊五間的重檐歇山頂磚木結構建築，殿身圍以厚牆，外設圍廊；殿高13.4米，殿中設藻井，吊頂以荷花圖案彩繪。屋頂戧脊東西兩面分別飾有“佛日增輝”“法輪常轉”金字。面東重檐下的“大雄寶殿”紅底金字系著名佛教領袖巨贊法師（1908－1984，江陰人）所題。殿中抱柱對聯“九龍雲連吉光開佛相，二泉玉瀉禪味得真如”系清帝乾隆南巡幸臨惠山寺時御題，集字而成。
殿內正中所供釋迦牟尼佛高3.6米，呈拈花微笑相，結枷座於須彌山蓮座上。右立執扇長者舍利弗系佛陀大弟子，被稱為“智慧第一”；左立捧經書二弟子目犍連“神通第一”。作為禪宗叢林的惠山寺，供奉總高10.3米的“一佛二第子”有著特別的深意。佛祖後兩側供奉騎青獅的文殊菩薩和駕白象的普賢菩薩分別表大智大行之意；大殿左右兩側供奉十八羅漢像立像。大雄寶殿內所有的佛像均採用唐代生漆脫胎工藝精製而成，可長保千秋。
