但是，圍繞著徐福，有許多懸而不決的疑謎。首先，有無徐福其人，就有人提出懷疑。認為有關徐福的事跡，只是司馬遷根據傳聞所記，目的是借秦始皇信神仙、迷方士的行為，來諷喻漢武帝相似的愛好。有關這一點，在本世紀初，中日學者查證大量史料，進行深入研究後，基本上肯定了歷史上確有徐福其人，司馬遷的記載是可靠的。
其次，是關於徐福的故里。《史記》記徐福為“齊地琅邪人”。1982年6月，江蘇贛榆縣進行了一次地名普查，在縣城北金山鄉南一公里的地方發現一個叫“徐阜”的自然村。據當地人說，“徐阜”原名“徐福”，明清時仍稱“徐福村”。另據出土文物可知，贛榆縣在戰國時屬齊地，秦時屬琅邪郡。由此看來，位於今江蘇贛榆縣城北金山鄉南一公里的徐阜村，應是徐福故里。也有人根據歷史地理沿革情況認為，江蘇贛榆不可能是徐福故里，徐福故里應是漢代的徐鄉縣，故城在今山東龍口市黃縣鎮西北。
第三，在徐福為何東渡的問題上，論者說法各異。為秦始皇尋找長生不老之藥，東渡求神仙自是一說。但不少學者分析當時的社會狀況，認為秦滅六國時，大批燕、齊遺民渡海避難，徐福的童男童女就是其中一支。還有人說，徐福是利用秦始皇求仙之私心，而借其力以自殖民于海外，是“預定之計畫”。
第四，徐福東渡是否到了日本，這是諸謎中爭論最為激烈的一個。最早提出徐福到日本定居的，是五代後周的義楚和尚，其著《義楚六帖·城廓·日本》載：“日本國亦名倭國。東海中。秦時，徐福將五百童男、五百童女止此國，今人物一如長安。”據義楚自述，這一說法得之於他的日本朋友弘順和尚。近代的中日學者最初也都首肯此說，並指出至今日本新宮市還保留著徐福和他的侍員七人墓、徐福祠等遺蹟，每年八月新宮市還要舉行大祭儀式。甚至有人提出，徐福到日本後建立了日本王朝，徐福就是神武天皇。但是，也有很多學者對徐福到過日本一說，提出疑問。他們認為，徐福的船隊無法戰勝海洋上的狂風惡浪，只能停留在中國千裏海岸的各個港口成沿海大小島嶼上，並逐步向中國內陸移居。日本學者更有興起否定之說者。他們認為，塗福東渡日本多屬牽強附會，日本神武天皇是神話時代的人物，根本無法與徐福掛鈎。新宮市的徐福遺蹟，是後世好事者的偽造。傳說中徐福到達的三神山，只是渤海灣的小島，並非日本境內，他們還進一步考證說，徐福東渡日本的傳說，產生於十世紀左右的日本，隨著中日交流的頻繁，常有日本和尚來到中國，他們帶來了有關徐福的傳說。中國的義楚和尚不辨真偽，記人《義楚六帖》中。到了宋代，中國人已對此深信不疑，於是以訛傳訛．直至今日。
即使是同意徐福曾到日本的學者，對於徐福的登入地點，也各執一辭有的認為，徐福是在今新宮市東北數里的波多須浦登入的，此處至今又名“秦住”、“秦須浦”，並留有秦氏後裔、波多須浦面臨太平洋，自古以來就是船舶出人的港口，稍向內陸深入，便是廣“大的近畿平原，有關徐福的遺蹟如徐福祠、徐福冢等，都在這裡。但據《日本書紀》和《續日本紀》記載：東漢靈帝曾孫河智使主曾“率十七縣人夫歸化”。這些漢人，被集中安置在高市郡檜前村居住，這一地區成為漢人主要活動天地。因此，另有人認為。根據當時的自然條件與航海技術，徐福一行的路線應與他們相似，登入點不會是波多須浦。
徐福東渡，雖是二千多年前的舊事，卻是中日關係史上的一個重要課題。可惜迄今為止，仍有眾多有關徐福的疑謎無法作出肯定或否定的結論。這詞是司馬遷著史時所始料而未及的。
