彌陀寺位於海虞鎮原吳宗村瞿家圩,三面環水,地勢優越,交通便捷。過去由於受極左思潮的影響,寺廟移作他用,面貌前非。1999年,經常熟市人民政府批准民眾贊助重建彌陀寺。
該寺大殿名“無量壽佛殿”,長33.6米,寬26.8米,高約22米。大殿雄偉高大,氣勢非凡。殿內供奉阿彌陀佛大佛坐像,其東側奉觀音菩薩。東北側有一口高1.5米、圓徑(直徑)1.2米的大鐘,每逢除夕夜敲響。西側奉地藏王菩薩。大殿東設有生活用房37間(其中膳食用房7間,六上六下及七上七下的住宿樓各1棟,輔房4間)。西有面積1600平方米的長方形放生池,其四角各有一亭,與寬2.4米、長214米的長廊環繞連線。放生池北側還有300平方米的綠化林和5間“先祖紀念堂”,堂內供奉排列整齊的六、七百先祖之靈位。大殿北和東側共有12間念佛堂。南側也有五上五下的的住宿樓1棟。該寺整個建築結構布局合理,環境優美,是善男信女焚香念佛的好地方。
2012年農曆六月十九日,天王殿(前殿)奠基,殿內供奉彌勒佛、四大金剛等。
2001年農曆二月十九觀音生日那天,彌陀寺舉行了隆重的開光儀式。每年農曆十二月初八為彌陀生日。寺內佛事由興福寺下派法師主持。
彌陀寺前身是護國庵,它位於周行老街(西街)周行橋畔西側,面臨哮塘(後稱海洋涇塘)。建於元末,隸屬維摩寺下院。占地面積2000平方米,建築面積600平方米,並列7間。山門供關羽(關雲長)坐像,左右關平捧印、周倉持刀侍立。龕後供韋馱立像。庭院植銀杏2株,樹齡在300年以上。兩廡東奉雷祖,西奉閻王。正殿供奉高逾2米的如來3尊,端坐蓮台。其東側奉純陽,西側奉三官大帝。後院還有觀音殿、祖師殿、僧房等。