1984年任武漢市城市規劃局副局長，同年辭職到武漢大學創立建築學系。1988年赴東京大學留學，1995年獲東京大學工學博士學位。1997年任香港大學研究員。1997年~1998年赴美國作高科技區規劃設計博士後課題研究。1999年應廣州市政府邀請主持“生物島”總體概念性規劃設計。2001年為“喜馬拉雅空間設計”總建築師。2002年為中國一級註冊建築師，先後主持上海國際醫學園區、廣州天河軟體園區等項目規劃設計。2005年被聘為武漢大學城市設計學院教授、博士生導師、院長。
2007年患上罕見的神經元傳導障礙，不能言語、靠呼吸機維生，生命病危。2009年遭到武漢大學的解聘，引起全社會的關注。
學術著作
著有《天地之間》（英國牛津大學出版社出版）、《高科技區規劃設計模式》（美國科學出版社出版）、《混沌空間》、《空間設計構思與表現》、《紅環0.18》等。
設計作品
廣州生物島
北京國際電子總部基地
上海國際醫學園區
廣州天河軟體園區
武大解聘風波
2007年開始，武漢大學著名教授、設計學院開創者張在元患上罕見的神經元傳導障礙，不能言語、靠呼吸機維生，生命已經病危。2009年4月30日，武漢大學校方人員到老教授病床前當面宣布終止其與武漢大學的聘用契約，停止提供醫療費和住房。該訊息以帖子《武漢大學對待功勳教授果真寡情薄義》最先是發在一私人部落格上，後來被不斷轉載至各大論壇，引起社會的極大關注。
有網友認為，武大此舉屬於“狡兔死，走狗烹”的無德行為，完全和大學的人文精神背道而馳。但也有分析認為，是輿論誤解了武大，武大隻不過是當前不完善的醫保制度和教育制度的替罪羊而已。
中國城市化理論
節選自：《中國城市正在重蹈已開發國家覆轍》
各類城市“大動作”儘管被媒體炒作得五光十色，但是高成本、低效益的城市開發結局幾乎很少予以冷靜反思與檢討。其中，危害至深的首要城市問題是跟風的“城市流行病”。
20世紀80年代初，深圳推出旅遊項目“錦繡中華”，於是，雷同或類似“錦繡中華”項目在各地紛紛上馬，結果曇花一現，絕大多數中途夭折或最終倒閉。
20世紀80年代中期，“仿古一條街”風行全國，假古董盛行，扭曲傳統與地方文化，至今留存非常有限。20世紀80年代後期，模仿美國矽谷開發模式，許多城市的高新技術園區均以“谷”命名，諸如“光谷”、“天堂矽谷”等不一而足。
20世紀90年代初期，“廣場風”幾乎刮遍全國；更有不少中小城市不切實際好大喜功建大廣場，內容大而空、形式大而無當，勞民傷財。20世紀90年代後期，“新天地”在上海舊城改造進程中問世，隨之各地類似或雷同“新天地”的項目風起雲湧，似乎評價城市舊區改造的成敗僅僅需要以與“新天地”的仿製距離來衡量。
20世紀與21世紀交替之際，“大學城風”遍及南北，攀比規模，唯恐落後。對於大學遷址以及規模擴大通常搞“拉郎配”以及“快速擴張組合”，而沒有對大學本體的教學與研究實際需要進行前期必要論證，導致一些大學戰線過長，管理失調，出現系列困境。
21世紀初，“會展中心熱”在一些城市有增無減；會展中心確實利用率高嗎？在運營成本上確實可以實現自給嗎？結論仍然不明朗。其實，多數已建成的會展中心閒置率高，需要政府巨額財政補貼。可是有誰曾經向納稅人說明這些城市財政的隱憂呢？
CBD（城市商務中心區）旋風目前仍在席捲神州大地，許多城市都在比拼，競相建設引以自豪的標誌性CBD；與其同步的“流行病”是從北京傳出的SOHO熱，從項目商業策劃、規劃直至上級主管審批，無不以掛上SOHO為現代標籤；
