由於林礪儒聘任了進步人士郭大力、張栗源等任教，以民主方式辦學，平時引導學生看進步書報，引起國民黨反動當局不滿，以停發經費作威脅，迫使林礪儒辭職。學生由連縣步行到韶關向省政府請願，要求林礪儒留任。林礪儒卒於1941年冬離職。院長由省教育廳長黃麟書兼任。
1942年春，遷校於曲江桂頭圩。1943年，由黃希聲任院長。那時物質條件非常困難，但校務仍勉力維持，使教學不至中斷。1945年初，曲江淪滔，該院猝不及防，致遭到重大損失。師生逃難，備極艱辛。最後才在連縣東陂舊院址收容師生。不久遷往羅定榃濮鄉複課，並另在興寧甘塘與廣東法商學院合設分教處，以安置疏散到東江地區的師生。
1945年抗日戰爭勝利，遷回廣州，在光孝寺複課，由羅香林接任院長。1946年秋，由何爵三任院長，遷回石榴崗原勷大校址上課。至1949年，學院規模頗大，設有八個學系，在校學生近七百人。其學系如下：
1、中國文學系。2、歷史學系。3、教育學系。4、英語學系。5、地理學系。6、生物學系。7、物理學系。8、化學系。另在抗戰時辦有體育專修班，抗戰勝利後，省立體專復校，該班復撥回省體專辦理。
