線路歷史
1994年10月06日，市公交總公司開通18路（東芳山莊站←→輪渡站）線路，單程11公里，線路隸屬市公交總公司第一分公司，由輪渡站始發， 經鷺江道、廈禾路、湖濱西路、湖濱南路、蓮前西路、蓮前東路至東芳山莊，每天15分鐘一班，每天54班次；每天06:05分從輪渡站發首班車，18:47從東芳山莊發末班車。
1994年11月16日，市公交總公司以分公司為單位，調整線路編號，一分公司18路更名118路（東芳山莊站←→輪渡站），其他不變。
1996年01月01日起，18路開通投入運營（廈大站←→集美龍舟池站）。
1、沿途站點：上行:廈大→博物館希爾福→大生里→第一醫院→文化宮名匯廣場→公園→一中→將軍祠→文灶→金榜公園美新→火車站→假日商城→蓮坂→蓮花登特口腔→呂厝天虹商場→新華學知書店→SM城市廣場→塘邊光亮醫院→馬壠火炬園→殿前→埔仔→高崎→集美→集美賓館→師範學院→航海學院→地稅→財經學院→石鼓路→水產學院→龍舟池。下行:龍舟池→水產學院→石鼓路→財經學院→地稅→航海學院→師範學院→集美賓館→集美→高崎→埔仔→殿前→馬壠火炬園→塘邊光亮醫院→SM城市廣場→新華學知書店→呂厝天虹商場→蓮花登特口腔→蓮坂→雙涵路口→火車站→金榜公園美新→文灶→人民保險→將軍祠→一中→中山公園→文化宮名匯廣場→中山路→鎮海路→大生理→博物館希爾福→理工學院→廈大。
2、首末班時間：廈大首班06:10 末班18:30，集美龍舟池首班06:40末班19:50。
2007年05月26日起，思明南路原“博物館希爾福站”更名為“博物館站”。同時，公園南路原“文化宮名匯廣場站”更名為“新華路口（原文化宮）站”；文園路原“人民保險站”更名為“ 文園路口站”；廈禾路原“金榜公園美新站”更名為“金榜公園站”；廈禾路原“假日商城站”更名為“雙涵路口站”；廈禾路原“蓮坂站”更名為“蓮坂國貿站”；嘉禾路原“蓮花登特口腔站”更名為“蓮花路口東站”；嘉禾路原“呂厝天虹商場站”更名為“呂厝北站”；嘉禾路原“新華學知書店站”更名為“仙岳路口站”；嘉禾路原“塘邊光亮醫院站”更名為“塘邊站”；嘉禾路原“馬壠火炬園站”更名為“馬壠站”。
2009年08月13日起，接市交通改善辦通知，為緩解馬壠站列車化現象，進島方向的馬壠公交停靠站實行分站停靠，分為外側停靠站和內側停靠站，外側停靠同集路方向進島的18路公交線路。
2009年10月13日，第一階段：10月13日零時至31日零時，新華路（鎮海路口—中山路口）路段雙向封閉施工，禁止車輛通行；行經車輛繞行鎮海路、公園南路。18路公車，從文灶方向行至鎮海路新華路口，改為直行鎮海路，經同安路、虎園路接原線路運行，返程運行線路不變，單向減停新華路口站，原停靠公園南路的中山公園站改為臨時停靠虎園路的中山公園站。
2010年09月16日起，為配合中山路東段改為步行街，廈門公交集團18路公交線路進行相應調整：往廈大方向，經虎園路左轉同安路、鎮海路接原線路運行。增停：實驗國小、第一醫院、雙十中學站，減停：中山公園、第一醫院思明分院、中山路站。返程時運行不變。
2010年10月01日起，廈門公交線路編號調整，廈門公交集團集美公司18路更名為959路（集美龍舟池站←→廈大站）。
2010年10月22日起，因高集海堤進行雙向封閉施工改造，廈門公交集團集美公司959路進出島線路改經廈門大橋進島，沿途停靠站點調整如下：增停集美站的線路；增停大橋收費站與鐵路間輔道上的高崎站（新設）的線路。959路公交線路都減停原由集高海堤進島後停靠的高崎站，線路出島方向的線路走向和停靠站點不變。
2010年11月19日起，因思明南路（壽山路—成功大道）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，959路公交線路需改道繞行，具體如下：
第一階段：2010年11月23日至12月21日，東側施工道路封閉。
調整方案：線路由廈大往鎮海路方向行至思明南路成功大道路口，改為左轉成功大道，經民族路、鎮海路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里站；單向增停：婦幼保健院站和外貿宿舍站。
第二階段：2010年12月22日至2011年01月20日，西側施工道路封閉。
調整方案：線路由鎮海路往廈大方向行至思明南路壽山路口，改為右轉壽山路，經民族路、成功大道、思明南路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里、博物館站；單向增停：外貿宿舍站。
2011年05月04日, 因思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，第一階段封東側開始施工道路封閉。959路線路由廈大始發，改經演武路、民族路、成功大道、思明南路接原線路運行，減停：博物館站，增停：廈大西村、中華兒女美術館和冷凍廠站。返程運行不變。
思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，第一階段封閉施工至2011年06月05日結束，為保障高考考生的交通出行，6日至8日思明南路恢復雙向通行，9日起實施第二階段封閉施工：
第二階段：2011年06月09日至07月08日，西側施工道路封閉。
959路線路往廈大方向行至思明南路成功大道路口，改經成功大道、民族路、演武路接原線路運行，增停：冷凍廠、中華兒女美術館和廈大西村站，減停：理工學院站。返程運行不變。
2011年08月15日起，廈門公交集團公交線路最佳化調整運營方案：940路和959路整合為959路（集美喜盈門站←→廈大站）
1、整合後線路走向：集美喜盈門經潯江北路、樂海路、盛光路、印斗路、石鼓路、鰲園路、廈門大橋、嘉禾路、湖濱南路、湖濱中路、文園路、虎園路、同安路、鎮海路、思明南路至廈大。
2、線路途經站點：上行：集美喜盈門→嘉庚體育館→市二院→師範學院→航海學院→集美地稅→財經學院→石鼓路→水產學院→龍舟池→集美學村→集美火車站→ 高崎→高崎火車站→殿前→馬壠→塘邊→SM城市廣場→仙岳路口→呂厝北→蓮花路口東→蓮坂外圖書城→湖東路東→新村→閩南大廈→湖濱中路→文園路口→將軍祠→一中→實驗國小→第一醫院→雙十中學→鎮海路→大生里→博物館→理工學院→廈大。下行：廈大→博物館→大生里→第一醫院→新華路口→中山公園→一中→將軍祠→湖濱中路→新村→湖東路東→蓮坂外圖書城→蓮花路口東→呂厝北→仙岳路口→SM城市廣場→塘邊→馬壠→殿前→高崎火車站→ 高崎→集美學村→龍舟池→水產學院→石鼓路→財經學院→集美地稅→航海學院→師範學院→市二院→嘉庚體育館→集美喜盈門。
3、首末班時間：喜盈門首班06:00 末班21:10，廈大首班06:15 末班21:45。
2011年11月25日起，廈大公交首末站正式啟用後，廈門公交集團集美公司959路條線路調整方案如下：由臨時站點調整回廈大站始發。
2011年12月12日起，石鼓路原“航海學院站”更名為“輪機工程學院站”。同時， 石鼓路原“水產學院站”更名為“機械工程學院站”。
2012年03月06日起， 因集美區集美學村門口的鰲園路施工改造。進出島的959路上行進島方向由集美喜盈門行駛至石鼓路上的地稅站後不再直行石鼓路，改右轉集源路、銀江路接原線路行駛，往返一致，雙向減停財經學院站、石鼓路站、機械工程學院站、龍舟池站、集美學村站。雙向增停集源路上的集美區政府站，上下行一致。
2015年04月04日起，因軌道交通1號線文灶站主體土建建設需要，湖濱中路的禾祥東路口至廈禾路口段由北往南單向通行；同期，後濱路的廈禾路口至禾祥西路口段由南往北單向通行，形成循環通行道路。受影響的959路公交線路調整方案如下：由文園路往湖濱中路方向，行至廈禾路口，改為左轉廈禾路，經後濱路、禾祥西路、湖濱中路接原線路運行，返程不變。此次調整暫不涉及站點增減停。
2015年04月25日至2016年04月25日，受集美立交橋改造工程影響，附近部分公交線路將減停站點，或者改走繞行線路。進出島線路959路：出島方向，過廈門大橋後改為直行同集路，經集源路、石鼓路接原線路往集美喜盈門。減停5個站點：集美學村站、龍舟池站、機械工程學院站、石鼓路站、財經學院站。進島方向，集美喜盈門始發，行至鰲園路，改走新橋接上廈門大橋。減停：集美學村站。
2015年05月16日起，因軌道1號線施工，湖濱東路福聯路口的東進口實行禁左措施，同時往蓮坂方向的湖東路東站和蓮坂外圖書城站實行分站停靠：分站停靠: 蓮坂外圖書城站（往蓮坂方向），停靠線路為湖濱南路直行和湖濱東路左轉湖濱南路的959路線路。
2015年08月15日起，959路公交線路最佳化調整，調整959路（集美喜盈門站←→廈大站）出島方向不繞行新華路，調整路段原客源由廈門3路替代運營。
1、線路走向：廈大始發行至鎮海路，改經同安路、虎園路接原線路運行，返程不變。
2、增減停站點：增停：實驗國小站（往集美方向）、鳳林南站（雙向）等站；減停：新華路口站（往集美方向）、中山公園站（往集美方向）等站。
3、首末班時間：集美喜盈門首班05:50末班21:10，廈大首班06:15末班21:45。
2016年03月25日起，為改善候車環境，對“嘉庚體育館站”（進島方向）站點停靠進行調整。嘉庚體育館站（進島方向）實行分站停靠，959路停靠站點不變。
2016年04月16日起，為方便市民及遊客的出行，思明南路的“廈大站”首末站更名為“廈大南門（南普陀）站”（集美喜盈門站←→廈大南門﹝南普陀﹞站）。同時，思明南路的“博物館站”更名為“華僑博物院站”；思明南路的“理工學院站（思明）”更名為“理工學院思明校區站”；思明南路的“鎮海路站”更名為“鎮海路口站”；鎮海路的“雙十中學站”更名為“雙十中學鎮海校區站”；文園路的“文園路口站”更名為“文塔站”。
2017年01月21日起，湖濱南路的“湖東路東站”更名為“綠家園小區站”。同時，湖濱南路的“湖東路西站”更名為“湖濱四里站”；湖濱南路的“新村站”更名為“湖濱中學站”。
2017年12月31日起，為配合軌道交通1號線試運營，959路截短為（東安公交場——高崎T4公交場），減停高崎火車站（中埔），殿前站，馬壠站，塘邊站，SM城市廣場站，仙岳路口站，呂厝北站，蓮花路口東站，蓮坂外圖書城站，綠家園小區站，湖濱四里站，湖濱中學站，閩南大廈站，湖濱中路站，文塔站，將軍祠站，一中站，實驗國小站，第一醫院站，雙十中學鎮海校區站，鎮海路口站，大生里站，華僑博物院站，理工學院思明校區站，廈大南門﹝南普陀﹞站，增停：太古宿舍站，高崎T4公交場站。
2018年4月6日起，為進一步方便禾山街道的林後、尚忠、縣後等片區乘客往返中埔、集美石鼓路方向的出行需求，調整959路改至高崎T4候機樓站始發，並繞行金尚路、枋湖北二路等路段，具體如下：
959路（東安公交場站—高崎T4候機樓）
（一）線路走向：
上行：東安公交場站始發，行至枋鍾路金尚路口，改經金尚路、枋湖北二路、雲頂北路、高崎南八路、高崎南七路、高崎南二路至高崎T4候機樓站。
下行：高崎T4候機樓站始發，經高崎南二路、高崎南一路、高崎南八路、雲頂北路、枋湖北二路、金尚路、枋鍾路至“太古宿舍”站接原線路往東安公交場站。
（二）增減停站點：
增停：林後、大湖、坂上社、坂尚（往東安）、尚忠、禾山街道、湖裡高新技術園、禾山嶺下、BRT縣後、雲頂北路枋鍾路口（往東安）、高崎T4候機樓（往T4）；
減停：埭遼、高崎T4公交場站。
（三）線路長度：22.45公里。
（四）計畫班次數：165班。
（五）首末班時間：
東安公交場站 首班6:00 末班21:45
高崎T4候機樓 首班6:15 末班21:45
（六）調整後959路票價不變，票價優惠詳見《公交票價優惠的對象及優惠標準》。
沿途站點
廈門959路公車路線(東安公交場站—高崎T4候機樓)
上行：東安公交場站→東安路口→集美中學高中部→海鳳路→紅林路→嘉庚體育館→市第二醫院→師範學院→輪機工程學院→銀亭社區→財經學院→石鼓路→機械工程學院→集美學村→高崎→高崎火車站(中埔)→殿前北站社區→太古宿舍→林後→大湖→坂上社→尚忠→禾山街道→湖裡高新技術園→禾山嶺下→BRT縣後→高崎T4候機樓
下行：高崎T4候機樓→BRT縣後→禾山嶺下→禾山街道→尚忠→坂上社→坂尚→大湖→林後→太古宿舍→殿前北站社區→高崎火車站(中埔)→高崎→集美學村→機械工程學院→石鼓路→財經學院→銀亭社區→輪機工程學院→師範學院→市第二醫院→嘉庚體育館→紅林路→海鳳路→集美中學高中部→東安路口→東安公交場站
