線路歷史
翔安區內線路
2004年02月14日起，309路開通投入運營（文教園區站←→東禾第一商圈站）。
1、沿途站點：上行: 文教園區→新店→區政府路口→文化中心→祥梧→火炬路口→人才市場站→翔安大道→火 炬高新大廈→友達→東禾第一商圈。下行:同上行，方向相反。
2、首末班時間：文教園區首班06:00末班18:00，東禾第一商圈首班06:45末班18:30。
2008年09月01日起，309路調整延伸至火炬園三期站始發（翔安文教園站←→火炬園三期站）。
廈門309路沿途站點：翔安文教園、新店、翔安區政府路口、翔安文化中心、祥吳、翔安火炬園路口、翔安人力市場、翔安大道、火炬高新大廈、下楓、洪塘金包銀、火炬公寓、同龍二路、火炬園三期。
2010年10月01日起，廈門公交線路編號調整，廈門公交集團翔安公司309路更名為709路（翔安文教園站←→火炬園三期站）。
99路高峰區間線
2011年10月17日起，309路（99路高峰區間）新開通投入運營（金山小區站←→中山醫院站）。
1、線路走向（線長：11）：金山西路→雲頂北路→仙岳路→枋湖東路→金山西路→金尚路→仙岳路→台灣街→呂嶺路→湖濱北路→蓮岳路→檳榔路→安平路→鳳嶼路→湖光路→湖濱南路。
2、停靠站點：上行:金山小區、國際山莊、金山西里、太薇山莊、太薇花園、中醫院、中醫院分院、天地花園、江頭市場、呂厝、呂厝西、長青路口、蓮岳路口、湖明路口、檳榔新村、鳳嶼路口、湖光路、新村、閩南大廈、中山醫院。下行:中山醫院、新村、湖東、湖光路、檳榔新村、湖明路口、篔簹街道、長青路口、呂厝西、呂厝、江頭市場、天地花園、中醫院分院、中醫院、太薇花園、祥店、金山西里、國際山莊、金山小區。
3、運營時間：周一至周五早高峰07:20～09:40。
2013年02月09日至02月15日（除夕至正月初六）春節期間，高峰區間線 暫停運營。
2014年01月30日至02月06日（除夕至正月初七）春節期間，高峰區間線 暫停運營。
2014年06月22日至2015年01月15日（交通管制時間），因仙岳路與成功大道立交改造工程施工圍擋，中醫院站（翔安進島方向）往前遷移約50米，中醫院分院站（翔安進島方向）臨時調整，在仙岳路（往前過禾山路口處）和台灣街上分設2個臨時公交站點，309路經停中醫院分院的線路調整停靠：圍擋期間開放仙岳路由東向南左轉台灣街的信號燈，往台灣街方向的309路公交線路改停台灣街的臨時公交站點 （站名：中醫院分院（台灣街）站）。
2014年06月25日起，因仙岳路立交改造工程需要，出島方向中醫院站臨時取消，途經309路公交線路往翔安隧道方向，均停靠太薇花園站，單向減停中醫院站。
2015年02月18日至02月24日（除夕至正月初六）春節期間，高峰區間線 暫停運營。
2015年04月19日起，呂嶺路寶龍天橋到金尚路一段，將進行污水排放管道工程施工。受施工影響，報業大廈站、江頭市場站、公路征費中心站將取消停靠或設定臨時停靠點。江頭市場站（往仙岳路方向），將臨時取消公車輛停靠。
2015年06月13日起，309路線路恢復停靠往翔安隧道方向的“中醫院站”。
2016年02月05日起，呂嶺路污水管道改造已竣工，途經線路恢復停靠受施工影響的“江頭市場站”公交站點，309路恢復停靠台灣街東側（往仙岳路方向）的“江頭市場站”。
2016年06月25日起，湖濱南路的“中山醫院站”更名為“濱南中山醫院站”（金山小區站←→濱南中山醫院站）。
2016年09月03日起，99路截短，改行走309路線路（金山小區——濱南中山醫院），取消309路。
原L5路連結線
2017年07月17日起，72路最佳化調整為309路工作日高峰區間線，調整減停路段可由51路、59路、87路、436路等多條線路分流。
309路（東渡公交場站—公園東門站）
線路走向： 上行：東渡公交場站始發，經湖濱北路、建興路、篔簹路、白鷺洲路、公園東路（中興路口調頭）至公園東門。 下行：公園東路始發，經公園東路、白鷺洲路、湖濱北路（同益碼頭路口調頭）至東渡公交場站。
停靠站點：東渡公交場站、濱北中行、建興路（往公園東門）、外國語學校（往東渡公交場站）、白鷺洲公園、天湖苑、普利大廈、袁厝、公園東門（往袁厝方向一側站點）。
工作日高峰運行時段：
東渡公交場站 早高峰 7:00-9:00 晚高峰17:00-19:00
公園東門 早高峰 7:15-9:15 晚高峰17:15-19:15
2018年11月26日起，緩解87路東渡至廈大西村段的高峰期客流壓力，同時方便廈大北村周邊乘客高峰期接駁軌道交通1號線中山公園站，調整309路首末站為郵輪中心至廈大（南普陀）。具體方案為：
（一）線路走向：
上行：郵輪中心始發，經東渡路、湖濱北路（同益碼頭調頭區調頭）至“濱北中行”站接原線路行至“公園東門”站，改經公園東路、虎園路、鐘鼓山隧道、思明南路、演武路、思明南路至廈大（南普陀）。
下行：廈大（南普陀）始發，經思明南路、鐘鼓山隧道、虎園路、公園東路至“公園東門”站接原線路行至湖濱北路東渡路口，改經東渡路、狐尾山隧道、東港路、東港北路、東渡路至郵輪中心。
（二）增減停站點：
增停：郵輪中心、東渡狐尾山（往郵輪中心）、濱北東渡（往廈大）、公園東路、廈門賓館、植物園、廈大（南普陀）；
減停：東渡公交場站。
（三）線路長度：7.2公里。
（四）計畫班次數：36班。
（五）工作日運行時段:
早高峰：郵輪中心6:40-8:40 廈大（南普陀） 7:10-9:10
晚高峰：郵輪中心16:00-18:00 廈大（南普陀） 16:30-18:30
2019年1月12日起，為方便郵輪中心往返廈大片區的乘客出行，在原有工作日運行的基礎上，增加309路非工作日的運行時段，調整後309路運營時段為：
工作日：郵輪中心06:40-08:40 16:00-18:00；廈大（南普陀）07:10-09:10 16:30-18:30。
非工作日：郵輪中心07:30-11:10 13:40-16:20；廈大（南普陀） 08:00-11:40 14:10-16:50。
使用車型
2017年07月17日，72路調整為309路，配車3台XMQ6127G: Z2683 Z2821 Z2828
2017年10月09日，309路轉交湖裡公司運營，由51路套跑，配車2台XML6125JHEVA5CN1: Z5296[5133] Z5291[5136] 1台XMQ6127AGCHEVD51: Z6635[6112]
隸屬單位
2016年09月03日，309路取消。
2017年07月17日，72路調整為309路，屬於廈門市快速公交運營有限公司。
2017年10月09日，309路轉交湖裡公司運營。
運營模式
309路【郵輪中心——廈大（南普陀）】
首末班
工作日：
郵輪中心 06:40-08:40 16:00-18:00
廈大（南普陀） 07:10-09:10 16:30-18:30。
非工作日：
郵輪中心 07:30-11:10 13:40-16:20
廈大（南普陀） 8:00-11:40 14:10-16:50。
票價
一票制1元，E通卡8折優惠。
線路走向
上行：郵輪中心始發，經東渡路、湖濱北路、建興路、篔簹路、白鷺洲路、公園東路、虎園路、鐘鼓山隧道、思明南路、演武路、思明南路至廈大（南普陀）。
下行：廈大（南普陀）始發，經思明南路、鐘鼓山隧道、虎園路、公園東路、白鷺洲路、湖濱北路、東渡路、狐尾山隧道、東港路、東港北路、東渡路至郵輪中心。
停靠站點
上行：郵輪中心站→濱北東渡站→濱北中行站→建興路站→白鷺洲公園站→天湖苑站→普利大廈站→袁厝站→公園東門站→公園東路站→廈門賓館站→植物園站→廈大（南普陀）站。
下行：廈大（南普陀）站→植物園站→廈門賓館站→公園東路站→公園東門站→袁厝站→普利大廈站→天湖苑站→白鷺洲公園站→外國語學校站→濱北中行站→東渡狐尾山站→郵輪中心站。
配車
51套跑：
2台XML6125JHEVA5CN1: Z5296[5133] Z5291[5136]
1台XMQ6127AGCHEVD51: Z6635[6112]
87套跑
