線路歷史
上世紀90年代，廈門公交44路開通投入運營（高崎新村站←→火車站）。
1、沿途站點：上行:高崎新村→蔬菜交易市場→果品交易市場→埔仔→殿前→馬壠火炬園→塘邊光亮醫院→SM城市廣場→新華學知書店→呂厝天虹商場→寶龍中心→蓮花登特口腔→蓮坂→雙涵路口→火車站。下行:火車站→假日商城→蓮坂→蓮花登特口腔→寶龍中心→呂厝天虹商場→新華學知書店→SM城市廣場→塘邊光亮醫院→馬壠火炬園→殿前→埔仔→果品交易市場→蔬菜交易市場→高崎新村。
2、首末班時間：高崎新村首班06:40末班22:35，火車站首班06:20末班22:00。
2007年01月09日起，因梧村汽車站地下通道和商業街工程的開展，公交線路將進行調整：由蓮坂往火車站方向44路線路，終點不再行至火車站大廣場或小廣場停靠，改為在湖濱東路與廈禾路的交叉口調頭，停靠在湖濱東路華星大廈一側的臨時停靠站點上下客後即返程運行。
2007年04月30日起，因春運需要而調整到火車站廣場發車的廈門公交44路調回湖濱東路公交臨時站點處發車。
2007年05月26日起，廈禾路原“假日商城站”更名為“雙涵路口站”。同時，廈禾路原“蓮坂站”更名為“蓮坂國貿站”；嘉禾路原“蓮花登特口腔站”更名為“蓮花路口東站”；嘉禾路原“呂厝天虹商場站”更名為“呂厝北站”；嘉禾路原“新華學知書店站”更名為“仙岳路口站”；嘉禾路原“塘邊光亮醫院站”更名為“塘邊站”；嘉禾路原“馬壠火炬園站”更名為“馬壠站”。
2008年07月12日起，廈門公交44路調整到火車站廣場發車（高崎新村站←→火車站）。上行：增停蓮坂國貿站（廈禾路）；減停湖東、蓮坂國貿站（湖濱南路）；下行：增停蓮坂國貿站（廈禾路）；減停湖東站、蓮坂國貿站（湖濱南路）。
2008年09月29日起，為配合搞好梧村汽車站地下商業街工程施工，從2008年09月29日至工程施工結束期間，途經廈禾路梧村汽車站路段和進入火車站大、小廣場的公交線路、班次將進行調整。廈門公交44路減少班次，按原線路運行。
2009年08月13日起，接市交通改善辦通知，為緩解馬壠站列車化現象，進島方向的馬壠公交停靠站實行分站停靠，分為外側停靠站和內側停靠站，內側停靠廈門公交44路。
2010年09月26日起，為配合湖東路口紅綠燈啟用，原湖東公交臨時發車點將取消，火車站片區部分公交線路運營方案同時調整。還有廈門公交44路在火車站大廣場始發、停靠的線路。
2011年01月18日起，廈門公交44路調整在湖濱東路華星大廈前停靠始發。具體為：廈門公交44路改為直行廈禾路右轉湖濱東路、湖濱南路接原線路返回。調整路段往火車站方向經停蓮坂國貿和湖東火車站（新設）；返程經停湖東路東和蓮坂外圖書城站。
2011年01月18日起，原火車站大廣場的站牌移至湖東路的“火車站”公交站點（湖東路西側，原中閩酒店前）。
44路〈高崎新村—火車站﹝湖東﹞〉
1、沿途站點：上行:高崎新村→水產交易市場→蔬菜交易市場→果品交易市場→埔仔→殿前→馬壠→塘邊→SM興山路→仙岳路口→呂厝北→寶龍中心→蓮花路口東→蓮坂北→蓮坂國貿→火車站（湖東）。下行:火車站（湖東）→湖東路東→蓮坂外圖書城→蓮坂北→蓮花路口東→寶龍中心→呂厝北→仙岳路口→富環大廈→SM興山路→塘邊→馬壠→殿前→埔仔→果品交易市場→蔬菜交易市場→水產交易市場→高崎新村。
2、增減停站點：增停:蓮坂國貿（上行）、火車站（湖東路）、湖東路東（下行）、蓮坂外圖書城站（下行）；減停:雙涵路口（上行）、火車站（大廣場）、雙涵路口（下行）、蓮坂國貿站（下行）。
3、首末班時間：高崎新村首班06:40末班22:20，火車站首班06:30末班22:10
2011年04月22日起，因仙岳路興山路口左轉紅綠燈取消，由塘邊往呂厝方向，行至嘉禾路園山南路口，改為直行嘉禾路，往返一致。線路均雙向增停：SM城市廣場站（嘉禾路），減停：SM興山路站。同時往高崎方向單向減停：富環大廈站。
2013年11月16日起，廈門公交集團湖裡公司44路調整延伸至萬翔物流園公交首末站始發。調整後，廈門公交44路（萬翔物流園站←→火車站﹝湖東﹞）。
1、線路走向：上行由萬翔物流園始發，經港中路、鰲山路、高崎北路接原線路往火車站；下行由火車站始發，行至高崎北路，經鰲山路、港中路至萬翔物流園。
2、增停站點：萬翔物流園站、萬翔商務中心站。
3、沿途站點：上行:萬翔物流園→萬翔商務中心→高崎新村→水產交易市場→蔬菜交易市場→果品交易市場→高崎火車站→殿前→馬壠→塘邊→SM城市廣場→仙岳路口→呂厝北→寶龍中心→蓮花路口東→蓮坂北→蓮坂國貿→火車站（湖東）。下行:火車站（湖東）→湖東路東→蓮坂外圖書城→蓮坂北→蓮花路口東→寶龍中心→呂厝北→仙岳路口→SM城市廣場→塘邊→馬壠→殿前→高崎火車站→果品交易市場→蔬菜交易市場→水產交易市場→高崎新村→萬翔商務中心→萬翔物流園。
4、首末班時間：萬翔物流園首班06:40末班22:50，火車站首班06:30末班22:40。
2015年05月16日起，因廈門軌道交通1號線施工，湖濱東路福聯路口的東進口實行禁左措施，同時往蓮坂方向的湖東路東站和蓮坂外圖書城站實行分站停靠：分站停靠:湖東路東站（往蓮坂方向），停靠線路為湖濱東路右轉湖濱南路的廈門公交44路。
2017年01月21日起，湖濱南路的“湖東路東站”更名為“綠家園小區站”。
2017年12月31日期，配合廈門軌道交通1號線開通試運營，廈門公交44路截短到高崎火車站（中埔）。
線路走向：
上行：萬翔物流園始發，行至高崎北二路高崎北三路口，改經高崎北三路、鰲山路、嘉禾路至高崎火車站（中埔）。
下行：高崎火車站（中埔）始發，經嘉禾路、高崎北二路接原線路至萬翔物流園。
增減停站點：
增停：高崎遠東學院（往高崎火車站）。
減停：果品交易市場（往高崎火車站）、殿前、馬壠、馬壠（火炬園）、塘邊、SM城市廣場、仙岳路口、呂厝北、寶龍中心、蓮花路口東、蓮坂北、雙涵路口、綠家園小區、火車站（湖東）。
運行路段
廈門公交44路（萬翔物流園站←→高崎火車站﹝中埔﹞
線路走向：
上行：萬翔物流園站始發，經港中路，鰲山路，高崎北路，高崎北二路、高崎北三路、鰲山路、嘉禾路高崎至火車站﹝中埔﹞。
下行：高崎火車站（中埔）始發，經嘉禾路、高崎北二路、高崎北路、鰲山路、港中路至萬翔物流園站。
沿途站點
廈門公交44路（島內線路）萬翔物流園站[首班06:40 末班22:50]←→高崎火車站﹝中埔﹞[首班06:40 末班22:40]
跨段站點：萬翔物流園——高崎火車站﹝中埔﹞
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
上行
萬翔物流園站→萬翔商務中心站→高崎工業區站—高崎新村站→水產交易市場站→蔬菜交易市場站→高崎遠東學院站→高崎火車站（中埔）
下行
高崎火車站(中埔)→果品交易市場站→蔬菜交易市場站→水產交易市場站→高崎新村站→高崎工業區站—萬翔商務中心站—嘉崇路口站→萬翔物流園站
