角色形象
身份背景
上條當麻就讀於學園都市某高中的高中生。右手名為幻想殺手，擁有不論善惡、讓任何異能之力（無論是超能力還是魔法）消滅的特異能力。都市傳說中“擁有能將任何能力無效化的能力的男人”的正體。但是由於無法被學園都市的身體檢查儀器檢測到，而被測定為Level 0的無能力者。
雖然被分類為“愛打架的壞學生”，但是上條當麻並不是打架高手。若是與不良少年對打，也只有一對一的時候才會贏。一對二的話就相當危險，一對三的話肯定要逃命，只是這種程度而已。本人對自己的長跑本事挺有自信 。
外貌衣著
身高體重都為平均水準的他，是稍微有點肌肉的那種類型，並非他參加了運動社團，那些肌肉是通過在小巷裡打架或逃跑等非常規的方式鍛鍊出來的。亂翹的沖天頭髮型，似乎參照了流行雜誌，從這一點可以看出男高中生“稍微在意外表”的心理意識 。
足下穿著鞋底很硬的廉價籃球鞋，走在路上會讓雙腳倍感疲憊 。
性格特點
大霸星祭基本上討厭麻煩的事，對自己不喜歡的事情是絕對不會做的，平時也沒什麼精神。在失憶以前，還會因為自己的卑微和無力而消極，自嘲是“偽善者”。事實上，上條是個很重情義的熱血漢。在上條的心中，所謂“隨處可見的平梵谷中生”，就是指單單看見別人真的遇上困擾，便能隨時化為英雄的那種人 。擁有強大的力量卻絕不驕傲；無論面對何等的弱者或是強者，皆能給予同等對待 。
難以容忍身邊的人死亡 。“不失去任何東西，讓大家帶著笑容回家”是上條的夢想 ，甚至會不惜賭上自己的性命來實現自己的這個夢想。不明確劃分敵我界線，甚至會將敵對者也納入考量 。
他雖然愛管閒事，自己的問題卻總是一個人煩惱 ，喜歡一個人硬撐 ，始終不會輕易在人前落淚。縱然厄運纏身，也會在別人陷入不幸前挺身而出 。嘴上說百分之百貫徹自己的任性，實際上卻是想守護大家的笑容 。他雖然說什麼“任性”和“只是做自己想做的事”之類的話，但他的邏輯里有種“只”將自己當成棋子的傾向 。
即使處於何種逆境，直到最後都不會放棄。這種不屈的精神，使他克服了各種困難。一方通行就認為上條“最可怕的是不願放棄的堅持” ，由於曾阻止了某個實驗，還被一方通行看作是“為了阻止悲劇而存在的人” 。蕾薇妮雅·柏德蔚也曾跟上條說過“你不是因為那隻右手才如此活躍，而是你本身的存在，讓寄宿在右手的力量的得以活躍” 。
上條不想依賴暴力，相信可以靠溝通來解決問題 。但在實際過程當中，他卻總是一頭栽進事件里並且用拳頭打倒敵人，最後保護了某人與他的小小世界，這一點一點的積累甚至讓第三次世界大戰的得以終結，故而被當成某種英雄，這是他給人正向的一面。然而改變一下立場就會發現，看不順眼的傢伙全都不放過，稍微看得上眼的女性就橫刀奪愛，遇到抵抗就毫不留情地揮拳逼對方接受，這也是上條當麻這個人的其中一面 。薇莉安就說他“自己內心並沒有特定的立場和思想，因應不同場合，聽取人們的需求，不論發生什麼情況，為了做出最佳選擇，不惜使用任何手段” ，亞雷斯塔就指出上條的“行動準則不是基於善惡選擇，只是隨內心的想法而行，碰巧被別人擅自評為善行罷了” ，愛華斯則將上條分類為三種英雄之一的“未受過任何人指導，僅遵循自己內心湧現的感情勇往直前之人” ，但也意味著他無法永遠做出正確的選擇 。
不幸體質
不幸體質打從出世就非常“不幸”的人，具有眾所皆知的不幸體質，口頭禪是“不幸啊！” 。明明沒有做什麼壞事，卻總是只有他一定會被捲入麻煩當中 ，甚至已經成為了“日常之事”。是被朋友們認為只要有他在身邊，就可以像避雷針一樣把所有不幸都吸走而大受歡迎的男人 。曾在《出路希望調查表（天角譯作：畢業後志願調查表）》中填寫“只要能變得幸福，無論怎樣都無所謂”這樣引人熱淚的殷切希望 。
小時候被周遭的同學和大人們當作瘟神般得存在，有著“待在上條身邊的人也會跟著‘不幸’”、“遠離當麻，就可以遠離‘不幸’”的謠言，並有無數次受到精神和肉體上傷害的經歷。為此，他的父親上條刀夜在他幼稚園畢業後便將他送進了“完全沒有迷信”的學園都市。
實際上，上條不幸的原因全是來自於右手。其幻想殺手可以無意識間會將“神明的庇佑”、“命運的紅線”之類微弱的“異能之力”消除，結果使得上條總是遇到不幸的事情 。
因為上條是個不幸的人，所以他的臨時應變能力極強 。土御門元春將上條的“不幸”解釋為“不論遇到幾次如同地獄一般的厄運，也可以平安克服的強大幸運” 。蕾薇妮雅·柏德蔚則認為上條的特徵並非“不幸”，相反的，其最出色的部分，就是如何將“不幸”轉化為自己的力量 。
桃花體質
雖然具有不幸體質，桃花運卻異常旺盛，周圍經常有女孩圍繞著。經常會對身處逆境的不幸少女而“挺身而出”，為此茵蒂克絲還得出“（上條）打架=拯救不幸少女”的公式 ，並表示出對“這種事早就習慣了”的麻木 ，面對上條將五和帶到家中也曾擺出“無所謂了”的冷淡。
月詠小萌老師便稱上條這種“賭上性命的結果，反而會讓你跟女孩子拉近距離” 。為了拯救茵蒂克絲這名少女，即使受到記憶喪失的打擊仍然勇往直前，毫不猶豫斬斷束縛少女的“項圈”，使其吐露“茵蒂克絲最喜歡當麻了”的感情 ；面對有如神祇般力量的鍊金術師，甚至不惜讓右臂被切斷，由此獲得的姬神秋沙的好感；用賭上性命阻止了那場實驗，成為了御坂美琴心中“只要哭喊，就會來救我的英雄”；由於茵蒂克絲的“項圈”、“天使墜落”事件和有天草式捲入的“法之書”事件的解決，使得神裂火織對其抱持好意；背負著“在學園都市裡時曾經用一隻拳頭對戰手持七天七刀的女教皇，而且還打中女教皇的臉讓她認輸”、“單槍匹馬不帶任何武器，對羅馬正教有名的兩百五十名戰鬥修女宣戰”等傳說 ，被天草式少女五和所傾慕；而且還是第5位的食蜂操祈的精神支柱、“魔神”歐提努斯的理解者……但是上條本人在戀愛方面卻相當遲鈍。仔細一看，上條身邊都是些可愛的女孩子，但是考量到她們總會引來某些災難，這或許也屬於不幸的一部分。
因為是獨生子，所以會對姐姐般的女性有憧憬，喜歡類似“管理員姐姐”的體貼類型 。當看到“女孩子（五和）做料理的景象”時會不住淚流，被白井黑子認為“比較喜歡有家庭味的女生” 。
日常生活
稱呼
笨蛋三人組與班上土御門元春和藍發耳環是惡友，三人被合稱為“班上的呆瓜三巨頭（クラスの三バカ）”。
夥伴間多以“上條”稱之，而土御門元春和藍發耳環暱稱之為“阿上（カミやん）”，吹寄制理和土御門舞夏則以全名“上條當麻”來稱呼。茵蒂克絲和上條的父母直呼名字“當麻”，而被御坂美琴經常用“這個傢伙”和“那個笨蛋”來招呼，被愛慕美琴且敵視上條的白井黑子稱為“類人猿”。
起居
某天與掛在宿舍陽台的純白修女茵蒂克絲的邂逅，使得命運的齒輪開始轉動，他的人生從此變得忙碌起來。作為用來防止茵蒂克絲背叛教會的枷鎖和禁書目錄的監護人而與茵蒂克絲的共同生活。面對對自己毫無戒備的茵蒂克絲，為避免不該犯的錯誤，晚上都會睡在浴室的浴缸里，並且把門上鎖 。
自炊派，對於做菜還算拿手，是個滿家庭式的男生，宣稱“只要給我剩下的冷飯、起司粉跟西紅柿醬，我就能創造出奇蹟！” 。重視營養均衡，喜歡豆腐與還帶根 。學校午餐是單純將剩菜裝進盒的便當 。會因為花生吃多了流鼻血 。
因為是等級0的平凡學生，所以能領到的獎學金相當有限 。對於上條而言，他對每件事的基本態度就是希望能再便宜一點 ，基本上將一千元以上的衝動購物都稱之為“特攻” 。原本起碼還可以維持不必挨餓的生活，但是後來拜茵蒂克絲所賜，生活變得非常拮据。所以在準備飯食上，上條更重視食物的數量，而不是食物的質量 ，他一天到晚為了提高性價比而傷透了腦筋 。因為茵蒂克絲會自作主張把買回來儲存的食材全部吃光，所以上條只敢買足夠一天使用的食材，而且直到做晚飯時才去超市買當天的食材 。如果讓茵蒂克絲髮現自己偷藏點心，一定馬上就會被她咬頭 。
基本上，上條即使碰到颳風下雨也是有如苦行僧般地走路通學 。
認知
考試成績不甚理想，經常不及格，是那種不到暑假最後一天不做作業的孩子，被歸類為吊車尾的學生。數學和英文都不擅長 。似乎沒有出席日數的概念，經常翹課，要是沒接受暑期輔導甚至會留級。
在學園都市的超能力開發課程中，藥物的使用是相當基本的事情。所以關於藥物的知識，如同歷史年表一般塞滿了上條的腦袋 。
除了日語外什麼外語都不會 。英語實力處於英語隨堂考只考二十二分的鎖國狀態 ，曾經被英語老師下了一個評論：“你就鎖國一輩子吧！” 。在第三次世界大戰前，抱著“以往大家（敵人和盟友）都用日語配合我，但我也不能一直這樣依賴對方”的想法，打算努力學習英文。手機功能里下載了《輕鬆英語練習》，想靠語言跟二十億對手（羅馬正教）對決 ，但是在練習到第4級時就遭到挫折放棄了 。
沒怎么在用社群網 。
幻想殺手
定義
寄宿在上條當麻右手中的幻想殺手具有無論是超能力還是魔法、任何“異能之力”只要被接觸到都能夠消除的能力。不論善惡好壞，就算是出現在神話中的神跡也不例外。即使是循環在行星之中的力量（地脈和龍脈）也一樣，但是幻想殺手所抵消的能量（地脈和龍脈），周圍會自然地去補充 。幻想殺手有時也被上條本人省略作“幻殺” 。
“幻想殺手”是否定之力 。想要糾正世界，想要讓死者復活，想要成為第一，不想再次看見那種悲劇……理想本身明明並沒有錯，卻因為太過執著在上面而本末倒置造成大規模破壞的魔法師或能力者，上條當麻已經見過不少。上條的戰鬥，或許正是被定義成“將這種凝固的‘理想’暫時打散，再強迫從別的角度看”。
來源
幻想殺手並非出自學園都市制的超能力開發技術，也非純粹的魔法 ，是上條當麻與生俱來的力量 。上條本人就曾說過他的力量並不是在學園都市中獲得的，那不是人工產物，而是與生俱來的能力 。在茵蒂克絲的10萬3000本魔道書中並無幻想殺手的記載 ，而在學園都市的書庫中也沒有相關記錄 。雖然被科學陣營認為是“原石”類能力，但在組成風斬冰華的AIM擴散力場中並沒有該能力（否則，只要幻想殺手無意識的散發出微弱的AIM擴散力場就會在一瞬間把由AIM擴散力場集合而成的風斬冰華瓦解掉） ，歐雷爾斯也聲稱沒有任何證據顯示上條當麻是“原石”中一員 。
幻想殺手(1900年布萊斯路之戰中出現)幻想殺手的型態會隨著時代與地點改變 。過去，與其類似的力量曾在各個時代出現，但是不知道如今存在於上條手中的，是從那些東西延續下來的“單一力量”，還是在那股願望消散後，以其他形式自然產生的“複數之力” 。在1900年的“布萊斯路之戰”中，當時拿某位聖者的右手當材料製造的終極驅魔靈裝“幻想殺手” ，在被麥奎恩·馬瑟斯被折斷後便從“這個時代”消失，日後抵達上條當麻處 。如果周圍沒有具備異能之力的人，就無法察覺“幻想殺手”的存在，於是，亞雷斯塔為了吸引不知何時會誕生的上條當麻，建立了學園都市 。
幻想殺手只寄宿在上條當麻的身上。“魔神”奈芙徒絲不認為幻想殺手只是剛好寄宿在上條當麻身上，她相信所有魔法師的夢想，是受到“神淨討魔”之名者的靈魂光輝吸引，所以才寄宿在他身上 。如果上條當麻死掉，那么幻想殺手的力量就會寄宿到別的東西上頭 。
功能
幻想殺手具有“世界基準點”和“世界修復點”的功能，是聚集了種種魔法師夢想的安全裝置。幻想殺手發揮著“世界基準點”的功能，是集所有魔法師（更確切的說是占魔法業界力量總量99.9%的“魔神”們）的膽怯與願望而成之物。魔神雖然能任意扭曲世界，卻不一定能恢復，而幻想殺手就是能讓世界恢復原狀的備份 。當扭曲的世界過頭帶來損害時，它就是能夠“恢復原狀”、“讓事情變成沒發生過”的基準點、修復點 。由於右手可以消除各種魔法，所以不會失去基準點 。但是，對於因為在第三次世界大戰中科學陣營的學園都市獲勝，就想把世界扭曲到極限的魔神歐提努斯而言，這種備份根本就沒有利用價值，還會是最大的阻礙 。
特性
第一，幻想殺手雖然在對付“異能之力”時具備破格的攻擊力，生效範圍卻只有右手手腕到指尖的那一小段而已 ，因此不擅長應付同時來自多處的攻擊 。
第二，幻想殺手隨時隨地都在發動著 ，與上條當麻本人的意識無關。不論是回復術式、防禦術式這樣的有益魔法，還是念話能力的絲線電話、空間移動等超能力都對上條不起作用，他的右手都會在無意識間，將這些“異能之力”不分善惡一律消除。像“天使墜落”和 “天罰”術式這種廣泛、不特定對象的異能力，如果剛好施在上條當麻身上，也會被幻想殺手無意識的消除掉。茵蒂克絲說過，上條不幸的原因全是來自於他的右手，因為上條的右手會在無意識間，將“神明的庇佑”、“命運的紅線”之類微弱的異能之力消除 。
第三，幻想殺手本身沒有力量消除由“魔法”和“超能力”引起的二次物理現象。譬如以超能力產生出來的火球雖然能夠抹除，但是對於因火球所炸起的水泥石塊，卻是毫無抵禦能力 。
第四，對於看不見、摸不著的攻擊，根本無法應對。如果異能之力以實體形態襲來，幻想殺手對付起來是很簡單的，只需要直接用右手破壞它就可以了，但是對於那種“沒有媒介的攻擊”就算用右手也無法提前打消 。從另一方面來說，如果是一招斃命等能讓他在用右手前就倒下的招數，那上條就沒戲唱了 。
第五，幻想殺手無法完全消除過於龐大的力量 。但有時上條也可以反過來利用這個缺點，抓住無法完全消除的力量，將它扭轉改變方向，比方一方通行的黑色羽翼和右方之火”第三隻手“的力量。而像史提爾的“獵殺魔女之王”，如果是不破壞它的核心（異能之力的本體）符文，就會無限再生。
第六，幻想殺手終究只能抵消異能之力，沒有其他用途。然而，上條揮動他的右手，能讓異能之力自然地流向易於流動的方向。正如火會往有氧氣的地方擴散，像水會向低處流一樣。他以五指滑過異能之力表面，使用右手這個最大的“牆壁”，可以往自己所期望的方向劃出讓異能之力“最易流動”的軌道 。
第七，對於統一異常（異能之力）數值這件事，幻想殺手能發揮極高的作用；但是對於一開始就統一的東西，反而無法發揮太大力量。畢竟幻想殺手的作用，只是實現達到調和的破壞……比如，人類的生命力也是種神奇的力量，但就算碰到人體也不會損壞靈魂；土地中有力量的流動（地脈），但同樣不會因為碰到行星，行星就因此毀滅。
內容物
龍王之顎隱藏在上條體內的力量也不止是幻想殺手。
●現象：
當上條的右臂被奧雷歐斯的“金色大衍術（日文：黃金練成）”切斷之際，從斷臂處曾出現“龍王之首（竜王の顎）”；而當其右臂被“處於讓力量失控，強制接近絕對能力的狀態下”的美琴的力量削斷之際，更是迸出八具龍首。
八具龍首右方之火搶走他的右手時，在他肩膀傷口斷面處壓縮凝聚了龐大的力量漩渦，仿佛看不見的右手一樣將右方之火的“神聖之右”的攻擊彈開……然而，上條用自己的力量捏碎了那個“看不見的東西”、吞噬了那股龐大的力量。隨即，上條的斷臂處又憑空長出一條手臂，亦即恢復了原有的幻想殺手能力，彷佛顯示“只有上條當麻這名少年身上的右手，才存在真正的力量”；在巴蓋吉城，當他的右手被歐提努斯握斷之際，從右手手腕斷面又射出捲起漩渦，沒有固定形態的“看不見的力量”；而“幻想殺手”一旦與上里翔流的“理想送別”衝突，他的右手就會被挖掉，但傷口又會竄出“某種神秘的東西”散播無法控制得破壞 。
●看法：
左方之地似乎知道幻想殺手的真面目，從言語中可知目前的幻想殺手不是“原本的性能” 。幻想殺手之所以會寄宿於上條當麻的右手，其中隱藏了一個可怕的真相。能夠消除一切魔法的那種效力，其實具有某種意義，並且答案也很簡單 。
右方之火則認為幻想殺手應該是“神聖右手自然具備的淨化作用其中一種” ，曾說過“上條當麻右手裡的東西，正是幻想殺手的媒介” 。但是，亞雷斯塔表示幻想殺手並不單純是“能抵消異能之力的右手”，並與“神淨”有關 。在初次遭遇神裂時，還被神裂將他的名字誤作以“神淨討魔（音同‘上條當麻’）” 。
僧正以為，或許被選上的上條比這股力量更加特殊 。在他眼中，世界相當脆弱，所謂的幻想殺手無疑是根粗壯的世界支柱，而上條就待在世界的中心附近。僧正認為，上條從一開始就是綜觀世界的計分者，是預期到有“魔神”這些齒輪而出現的存在。幻想殺手之流不過是他自身本質的附屬品，應該說，那隻手只不過是在全世界的魔法師（“魔神”占了魔法業界力量總和的99.9%）的心愿彷徨時，受到他的本質吸引罷了 。
特殊體質
喪失失憶
“光之羽”擊中頭部的瞬間上條當麻為了拯救“自動書記”模式下茵蒂克絲，被在“龍王的嘆息”破壞牆壁和天花板之後所產生的“光之羽”命中頭部而失去記憶。據醫者冥土追魂所說，與其說失憶，倒不如說是腦細胞被徹底損毀，跟一般因為“記憶讀取出錯”而造成的失憶不同，是再也想不起來了。記憶分成掌管回憶的“情節記憶”以及掌管知識的“話意記憶”，而以上條的狀況，似乎只有“情節記憶”受損 。所以，上條目前處於失去“回憶”，但“知識”卻依然留有的奇妙狀態。然而，為了不讓記憶喪失後最先邂逅的茵蒂克絲感到悲傷，上條下定決心不向任何人提起失憶的事 。
前兆感知
“前兆感知（台譯:感應前兆或洞燭機先 ）”是一方通行對上條當麻準確把握對手（超能力和魔法）攻擊時機的能力的稱呼。一方通行推測，擁有越強大的能力，越容易對周圍散發出本人無意釋出的餘波（譬如超電磁炮的“周圍鐵製品都會輕微晃動”這個現象）。雖然這些現象並沒有進入上條的視野中心，但是他的頭腦深處的某部分會自行處理來自視野角落的輕微活動，以此判斷對手的攻擊時機。
人際關係
茵蒂克絲
上條當麻(左)和茵蒂克絲某天跟茵蒂克絲在陽台上相遇，為拯救面對素昧平生的少女，上條義無反顧地面對危險，並斬斷了束縛茵蒂克絲的“項圈”。打這以後，上條作為防止茵蒂克絲背叛教會的枷鎖跟她同居在一起。作為茵蒂克絲的保護人和管理者已經獲得英國清教和學園都市雙方的認可 。
雖然在拯救茵蒂克絲的時候被“光之羽”擊中頭部而失去記憶，但上條為了不讓茵蒂克絲感到悲傷，為了守護住少女心中的這份溫暖，繼續扮演失憶前的上條當麻這個角色。 在空中要塞“伯利恆之星”墜落之際，上條向因無人操控而漂浮在遠距控制靈裝周圍、僅以意識存在的茵蒂克絲坦承了失憶的事。
在上條眼中，茵蒂克絲就是個成天只會吃吃睡睡看電視的女生 。
御坂美琴
自從助幫美琴從不良少年的糾纏下結尾開始，便與她結下孽緣。因為他的右手輕易地消除了美琴的絕招，所以經常被美琴找麻煩。本來只是美琴決鬥對象的“令她在意的存在”。但在“絕對能力者進化計畫”中美琴陷入絕望之際，上條賭上性命阻止了那場實驗，成為了她心中“只要哭喊，就會來救我的英雄” ，美琴對他開始微妙起來。不過，對於美琴對他的好意，上條完全沒有察覺，只把她看作是值得信賴的夥伴。
食蜂操祈
他跟食蜂操祈，感覺好像很熟悉，又好像完全不認識 。兩人在初三時的暑假邂逅。在這個夏天，上條當麻為食蜂操祈創造了許多珍貴的回憶。在食蜂記憶中的上條非常照顧人，非常溫柔，他也成了食蜂的心靈支柱 。當食蜂走投無路的狀況下，上條挺身而出為她而戰，又成為了她的“英雄”。但是，在食蜂使用自己的能力為因為重傷休克的上條代替麻醉劑止痛，讓他得到及時救治的同時，上條也因為此刻血壓極低，也就是水分平衡崩潰，事後導致他接近“喚醒記憶的路徑破損”。就像收納長相與名字的部分只有食蜂那一格遭到物理性破壞，即使和上條聊起她的事，上條也想不起來，就算食蜂一遍又一遍的自報家門，上條也會一次又一次地把她忘記 。不過即便如此，上條還是對食蜂操祈頭髮的味道有點印象 。
作中行動
前日譚
國中三年級的8月，在趕往蜜蟻愛愉自殺現場的上條當麻，卻在路口跟第五位的食蜂操祈相撞，關鍵時刻把手機手機遺失在她那裡，因此出現些許聯絡意外，讓上條最終沒趕上拯救蜜蟻愛愉 。三天后，為了哀悼死去的蜜蟻愛愉（實際上並沒有死）而再次來到自殺現場，在那裡再次遇到食蜂操祈。看到食蜂操祈一副自暴自棄的模樣，為了不讓悲劇重演，上條忍不住上前搭話 。這次的“相遇”對於當時自甘墮落的食蜂操祈而言，是一針滿分的強心劑 。此後，上條在街上還和食蜂操祈碰過許多次面，經歷了許多事情。在少年團體“死結（Deadlock）”追殺食蜂操祈之際，跟她並肩戰鬥。當一切結束，上條卻因為腹部被刺穿，血壓過低而無法使用麻醉，無法得到及時救治。這時的食蜂使用自己的能力，阻斷上條的痛覺神經，避免血壓繼續降低，讓上條能和麻醉過後一樣處理傷口。不過，事後上條也因為這樣，導致接近“喚醒記憶的路徑破損”，再也想不起有關食蜂的任何事情了。
6月17日，第一次遇到御坂美琴的時候，她正被不良少年纏上。原本上條打算對美琴實施“假扮朋友若無其事（將她）帶走大作戰” ，還上去勸那群不良少年不要搶一個柔弱少女的錢包，結果御坂美琴卻反而對他發飆，還放出電擊。當然，上條用右手把她的攻擊化解。 接著，美琴又放出各種攻擊，卻都對上條沒有造成任何傷害。美琴對於輸給上條非常不甘心，結果從此兩人就發展成為“美琴常來找上條報仇，卻每次都被他敷衍過去”的這種局面。
舊約
7月17日，在與御坂美琴的決鬥當中，其假裝戰敗的拙劣演技激怒了美琴，結果被美琴追了一夜。
7月18日，在洋裝店發生“第七迷霧”之時，上條當麻使用幻想殺手化解掉了介旅初矢的“虛空爆炸”，救下了御坂美琴、初春飾利、硲舎佳茄等人。
7月19日，為了將跟自己非親非故的不良少年們誘離御坂美琴身邊，徹底讓自己化身成一個小丑，故意讓不良少年們追逐 。在大鐵橋，遭遇到御坂美琴再次挑戰，結果縱使美琴使出了全部絕招進行了兩個多小時的攻擊，也始終無法對上條造成傷害，還造成了周邊大停電。
7月20日，暑假的第一天，上條當麻遇到了遭遇追殺失足掛在宿舍陽台上的英國清教修女茵蒂克絲，並得知魔法的存在。使用具有能力幻想殺手的右手將茵蒂克絲的修女服“移動教會”破壞。為保護茵蒂克絲與前來追討的清教魔法師史提爾·馬格努斯和神裂火織交手，在過程中得知茵蒂克絲被追殺的真相。7月28日，通過自己右手的力量破壞了禁錮茵蒂克絲的魔法“項圈”。但在拯救“自動書記”模式下使出“龍王的嘆息”的茵蒂克絲時，被“龍王的嘆息”的餘波“光之羽”擊中頭部而失去記憶。可是，上條對茵蒂克絲隱瞞了自己失憶的事，並以茵蒂克絲的看護人身份和她居住在一起。
8月8日，被史提爾·馬格努斯捲入到“三澤塾”事件當中。在與鍊金術師奧雷歐斯·伊薩德的對決中，雖然被切斷了右臂，卻在史提爾的暗中幫助下，依靠完美的虛張聲勢大作戰騙到了奧雷歐斯，把他逼上了自滅的道路 。救出了原石少女姬神秋沙和茵蒂克絲。
幻想殺手8月21日，連續兩天遇到御坂妹的上條，在小巷子裡看到御坂妹被殺害，還有不斷出現在眼前的許多御坂妹。為了查明真相，上條來到美琴的宿舍房間，在那裡他得知美琴被捲入的事件內容，於是上條連忙去街上尋找美琴，並在大鐵橋上找到了她。因為擔心美琴的安危，試圖阻止她打算犧牲自己拯救“妹妹們”的危險行為。如果要阻止實驗的進行，只要將“一方通行是最強超能力者”這個實驗的大前提推翻就行了。上條憑藉這個令人意外的想法，說服了美琴讓他去解救“妹妹們”。最後，憑藉自己右手的特殊力量，上條當麻打倒了號稱“學園都市最強”的一方通行，“絕對能力者進化計畫”被凍結。
身為Level 0卻打倒一方通行，使得上條一下子變成名人，因此統括理事會命令他在事情平息之前暫時離開學園都市。上條帶著跟茵蒂克絲一起來到海邊旅館“海神”，跟父母和表妹團聚。8月28日，在其父上條刀夜無意間所引發的“天使墜落”事件中，一度被當做“天使墜落”的施術者，受到了神裂幾乎全方位的驗身，並險些被逃獄死刑犯火野神作殺死。在由被大天使“神之力”替換的米夏·克洛伊潔芙（莎夏.克洛伊潔芙外貌）吸出刀毒後又遭米夏的逼問。29日，起初認為火野神作是施術者，但當得知上條刀夜才是施術者後，在由神裂壓制企圖通過殺死上條刀夜解除術式回歸天上的大天使“神之力”的同時，由土御門元春遠距離毀掉位於上條家的魔法陣而解除了“天使墜落”，使得大天使回歸天上。
8月31日，暑假的最後一天，與暑假作業正在決戰中的上條先是在為擺脫偽海原光貴（艾扎力）糾纏的御坂美琴懇求下和美琴假扮情侶，並在擊退企圖殺死上條的魔法師艾扎力後與之定下“守護美琴與她周遭世界”的約定；傍晚又與為獲取茵蒂克絲腦內魔導書將其綁走的魔法師暗咲逢魔交手，在得知其綁走茵蒂克絲的目的是為心儀女子解除詛咒後對其施以援手，並強突學園都市的大門引起騷動。
9月1日，初遇風斬冰華，並擊退了打算通過殺死茵蒂克絲或風斬冰華來引發魔法陣營與科學陣營間戰爭的魔法師雪莉·克倫威爾。
9月8日，在史提爾和天草式十字淒教的協助下成功解決了“法之書”事件，打敗了250名戰鬥修女組成的羅馬正教所屬雅妮絲部隊，救出羅馬正教修女奧索拉·阿奎納。
9月14日，在“樹形圖設計者”的殘骸奪還事件中，搭救由於受到遷怒而險遭結標淡希殺害的白井黑子。在追擊結標淡希時，發現結標已經被某個神秘人物（=一方通行）出手打倒，隨即喊來救護車將慘兮兮的結標移送到醫院。
9月19日，大霸星祭首日，和御坂美琴做出“懲罰遊戲”的約定。為阻止羅馬正教傳教士麗多薇雅·羅倫婕蒂企圖發動靈裝“使徒十字”支配學園都市的陰謀，與土御門元春、史提爾一起追捕其同黨歐莉安娜·湯姆森，並解決了“使徒十字”事件。9月20日，大霸星祭的第二天，從佐天淚子和索綺特的對話中得知暗部組織“人員”及黑幕木原幻生的真正目標是御坂美琴後，迅速趕往第二學區的研究設施“才人工房”解救御坂美琴。
9月25日，大霸星祭最後一天，（在學園都市上層安排下）上條抽中了北義大利旅行的雙人票，於是上條跟茵蒂克絲兩人來到義大利。在27日抵達義大利後，在基奧賈遇到了正在搬家的奧索拉。在搬家結束後突然被羅馬正教的“女王艦隊”襲擊。最後，在奧索拉、茵蒂克絲和天草式大家的幫助下，打敗了了羅馬正教主教彼亞吉歐·普索尼，破壞了其靈裝“限刻的十字架”與“亞得里亞海女王”的核心，拯救了包括雅妮絲·桑提斯在內的二百五十名雅妮絲部隊修女。因此事件，上條當麻被羅馬正教視作威脅，在“神之右席”的壓力下，被羅馬正教教皇下令格殺。
9月30日，接受了御坂美琴的懲罰遊戲，與美琴一起簽下了“隨身天線服務”的雙人契約，手機存儲了彼此的電話號碼。在此後的“九三〇事件”，為保護以科學天使“保險絲·風斬”形態失控的風斬冰華，打敗了羅馬正教最暗部“神之右席”的前方之風。
10月3日，從被學園都市上層委託狙殺御坂美鈴的“武裝無能力集團（Skill Out）”槍下將御坂美鈴解救，並打倒了濱面仕上。
10月初，世界各地發生羅馬正教徒反學園都市的示威遊行。在世界一片混亂之時，上條得知此事的源頭是名為“C文書”的靈裝，於是跟土御門元春乘坐由統括理事會成員親船最中準備的超音速飛機一道前往“C文書”所在的法國觀光城市阿維尼翁。在阿維尼翁當地，上條和天草式十字淒教的五和重逢，並一起調查“C文書”。在五和執行破壞連線阿維尼翁與梵蒂岡的魔法管道的術式好讓C文書失去效力時 ，遭到左方之地的奇襲。由於土御門元春和目標“C文書”的學園都市機甲部隊的介入，左方之地打算回收教皇宮殿的“C文書”後回到梵蒂岡 。因為上條知道就算“C文書”回到梵蒂岡也能使用，於是跟五和追到教皇宮殿要將“C文書”破壞。在跟左方之地的交手中，憑藉先前土御門元春和五和的提示，看出了左方之地“光之處刑”術式的弱點，在將其打敗後破壞了“C文書”。
10月中旬，五和給上條帶來後方之水即將來襲的訊息。雖然有五和及天草式的護衛，但在第二十二學區地下街跟水的初陣中，上條為了守護五和自己承受了水壓倒性的一擊，受傷昏迷。在醒來後從醫院偷跑出來再次來到戰場。最後，由於水身為聖人的臂力被同是聖人的神裂封住，原本用來甩掉她的“神之右席”聖母特殊術式又被上條的右手消除，天草式全體藉由五和所放出的“聖人崩壞”將水擊破 。
10月17日，由於連線英國與法國之間的歐陸隧道爆炸事件，上條陪同接到“禁書目錄召回令”的茵蒂克絲一起飛往英國。因為有過搭乘超音速客機的痛苦回憶，所以兩人故意錯過土御門元春安排的那班超音速客機 ，而是搭乘空中巴士365飛往英國。在飛機上，上條全力阻止了劫機的法國恐怖分子，使飛機安全抵達了英國。在為英國效力的歐莉安娜的協助下，追擊傳遞“正統卡提納”的“新生之光”成員蕾莎。在18日日期變更時英國第二公主凱莉莎發動軍事政變後，前往福克斯通解救被政變主謀凱莉莎控制的茵蒂克絲，在被後方之水從凱莉莎手中解救後跟天草式會合。為控制卡提納失控時所用的特殊車廂，跟英國第三公主薇莉安和茵蒂克絲一起潛入白金漢宮附近的捷運車站。在一切準備完畢後，經由捷運強制干擾“正統卡提納”的力量，促使其失控。在此後的反攻中，在英女王伊莉莎施以術式“聯合的意義”釋放卡提納的力量、茵蒂克絲使用“強制詠唱”暫時奪取“正統卡提納”控制權之際，藉助後方之水的臂力高高躍起將“正統卡提納”擊碎。但隨後茵蒂克絲由於被襲來的右方之火奪取了“禁書目錄”的遠距控制靈裝而失去了意識，為了解救茵蒂克絲，上條只身前往右方之火的老巢俄羅斯。10月19日，第三次世界大戰爆發。
10月30日，四處搭便車來到俄羅斯的上條遇到了追逐而來的“新生之光”成員蕾莎，並一同潛入右方之火的要塞。當探知右方之火將親自襲拿作為召喚大天使“神之力”媒體的莎夏·克洛伊潔芙後奔赴伊利沙里納獨立國同盟，打算搶先找到莎夏，但莎夏還是被接踵而至的右方之火擄走。
在上條趕赴右方之火的要塞時路遇因番外個體的精神襲擊而失控的一方通行，在打敗展開黑翼的一方通行後，將失去意識的一方通行、最後之作和番外個體送到了伊利沙里納獨立國同盟。再次潛入其巨大要塞“伯利恆之星”，右方之火為獲得“伯利恆計畫”必需的上條當麻的右手，將上條其誘進要塞並發動“伯利恆之星”升上高空。上條在莎夏·克洛伊潔芙的指引下破壞了召喚大天使的儀式場。
在“伯利恆計畫”的最後階段，右方之火斬斷了上條的右臂，將其血肉分解融入他的“第三隻手”，試圖通過幻想殺手作為媒介發揮出蘊含在他體內百分之百的力量。但是上條當麻再次長出右臂，伴隨人們心中的善意最終戰勝了惡意（右方之火的力量來源），右方之火的“第三隻手”急速失去力量。最後，上條將右方之火打敗，將其“第三隻手”破壞。向僅以意識存在的茵蒂克絲坦誠了失憶的事實，在破壞了茵蒂克絲的遠距控制靈裝後，使她的意志回到體內。
將最後的救生船讓渡給右方之火，並拒絕了御坂美琴的援救。為阻止“伯利恆之星”墜落造成巨大災難，在史提爾·馬格努斯的情報支持下，通過破壞“伯利恆之星”的上升用靈裝改變其軌道朝向北冰洋。當重新找回身體的大天使“神之力”飛向北冰洋補充肉體之際，上條再次扭轉“伯利恆之星”軌道，迎面沖向了大天使，阻止了災難的發生。最後，上條同“伯利恆之星”墜入北冰洋，一度被認為已經死亡，但實際上是被黃金結社“黎明晨光”的魔法師救起。
新約
11月5日，同“黎明晨光”的首領蕾薇妮雅·柏德蔚回到學園都市，粉碎了黑夜海鳥對芙蕾梅亞·塞維倫的致命一擊。與一方通行和濱面仕上等人會合後，同他們聚集在自己的宿舍房間接受柏德蔚的魔法知識講解。在追蹤他而來的“無線電探空儀要塞”飛抵學園都市上空之際，經由一方通行得知了誘導空中要塞的發信機的放置地點，濱面仕上則駕駛挖掘機破壞了覆蓋在發信機上面的水泥地板，就這樣在他用幻想殺手將發信機破壞後，要塞直接通過學園都市，墜入千葉外海。
因為自己被“搗蛋鬼”盯上而擔心導致學園都市遭到池魚之殃，所以自己不能置之不理 ，同時也為了得知幻想殺手的本質 ，上條接受柏德蔚的勸說，跟柏德蔚、一方通行、濱面仕上、御坂美琴等人於11月10日前往美國夏威夷，阻止魔法結社“搗蛋鬼”在那裡引發的事件。在夏威夷，與獨自行動的美國總統羅伯特·卡崔聯手。在阻止“幕後黑手”奧蕾·布魯雪克奪取“起爆劑”失敗後，傭兵集團“三叉戟”和“搗蛋鬼”混合部隊開始利用火山爆發產生的火山灰使夏威夷群島孤立之機，對夏威夷發動襲擊。在保護奧蕾的獨生女琳迪免遭總統幕僚洛絲萊因·克拉克赫特挾持的同時，又引出“搗蛋鬼”魔法師莎洛妮亞·A·以黎維卡並將其打倒。在莎洛妮亞倒下後，傭兵集團“三叉戟”也解除武裝投降，奧蕾的“美國宗教國家化計畫”破產。雖然夏威夷群島事件平息，但事件卻導致二十七個學園都市協助機構和學園都市對立，科學陣營的內戰一觸即發。感覺到受到柏德蔚背叛的上條，打算獨自扛下責任，靠自己的雙手來挽回這次失敗。
11月13日，在木原加群的引導下前往東歐的巴蓋吉城“善後” ，打倒了“搗蛋鬼”魔法師瑪莉安·史琳格奈亞。但是，“搗蛋鬼”的首領歐提努斯為測試他右手性能究竟到什麼程度，出現在上條面前 。上條在右臂被歐提努斯握斷的瞬間就因為失血過多而休克，而從他右手手腕斷面射出的“看不見的力量”也被粉碎。但是他的右手從切斷到自行恢復，只花了十分鐘就完成了 。
一端覽祭前日，被歐雷爾斯帶回到學園都市的上條當麻，擔心被幽禁在“沒有窗戶的大樓”中、歐提努斯用來製造“主神之槍”的材料芙羅蘭·克洛伊杜尼，無論落到“搗蛋鬼”還是歐雷爾斯陣營手裡都不會有好下場，協助背叛“搗蛋鬼”的魔法師雷神索爾營救芙羅蘭·克洛伊杜尼。索爾透過木原加群留下的後門，演算出“沒有窗戶的大樓”的裝甲板無法抵消的衝擊波波形，後依該波形施以攻擊試圖破壞裝甲板。然而，芙羅蘭因為受到外界的刺激，自己破壞了“沒有窗戶的大樓”的裝甲板來到外界。為了讓歐雷爾斯勢力原理搗蛋鬼，並利用雙方彼此提防動彈不得之際，乘機先找到芙羅蘭·克洛伊杜尼保護她，跟索爾一起向雙方釋放假情報。其中，上條當麻負責設下能迷惑歐雷爾斯勢力的陷阱。上條透過跟蹤撤離的“搗蛋鬼”魔法師瑪莉安·史琳格奈亞，找出了追擊瑪莉安的蕾薇妮雅·柏德蔚 。本打算透過刻意戰敗，將寫入學生手冊的假情報傳遞給對方，卻因為警備員的介入，側腹被實彈打穿而陷入生死交關的窘境 。不過，誘餌情報成功傳達，成功將歐雷爾斯陣營跟“搗蛋鬼”隔開。
一端覽祭開幕日，從醫院溜出來後在第七學區·多層天橋找到了芙羅蘭·克洛伊杜尼，卻因為失血過多而暈倒，好在以向“搗蛋鬼”復仇為目的灰姑娘為他緊急止血並輸入生理鹽水後恢復了精力 。拜託欠下他人情的灰姑娘製作出最後之作腦的“贗品”給芙羅蘭，最後中止了芙羅蘭捕食最後之作腦的“機能”。另一方面，為阻止蕾薇妮雅·柏德蔚向芙羅蘭出手而向她發出挑戰，在被上條識破力量源泉的蕾薇妮雅被打倒後，歐雷爾斯陣營選擇撤退。
《新約》第7卷中，上條當麻上了土御門元春的當，被扔進了“男賓止步”的“學舍之園”，並接受了“阻止以靈裝發動大規模術式”這項“使命”。在學舍之園，上條不但被當成大變態，還在逃離眾多凶暴女學生的途中被御坂美琴發現，就在以為走投無路的瞬間，由第五名的超能力者食蜂操祈操縱的女學生向他伸出了援手。推測土御門所說的有關“明王之壇”的話都是謊言，當上條看見土御門舞夏死亡的新聞後，在食蜂操祈操縱的女學生的協助下脫離“學舍之園” 。剛打開原先背了防止追蹤而關掉的手機電源，就有雲川芹亞以匿名郵件送來的土御門元春所在之處的情報，於是順著指示前往第三學區貝積繼敏的辦公室 ，阻止他殺害貝積繼敏。在制伏土御門元春，得知“人力資源”計畫後，本應該保護土御門舞夏，但因為不知道她在哪裡，於是決定前往“人力資源”的核心芙蕾梅亞·塞維倫身邊，攻擊“人力資源”的黑幕本身 。當戀查（#028）要殺害濱面仕上和黑夜海鳥時，出手相救，並接受濱面的委託去保護芙蕾梅亞 。在主題公園“博覽百科”，與垣根帝督聯手迎擊戀查（#029）。正當戀查（#029）的優勢無法動搖之際，卻因為體內被注入名為藥味久子的AIM思考體，內部逐漸崩壞。上條為了要救戀查（#029），要用右手消滅她體內的藥味久子 。然而戀查（#029）在敗北之際為了保護藥味，用自毀的方式來讓藥味逃出自己的體外 。
由於親眼目睹了夏威夷群島與巴蓋吉城的慘狀，因此上條認為不能放著魔神歐提努斯率領的“搗蛋鬼”不管 。在反“搗蛋鬼”聯合勢力全力搜尋“搗蛋鬼”的根據地的這段時間，作為破壞“主神之槍”的“王牌”在學園都市待命。當得知“搗蛋鬼”的根據地“海上墳場（日文：船の墓場）”就設定在鄰近學園都市的東京灣後，為阻止“搗蛋鬼”和學園都市雙方在東京爆發激烈衝突，將東京變為第二個巴蓋吉城，打算在雙方正式衝突前快攻解決“搗蛋鬼” 。跟蕾薇妮雅·柏德蔚、蕾莎、御坂美琴、雲川鞠亞等人搭乘超音速客機前往東京灣時，飛機被“搗蛋鬼”魔法師弗蕾雅創造的“地底惡龍”解體，不光落到東京鬧市區，還跟大家失散。在透過捷運想東京灣移動過程中，遭遇弗蕾雅的攻擊。在命懸一線之際，遭到趕來的御坂美琴粗暴的搭救。最後，在茵蒂克絲的強制詠唱的介入之下，解放了弗蕾雅母女。雖然上條等人趕到了“海上墳場”，但是還是沒能阻止歐提努斯成為魔神。於是，世界被歐提努斯毀滅……
新約⑨在被徹底毀滅的空無一物、一片漆黑世界裡，只剩下上條當麻和歐提努斯。歐提努斯為打垮他的精神，創造出無數令上條絕望的世界。在歐提努斯最後創造的幸福而完美的世界裡，所有人都獲得了幸福，這讓他承認了歐提努斯擁有拯救世界的力量，不僅自己也失去了跟歐提努斯戰鬥的動機和理由 ，還認為自己活著在只會危害這個只有和平和笑容的世界 。歐提努斯的安排完美到讓他走投無路，差點自殺。但是，在御坂網路的“總體意識”的激勵下，決定向歐提努斯挑戰。在跟歐提努斯的較量中，上條在不斷被歐提努斯殺死的同時也一點一點分析和記住了她的戰鬥模式，在經歷了10031次殺戮後 ，已經練到身體不需要靠腦袋反應而順著習慣動作 。此時的上條不僅能夠避開歐提努斯的攻擊，還藉由迎擊並破壞了“主神之槍”。但是，雖然上條能跟持有“主神之槍”的歐提努斯一較高下，卻最後還是敗倒在以“妖精化”術式為中心獲得負面可能性的歐提努斯。光靠上條一個人，沒有歐提努斯的協助，上條無法將世界恢復原狀 。要想說服歐提努斯，上條只能站在她面前，將話語送到她心裡 。上條用敗北換來的，是歐提努斯對“創造出來的東西（世界）”感到毫無興趣，想要回到“原來的世界” 。在上條當麻死掉後，無處可去的幻想殺手力量全都轉移到歐提努斯身上。回到“原來的世界”只是手段而非目的，歐提努斯真正希望的有個“理解者”（=上條當麻） 。於是，歐提努斯明明知道將會被全世界的人攻擊，依舊在她“原來的世界”和上條當麻“原來的世界”二選一當中，選擇了將世界恢復到後者。
幻想殺手回到原本世界的上條，無法坐視歐提努斯在未經審判的情況下，死於名為正義的狂亂中，決心要拯救歐提努斯。而這時的歐提努斯，身體因為歐雷爾斯他們施展的“妖精化”，內部持續崩壞，正逐漸邁向死亡。從全世界手中拯救歐提努斯的方法——就是“讓魔神歐提努斯失去力量”。為了讓魔神變回人類，必須從位在丹麥古城的“密米爾之泉”里取回魔神的一隻眼睛。於是，上條跟歐提努斯來到丹麥，打算讓她在放棄力量後再投降。在從約靈到目的地伊埃斯科城堡的“密米爾之泉”的路上，為了拯救歐提努斯，上條與全世界為敵，過去曾是可靠夥伴的各方領袖、超能力者、魔法師，全都成為襲擊上條的“強敵”，他的傷痕也一道道增加。但在“密米爾之泉”，一路看下來的歐提努斯有了“我真的有資格得救么？”的念頭 ，出於自己的意志，她選擇拒絕讓上條拯救，拒絕再讓上條繼續背負罪孽，決定使出魔法來自我犧牲。最後，在歐提努斯的“弩”沒有射到最後一發前，上條就從歐提努斯背後破壞了“妖精化”的光椿。但因為在那個時間點，魔神歐提努斯已經死了九成九，剩下的部分則擅自重新組合成身高只有十五厘米的歐提努斯 。
11月底，在雲川芹亞的建議導下，來到第二十一學區的地熱發電廠·原形人工湖“吉歐大地”，粉碎了蜜蟻愛愉的計畫，再次拯救了食蜂操祈。
上條當麻(左)與加納神華12月1日，為了只有15厘米大小的歐提努斯買娃娃屋充當她安全的住所，而和歐提努斯、茵蒂克絲來到第十五學區的巨型綜合商業大樓“類鑽”。在那裡邂逅了偽裝成第六位超能力者藍花悅來這裡尋找失蹤友人芙蘭達行蹤的加納神華，還遭到魔法師聖日耳曼的襲擊。因為擔心急於保護友人的濱面仕上輕率地刺激聖日耳曼，再次與濱面爆發衝突，但沒能攔下。為了讓濱面友人安全逃離，甚至打算自己當誘餌 。在濱面仕上的幫助下，兩人進到芙蘭達在大樓上層高級住宅區的“秘密基地”，發現了芙蘭達的秘密。當得知聖日耳曼慫恿加納打算使用靈裝“安之盾”向他“復仇”時，上條從濱面的保護下逃脫，用芙蘭達為加納準備的生日禮物將他喚醒。在濱面仕上、麥野沉利、絹旗最愛等人的合力下保護加納，並在茵蒂克絲、歐提努斯及加納的幫助下戳破聖日耳曼的“謊言”和“演技”，最後將對聖日耳曼的最後一擊讓給了加納神華。
12月3日，在防犯演習中扮演犯人的上條當麻，跟“魔神”之一的僧正相遇。僧正“想要有個能了解咱們行動是否正確的指標” ，所以想讓上條擔任由“魔神”彼此爭奪資源帶來的世界扭曲——“命運”的計分者和管理各種“魔神”之力的鞘 ，只要他扛起這個責任，就許諾給他支配世界命運的力量。但上條在回絕了僧正的提案，還騎著“巔峰腳踏車”載著美琴上演大逃亡。好容易擺脫了僧正的追逐，卻又碰上了“魔神”奈芙徒斯和娘娘，她倆希望藉由上條的手阻止失控的僧正 。最後，在美琴的幫助下，在第二十三學區啟動質量加速器，將操縱土的僧正發射到天空......傍晚，跟潛入學園都市一舉殲滅娘娘等“魔神”的上里翔流遭遇，卻捲入了柏德蔚姐妹之爭。上條打算幫助即使犧牲自己也要拯救妹妹的蕾薇妮雅·柏德蔚，而上里翔流則站在即使放棄生存也要拯救姐姐的派翠西亞·柏德蔚這邊。在雙方的衝突中，上條創造出同時保住兩邊性命的選項 。最後在“上里勢力”的田妻暮亞和“魔神”奈芙徒斯的幫助下解救了被“修格斯樣本”寄生的派翠西亞。事件結束後，無論如何都沒辦法容忍彼此的兩個人，於夜晚的街道上再度對峙。在跟具有“理想送別”力量的上里的單挑中，雖然幻想殺手被上里的理想送別排除，但裡面的東西卻將上里打成重傷。
12月4日，因為學校被僧正徹底破壞，上條等人不得不到附近的學校借用教室，在那裡再次碰上了身為轉校生的上里翔流。5日，因為上里的妹妹“滅絕犯”去鳴為打擊上條勢力而來到學園都市大鬧，上條和上里打算聯手把她引出來，但上里卻轉過方針試圖“殺”他。正當上條被上里勢力圍得走投無路時，被去鳴截走。為阻止順著上里的主意行動的藍發耳環等人，上條和去鳴在晚上去監視學校，結果在那裡跟篡奪“理想送別”的木原唯一發生衝突，結果木原唯一被著裝抗魔法式驅動鎧甲的御坂美琴轟飛。同日，學園都市遭受到原因不明的大熱浪和被稱作“元素”的模擬生命的襲擊，學生們都被困在各處的“避難所”.....
12月8日，為將游泳池的水淨化為飲用水，上條等人外出前往水道局尋找淨水微生物的培養基，結果卻在那裡遭到了“元素”的襲擊，上條因為中暑而被趕來的御坂美琴帶回到男賓止步的常盤台。美琴認為“水晶之塔”是“元素”的司令塔，於是同上條等人破壞它。但實際上“水晶之塔”不過是木原唯一為引出美琴釋放的誘餌，木原唯一則統率大量“元素”襲擊了常盤台中學，並伏擊回程的上條等人。上條最後被去鳴和烏丸府蘭出手相救 。
12月9日，跟上里勢力攻入木原唯一的據點，卻眼看著上里為保護少女們免於跟木原唯一同歸於盡，明知自己會消失依然接回被唯一搶走的右手，結果被自己“理想放逐”的放逐到了異世界。木原唯一再次篡奪了“理想送別”，而上條則遭受到了被她要挾的原上里勢力的少女們的追殺。在烏丸府蘭的幫助下得以脫逃，要救出上里需要魔法的知識，因為沒辦法與茵蒂克絲會合，便說服上里勢力中熟悉魔法的豐山琉華。12月10日，琉華在利用A.A.A.（核心部分完全是魔法 ）發動“交感”魔法失敗後，利用化為派翠西亞血肉的一成奈芙徒斯和被放逐到異世界的九成奈芙徒斯建立的聯繫，成功發動“交感”魔法，製作出空間扭曲隧道 ，將上里翔流帶回到這個世界。
12月11日，協助土御門元春帶著舞夏和府蘭打算逃出學園都市，但在翻越學園都市的圍牆時，舞夏中了亞雷斯塔親自下的詛咒。於是，上條、土御門等人為了找出解咒的方法，從上里破壞的火箭推進器後產生的大洞進入“沒有窗戶的大樓”調查 。在違逆主人的“問答型思考輔助式人工智慧”米娜·馬瑟斯的幫助下，免遭愛華斯殺害。藉助土御門、府蘭等人打破了亞雷斯塔·克勞利的完整性 ，愛華斯身上混入了雜質而消失，上條打倒了亞雷斯塔。
但是，統括理事長亞雷斯塔遭把蘿拉·史都華作靈媒的惡魔克倫佐的暗算，分化出無數個個體。其中出現在他面前的個體是個銀髮少女。因為放著這個膽大妄為的魔法師不管又會讓人害怕，所以跟著化為美少女的亞雷斯塔一起行動。
