職責
根據《中華人民共和國內河交通安全管理條例》、《中華人民共和國船舶檢驗和海上設施檢驗條例》、《中華人民共和國航道管理條例》、《上海市水路運輸管理條例》、《中華人民共和國港口法》的授權，行使內河安全監督管理、內河航道管理、船員證書證件管理、水路運輸管理及船舶檢驗管理職能。
機構配置
內設機構及在職人數
航務所內設7個科（室、隊）和6個管理站。7個科（室、隊）分別是：海事科、船證科、運港科、船檢科、財務科、辦公室和稽查隊；6個管理站分別是：奚家港、堡鎮、新河老滧、新建和長興。管理站下設10個簽證點，分別是：南八滧、南六滧、南四滧、東平、張網港、老滧、鴿龍、廟港、界河和橫沙。
編制職數86個，在職人員59名，班子成員3名。黨員39名。
主辦項目
水上運輸企業、水路運輸服務企業和內河水上水下施工作業許可，內河岸線安全許可，修建或設定沿跨內河航道建設項目方案的審查及審批。
聯繫地址
地址：東門路147號
內設機構
一、辦公室
負責來文收發及傳閱、公文制發、文秘、機要保密、政務信息公開、網站管理、文書檔案管理、會務安排、業務接待、外部聯繫、內部協調、機關資產管理、後勤保障（門衛、食堂、車輛等）、信訪、交通戰備、雙擁、應急管理等職責，牽頭辦理兩會意見、提案和處理行政複議、訴訟。
二、組織人事科
負責基層黨組織建設、黨員教育、管理和發展、領導班子和幹部隊伍建設、幹部任用、老幹部工作、人事檔案管理、人員招聘、職稱聘任、考核獎懲、工資福利、法制宣傳、經費預算、財務管理、審計監督等職責，協助處理轉制遺留問題和社會穩定工作
三、港航管理科
負責水路交通規劃包括水路運輸專項規劃的編制和實施、水路運輸（服務）企業和內河港口企業經營許可受理和核報、水路運輸市場行業監管、綜合治理、依法行政、局系統和行業安全（包括防台防汛）監管等職責，承辦水上交通“兩會”意見和提案。
四、陸運管理科
負責陸上交通規劃包括交通樞紐及場站亭和客貨運輸專項規劃的編制和實施、陸上客貨運輸市場行業管理和協調、公交和出租發展及調整計畫、協助行業安全監管等職責，牽頭負責春運工作，承辦陸上交通“兩會”意見和提案。
