職能科室
婦女保健科
婦女保健科承擔廣西壯族自治區崇左市婦女保健技術指導和孕產婦死亡、出生缺陷監測工作，主管全市孕產婦系統管理工作，為完成“兩綱”目標給政府決策做好參謀。同時具體負責市區範圍內的婦幼保健具體工作，開展婚前保健、孕前保健、孕期保健、產後保健、新婚學校、孕婦學校、婦女病普查普治、高危孕產婦篩查和婦女五期保健以及婦女群體健康保健等服務項目。
兒童保健科
兒童保健科承擔全市兒童保健技術指導、5歲以下兒童死亡監測等工作，為完成“兩綱”目標給政府決策做好參謀。並具體負責崇左市區範圍內兒童的保健、托幼機構管理等工作，開展了兒童綜合健康體檢、兒童生長發育監測、營養評價、聽力篩查、口腔保健、嬰兒泳療、嬰兒撫觸、鉛中毒的防治、托幼機構兒童保健、兒童心理諮詢等服務項目。
出生證明簽發室
出生證明簽發室負責掌管崇左市的出生人口資料，每天及時準確的完成出生醫學證明發放管理工作。
信息科
信息科負責全市婦幼衛生信息統計、整理分析以及信息的上報工作，建立起了全市信息網路平台，實現全市婦幼衛生信息的科學、快速收集和上報。
臨床科室
婦產科
婦產科是崇左市婦幼保健院重點科室，是集婦科、產科和計畫生育為一體的綜合性臨床科室。醫護人員均為女性，是一支技術精湛，充滿愛心，作風踏實，團結奮進的團隊，被廣西自治區婦聯授予“巾幗文明示範崗”榮譽稱號。
全科醫務人員本著做“維護母嬰安全的衛士”這一主題出發，關愛著母嬰健康。病房設有母嬰同室區和婦科病區，環境幽雅、寬敞明亮、舒適。所有的醫護人員全部經過廣西壯族自治區級進修學習，有多年的臨床工作經驗，技術水平高，設備先進，配置有多參數心電監護儀、遠紅外線輻射搶救台、胎心監護儀、數碼電子陰道鏡、電腦微波治療儀、多功能電腦治療儀等設備。
婦科開展了新式剖宮產術、宮外孕、卵巢囊腫、子宮全切等多種手術、無痛人流術、生殖道腫瘤、子宮內膜異位症、婦科惡性腫瘤等疾病的手術治療，以及不孕症診治、性激素缺乏的補充療法等，並重點推廣了微創、疼痛少、恢復快的陰式子宮全切除術和腹腔鏡手術。
產科實行“一對一”陪伴分娩、無痛分娩、新生兒泳療、新生兒撫觸等系列服務，為孕產婦提供溫馨、優雅的病房，讓每一位來崇左市婦幼保健院分娩的產婦都享受到優質的服務。
兒科
兒科也是崇左市婦幼保健院重點科室，科內醫師及護士大都經過省級多次進修學習，並且從事兒科臨床工作多年，具備了較高的專業技術和職業道德素質，組成了一支老、中、青各年齡層次合理搭配、技術精湛的醫生隊伍。能出色完成兒科各系統疾病的常規診療和對危急重症的緊急救護，以雄厚的技術實力，良好的醫療服務贏得周邊民眾一致好評。
兒科以新生兒業務為特色和重點，率先在崇左市建立了高規格、高標準的新生兒病房。曾成功地救治了多例1200—1500克的早產極低出生體重兒，能熟練掌握並套用了全靜脈營養療法及微量胃腸道餵養，並對重症監護室（NICU）的新生兒實行了24小時心電監護、呼吸、血壓及血氧飽和度監測，對呼吸衰竭患兒進行呼吸機管理。我們對新生兒顱內出血及缺氧缺血性腦病的早期診斷治療和後期腦康復治療也積累了豐富的臨床經驗，並開展了高壓氧療，促進患兒康復，減少後遺症的發生。對新生兒高膽紅素血症除常用的光療、藥物退黃等治療外，還得到了廣西區婦幼保健院新生兒科的大力支持和協作，率先在我市開展換血療法。兒科方面以腹瀉的液體療法、哮喘的吸入療法和肺炎心衰的治療為特色。
崇左市婦幼保健院擁有德國進口兒童、新生兒專用呼吸機，飛利浦多功能監護儀、新生兒遠紅外線輻射台、新生兒多功能培養箱、新生兒黃疸治療儀、雙道微量輸液泵、經皮膽紅素測定儀、高壓氧艙、進口哮喘專用空氣壓縮泵等。
醫技科
醫技科是崇左市婦幼保健院重點輔助科室，診療設備先進齊全。下設檢驗科、B超心電圖室、放射室、藥劑科，擁有血球分析儀、生化分析儀、電解質分析儀、血凝儀、血紅蛋白測試儀、尿液分析儀、TCT製片機、酶標儀、高檔奧林巴斯雙目顯微鏡、全進口彩色B超機、黑白B超機、單導及多導心電圖機、X光機等一批先進儀器設備，為臨床提供準確及時的檢驗數據，為臨床診斷提供可靠依據。
特色服務
崇左市婦幼保健院本著以保健為中心，以保障生殖健康為目的，實行保健與臨床相結合，面向民眾，面向基層和預防為主的婦幼衛生工作方針，不斷深入開展“以病人為中心，提高醫療服務質量”為主題的醫院管理年活動，不斷強化服務質量，以人為本，把病人滿意作為工作的標準。門診服務台指導患者就診，為患者排憂解難，對危重無助患者實行全程導診，免費為患者測量血壓；設定生命綠色通道，免費接送孕產婦，實行24小時應診；設定惠民病房減免部分醫療費用，給住院病人免費發放餐票，切實減輕患者負擔；殘疾人、孕婦、現役軍人、70歲以上病患者優先安排就診、檢查，提供24小時連續服務。
歷史沿革
崇左市婦幼保健院前身是建於1956年的崇左縣婦幼保健所，1995年4月更名為崇左縣婦幼保健院，同年獲愛嬰醫院稱號，1999年獲國家一級甲等醫院稱號，2004年初與原南寧地區婦幼保健院合併成立了崇左市婦幼保健院。
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