禹城市歷史上是一個生態環境嚴重退化，遭受旱、澇、鹼、沙嚴重危害，農業生產水平低下的地區。禹城農業綜合治理試驗區具有較長的發展歷史，中國科學院地理研究所一直主持和參加了禹城試區的研究與開發工作。
1965年，根據國務院有關華北抗旱的指示精神，中國科學院地理研究所與山東省有關科研、教學單位一起，開展了《德州專署旱澇鹼綜合治理規劃》研究，編寫了規劃報告和資料彙編，為禹城試驗區的選點與建設提供了科學依據。
1966年初，遵照周恩來總理的指示，國家科委和中國科學院與山東省有關部門緊密合作，創建了《禹城旱澇鹼綜合治理實驗區》，面積14萬畝。這是我國最早建立的以區域綜合治理為目標的大型綜合試驗區之一。
1979年，承擔了國家科委下達的《禹城試區鹽鹼地綜合治理中間試驗》和《鹽鹼地綜合開發技術體系區域試驗》。在山東省科委的組織實施下，中國科學院、中國農業科學院、山東農業大學、山東省林科所和山東省海河指揮部等參加了該項研究，其成果達國內先進水平。
為了揭示黃淮海平原旱澇鹼的發生規律和水鹽運動、能量轉換等科學問題，在黃秉維先生髮展實驗地理學，開展地球表層能量物質運移過程的定位試驗研究的學術思想指導下，1979年中國科學院地理研究所創建禹城試驗站，1983年中國科學院辦公會議批准正式建立中國科學院禹城綜合試驗站，為我國實驗地理學的發展做出了貢獻。
1987年，禹城試驗站通過中國科學院的評定，批准為首批對外開放試驗站。1992年又成為“中國生態研究網路”的農業生態試驗站。1994年應邀加入聯合國環境總署陸地系統監測站網GTOS (Global Terrestrial Observation System)，是當時我國加入該站網的2個野外試驗站之一。1999年成為國家重點野外試驗站的9個試點站之一。通過建設、研究、發展，禹城試驗站已成為我國在農田生態系統水平衡、水循環以及能量輸送、轉換試驗研究，農田生態環境綜合治理和農業生態系統管理試驗示範方面具有優勢地位的綜合研究試驗站，成為我國地理科學發展的一個重要試驗研究和試驗示範基地。
