小熊貓曾被歸入熊科Ursidae、浣熊科Procyonidae、獨立一科,以及與大熊貓同屬一科。形態學、生化和分子證據顯示紅熊貓更接近於由臭鼬mephltids和浣熊procyonids組成的類群(Decker and Wozencraft 1991;Flynn et a1.2000)。與大熊貓的相似性主要體現在食性的近似。浣熊類所共有的至少6個明確的特徵,小熊貓都不具備(Decker and Wozencraft 1991)。分子研究強有力地支持鼬類支系(musteloid)應當包括小熊貓屬A//urus、臭鼬科Mephitidae、鼬科Mustelidae和浣熊科Procyonidae(Flynn et a1.2000)。基於以上原因,小熊貓應單獨作為一個科,並與大熊貓分開。
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