內設機構
辦公室
承擔機關文電、機要、信息、會務、檔案、督辦、信訪、保密、保衛和政務公開等工作；擬訂有關工作制度；組織起草和審核重要文稿；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布工作；承辦內部網站運行與維護等工作；承辦稅收理論及內部研究性資料的采編管理工作；承擔本級的後勤服務、實物資產管理、基建等其他行政事務。稅政法規科
承擔地方稅種及基金、費的稅政業務和徵收管理工作；按照稅收管理許可權，貫徹落實各稅種徵收管理辦法，處理執行稅收政策中的有關事項；擬訂依法行政、依法治稅工作方案並組織實施；負責對地方稅收執法情況的監督檢查；承辦稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟、行政處罰聽證和行政複議。規劃財務科
承擔編制本地區地稅收入中長期規劃，編制、分配年度稅收、基金（費）計畫；組織開展稅收收入分析預測和重點稅源監控；承擔稅收會計、統計和票證管理工作；負責稅款繳、退庫工作；承擔本地區財務、經費、著裝和資產的賬務管理工作。征管和科技發展科
組織落實綜合性稅收征管法律、法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；組織協調綜合治稅工作；指導稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣套用等工作；統籌協調稅收狀況監控分析，承辦征管質量考核工作；組織、指導、協調納稅評估和日常檢查工作；組織實施大企業的稅收管理；擬訂並實施稅收管理信息化建設的方案。數據管理科
牽頭制定稅收數據管理辦法；承擔數據質量管理，涉稅數據信息的採集、加工、分析、提供、推送等工作。承擔對涉稅信息套用狀況的測評和跟蹤反饋工作。提供計算機硬體設備、網路、系統軟體及工具軟體等技術基礎設施的運行維護管理；承擔信息安全管理與實施。負責稅收風險評估等工作。 （六）人事教育科管理幹部人事、勞動工資、機構編制工作；負責出國（境）人員的審查、報批工作；負責離退休人員的服務、管理工作；負責思想政治工作和精神文明建設；負責幹部學歷教育和教育培訓工作；負責系統內先進集體、先進個人的評選表彰和基層建設等工作。 另按有關檔案規定設定紀檢監察機構和機關黨的機構，均為正股級建制。
基層行政機構
（一）直屬行政機構揚州市寶應縣地方稅務局稽查局：
負責擬定稅務稽查具體辦法並組織實施；監督和檢查全縣征管對象（除由上級稽查局負責監督檢查對象外）以及上級主管部門指定和交辦對象執行地方稅收政策、法規及制度情況；查處稅務違法案件；組織落實涉及地方稅收的各種專項檢查工作；辦理有關人民來信、來訪舉報的稅務案件；協調公安、檢察、審判等機關處理稅務稽查有關工作。內設三個股室（副股級建制），綜合審理股（舉報中心）、執行股、檢查股。
（二）派出機構
揚州市寶應縣地方稅務局設定6個派出機構。
1、揚州市寶應地方稅務局第一稅務分局（徵收稅務分局、納稅服務局）組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務體系建設；擬訂並組織實施面向納稅人的納稅服務工作規範和操作流程；管理納稅服務平台；組織實施面向納稅人的稅法宣傳、輔導諮詢、辦稅服務、權益保護和稅收法律救濟（不含行政複議和行政訴訟）等工作；組織實施納稅信用體系建設；受理納稅人有關納稅服務的投訴，指導稅收爭議的調解；承擔稅款、基金（費）的徵收工作；承擔稅務登記、納稅申報、涉稅審批、發票購銷等涉稅事項的受理和辦理工作。內設三個股室（副股級建制），綜合業務股、宣傳諮詢股、辦稅服務股。 城區設一個辦稅服務廳，其它辦稅服務點是辦稅服務股的延伸，由辦稅服務股統一管理。
2、揚州市寶應地方稅務局第二稅務分局
承擔風險歸集、風險識別、風險等級排序、風險推送、風險應對結果評價等職能，參與風險指標和風險識別模型的建設和維護。內設綜合管理股、風險識別股、風險推送股。
3、揚州市寶應地方稅務局第三稅務分局
承擔全縣範圍內上年度納稅額在1000萬元以上的企業，全縣範圍內的總局、省局定點聯繫企業，以及寶應城區、開發區、安宜鎮、望直港鎮、山陽鎮、涇河鎮範圍內房地產、建築安裝、金融保險、郵電通訊等行業所有企業納稅人的稅源監控和管理工作。承擔納稅服務局和風險監控機構推送的有關涉稅事項的調查、確認和處理以及中等風險任務應對工作。內設綜合管理股、基礎管理股、風險應對股。
4、揚州市寶應地方稅務局第四稅務分局
承擔寶應城區、開發區、安宜鎮、望直港鎮、山陽鎮、涇河鎮範圍內除劃入重點稅源管理分局以外的所有納稅人的稅源監控和管理工作。承擔納稅服務局和風險監控機構推送的有關涉稅事項的調查、確認和處理以及中等風險任務應對工作。內設綜合管理股、基礎管理股、風險應對股。
5、揚州市寶應地方稅務局第五稅務分局
承擔范水鎮、小官莊鎮、柳堡鎮、夏集鎮行政區劃範圍內除劃入重點稅源管理分局以外的所有納稅人的稅源監控和管理工作。承擔納稅服務局和風險監控機構推送的有關涉稅事項的調查、確認和處理以及中等風險任務應對工作。內設綜合管理股、基礎管理股、風險應對股。
6、揚州市寶應地方稅務局第六稅務分局
承擔射陽湖鎮、廣洋湖鎮、魯垛鎮、曹甸鎮、西安豐鎮、黃塍鎮行政區劃範圍內除劃入重點稅源管理分局以外的所有納稅人的稅源監控和管理工作。承擔納稅服務局和風險監控機構推送的有關涉稅事項的調查、確認和處理以及中等風險任務應對工作。內設綜合管理股、基礎管理股、風險應對股
