局機關內設辦公室、組織人事科、紀委監察室、財務科、政務中心、監管中心、行業管理科、規劃建設科、船舶檢驗科（船檢辦事處）9個科室。下轄埇橋區、靈璧縣、泗縣三個地方海事（港航管理）處（水上交通綜合執法大隊）、安徽省澮河前樓水上交通安全檢查站和蘄縣、蘄東和泗縣山頭三個海事（港航管理）所（水上交通綜合執法中隊），管理符離集、沱引河兩座船閘。
全市現有七級以上航道里程176.23公里，其中五級及以上航道142.41公里，水運企業18家，新汴河和澮河沿線共設有4個港區，已建有碼頭泊位50個，年吞吐能力270多萬噸。
安徽省宿州市地方海事（港航管理）局努力實踐科學發展觀，以弘揚和諧海事為主旋律，踐行“三個服務”，為水上安全提供保障，為行業發展提供服務，為宿州經濟發展當好先行，為創發展中的強局而拼搏。
