姬矢準篇
孤門一輝在還沒有成為夜襲隊隊員時只是一名普通的營救人員。
孤門一輝當收到了TLT管理官松永要一郎的邀請去TLT的基地時，他遇上了異生獸襲擊，幸得奈克瑟斯·奧特曼相救，這便是孤門與奈克瑟斯的初次邂逅。當孤門正式上陣的時候，再次遇上奈克瑟斯，但西條風副隊長卻認為他是異生獸，對他展開了攻擊，且亦得到預知者優的認同，孤門對於此舉大感不解，對工作感到迷失。
隨後，異生獸們竟學會了進化，變得相當巨大，奈克瑟斯便變成成年形態，並展開亞空間「美塔領域」進行戰鬥，這個空間就連夜襲隊的鉻金切斯特戰機也不能進入。就在世人一無所知的情況下，奈克瑟斯把異生獸消滅。在一次戰鬥中，奈克瑟斯腿部受傷，變回姬矢準後更受到西條及孤門的追捕，孤門見姬矢傷勢便知道他是奈克瑟斯。這時姬矢只好召喚適能者專用的飛行物體逃走，孤門在觸碰飛行物體時感到了姬矢準的過去充滿悲傷。
孤門一輝
孤門和莉子當孤門和莉子相處很好的時候。這時黑暗的力量向他發出警告，那時的孤門並不知道莉子和他認識的當天晚上就已經被梅菲斯特殺死並做成了人偶，並且被賦予了浮士德的力量，而在之後，莉子一直潛伏在孤門身邊，最終莉子為了保護孤門而為其擋下一擊，失去了浮士德力量的支持，莉子真正的死去。孤門悲痛欲絕，後來又被溝呂木真也一步步的拉向黑暗，最終被姬矢準所阻止。
黑暗梅菲斯特與奈克瑟斯經常交戰，雙方實力不相上下。後來姬矢準悲傷的回憶和恐懼竟再次被喚起，開始陷入苦戰。且經過多番的戰鬥下，姬矢準的身體已破損不堪，加上其隨後被TLT捉拿進行實驗，身體情況更是雪上加霜。
孤門一輝此時黑暗梅菲斯特派出異生獸庫土拉引誘奈克瑟斯到終焉之地決戰。被奈克瑟斯多次營救的夜襲隊也終於對奈克瑟斯認同，更利用鉻金切斯特戰機的終極射線喚醒暈倒的奈克瑟斯。奈克瑟斯與黑暗梅菲斯特終在火光中雙雙消失。在光芒之中孤門見到姬矢準，他便預言光會被某人繼承。
千樹憐篇
消失後，異生獸依然繼續出現，這時一個藍色的奈克瑟斯奧特曼站立於眾人眼前。 戰鬥過後，孤門在附近一帶搜查時，發現一個可疑的少年，於是便跟蹤他。從傷勢上，孤門可以肯定這少年便是適能者。孤門道明來意後，與少年千樹憐成為了好友，並承諾會保守秘密。
千樹憐TLT亦對千樹憐起了疑心，派出MP的野野宮瑞生跟蹤憐。不過瑞生不但跟蹤失敗，還與憐成為了朋友，甚至開始愛上了他。 在孤門和瑞生追查下，發現憐與一個名為「普羅米修斯之子計畫」有關。在說明者的說明下得知這是一個優質因子嬰兒的培育計畫，憐是從美國逃出來的。
孤門一輝作為「普羅米修斯之子計畫」的失敗作，憐的身體日漸衰弱，但這次的異生獸卻有展開領域的能力，使奈克瑟斯不能展開「美塔領域」，迫於無奈在現實世界作戰。梅格福拉什及伽魯貝洛斯都被打敗後，「未知之手」只好利用過去所有異生獸合成最強異生獸依組麥魯，憐亦只好冒死出戰。奈克瑟斯一直陷於苦戰，在危急關頭下，幸好得到預知者鼓勵，令奈克瑟斯再次站起來並打敗依組麥魯。事後憐已疲倦得倒下，幸好補完藥物「拉斐爾」及時完成，憐才得以續命。
孤門一輝篇
諾亞奧特曼人間體孤門一輝憐之後，下一個適能者竟是西條風副隊長，同時石堀隊員亦露出了真面目。原來石堀隊員正是黑暗扎基，而殺死西條的父母、溝呂木變成黑暗梅菲斯特都是他一手安排，目的是令西條心中充滿仇恨。當西條變成奈克瑟斯時，立即被忘川侵蝕，黑暗扎基因此復活，而且因為西條心中充滿仇恨變得更強。
孤門奮不顧身地進入忘川救回西條，而光之紐帶亦於同時降臨到了孤門身上。孤門聯想起姬矢和憐的變身，大喊一聲奈克瑟斯便立即變身。不過孤門仍不是扎基的對手，完全被對手牽制著。
諾亞奧特曼這時姬矢、憐突然出現於孤門的腦海中，奈克瑟斯立即變成了成年形態反擊，之後孤門又變成了藍色成年形態戰鬥，就在那時，人們突然想起當年的新宿事件，他們都紛紛為奈克瑟斯打氣。在人們的鼓勵下，孤門終於解放出「究極之力」的力量，變成了諾亞奧特曼。因孤門的力量，諾亞的實力提前達到頂端，輕易把扎基轟到太空，更以諾亞·閃電把扎基消滅。 事後雖然異生獸仍繼續出現，但是TLT已把災害降至最低，並且放棄替目擊者洗腦的做法，每人都懷著希望為明天而戰。
孤門一輝NEXUS，那是不斷的被繼承的光之紐帶。
