奧托1848年4月27日生於慕尼黑。1886年長兄路德維希二世去世後繼承王位。他雖然名義上是巴伐利亞的國王,但他從未能真正統治他的國家,甚至有可能他都不能意識到自己是個國王。奧托患有嚴重的精神疾病,並於1875年被宣布為精神錯亂。他的一生都在接受藥物治療。奧托登基開始一直都由叔父柳特波德親王攝政,直到柳特波德去世,其子路德維希成為下一任攝政王。
1913年12月,攝政王路德維希通過修憲為自己戴上了巴伐利亞的王冠,成為國王路德維希三世。奧托被廢黜,但仍保留國王的頭銜。奧托於1916年10月11日在菲斯滕里德去世,終年68歲。葬於慕尼黑聖米迦勒大教堂。