其測定方法如下：
天然異交是與人工雜交相對而言的，是指同作物不同品種間的自然雜交。天然異交率的測定方法：通常是選擇受一對基因控制的相對性狀作為遺傳測定的標記性狀。以具有隱性性狀的品種為母本，將父、母本等距、等量隔行種植，任其自由傳粉結實，然後將母本植株上收穫的種子播種，進行後代苗期性狀的測定。如果測定的性狀為種子性狀，表現花粉直感，則當代母本植株上收穫的種子(已是F1代)可直接進行測定。計算出F1中顯性個體出現的比率，就是該品種的天然異交率。
天然異交率=（ F1中顯性性狀個體數/ F1總個體數）×100%
也有人把上述結果乘以2，作為實際的天然異交率。這是因為同品種的植株間，也有同樣的天然異交機會，只是由於性狀相同而不能測定出來而已。
很多因素會影響天然異交率，如株行距大小、種植方向、風向和風力、溫度和濕度、降雨以及傳粉昆蟲的數量等。作物本身品種間的差異，如開花期、開花習性、雜交親和性等，對授粉也有影響。因此，要在不同年份、地區、不同品種重複測定，才能獲得作物異交率的真實情況。
