日軍侵台總督安東貞美聞訊,十分惱怒,即令台南守備隊攜山炮等武器馳援。義軍武器既少又陳舊,終於頂不住敵人的猛烈攻勢,只得突圍退至四社寮。
余清芳與江定戰敗後,率11名忠貞志士,經土潭、大竹坑、流藤頂轉移到二會林坪。8月22日,余清芳等人正在蓬萊莊用膳,因保正陳瑞盛、邱通芳告密,1900義軍被捕,堅持近三個月的起義被鎮壓下去。接著日寇將竹圍、香竹厝、內莊、茶寮等百餘莊的3000多無辜民眾殘殺於噍吧年山谷之中。據當時目擊者追述:這些台灣人民以“一百人為一次被屠殺集團,依次屠殺,除婦女外,男子不分少壯老幼,皆就縛俯臥,由特選精壯之日兵約30人手執鋒銳長刀,肆情揮舞,競相斬殺。事後還將頭顱用大車運赴台南檢驗“點收”。造成噍吧年一帶30年內無男丁的慘狀,戶籍一空。