由來
中國福建南部的泉州約於1350年代開埠，成為當時中國對外主要港口之一。當時不但信奉伊斯蘭教的元朝將其穆斯林思想傳入該地，更有遠來自阿拉伯經商商人的將其宗教宣揚引進，因此有不少漢人皈依伊斯蘭，成為穆斯林。1368年，蒙古人建立的元朝勢力於福建泉州境內消退，但是泉州人仍有一定數目的穆斯林。
1661年，福建漢人鄭成功攻下當時由荷蘭統治的台灣，隨同登入台灣的福建軍民也有不少穆斯林。他們大部分是來自泉州的郭姓漢人，相傳是唐代名將郭子儀後代。以郭氏家族為主的穆斯林漢人，不但於鹿港定居，並建有台灣首座清真寺，不過因為缺乏宣揚該教的依瑪目人才，當地維持伊斯蘭信仰的穆斯林人數並不多。
發展
伊斯蘭教於台灣真正大有進展是1949年國共內戰後，隨著白崇禧與馬步芳等知名伊斯蘭教徒人士來台定居的20,000名穆斯林教眾。這些大都是軍人、公務員、教員的穆斯林，主要居住地點分為台北市與高雄市。另外，1954年也有一批自滇緬邊區游擊部隊撤退來台或自行移民的雲南穆斯林，聚居在台北中和、永和及中壢龍岡等地，以眷區型態維持本身信仰。
1950年代至1960年代，因為20,000多名穆斯林與知名將領白崇禧推動下，本來跡近絕滅台灣伊斯蘭教，有了一定程度的復興。1980年代以前，更因台灣與許多中東國家的政經交往密切，穆斯林人數呈現一定發展，從20,000人增長到50,000人。
1980年代後，因為種種因素，台灣的伊斯蘭教發展開始走下坡，信仰人數並無所增長。2003年的美國國務院報告顯示台灣全境約有53,000人（0.2%）為遜尼派穆斯林。“中央研究院”社會學研究所研究員瞿海源所著《台灣宗教變遷的社會政治分析》一書中則認為現今台灣穆斯林約只剩下兩萬人。而位於台灣的“中國回教協會”秘書長馬忠堯則估計台灣現約只有五千位穆斯林定期參加主麻聚禮的傳統回教禮拜。
2000年代，台灣比較知名的穆斯林為石永貴、馬鎮方、穆閩珠、林忠正、丁守中、劉文雄。其中，以當任“立法委員”的劉文雄參與教務最為積極。
