出版信息
化學信息學（第二版）
作者：李夢龍、文志寧 主編 李益洲、郭延芝、戰玉華 副主編
叢書名：
出版日期：2018年9月
書號：978-7-122-32235-7
開本：16K 787×1092 1/16
裝幀：平
版次：2版1次
頁數：256頁
內容簡介
《化學信息學》（第二版）是“十二五”普通高等教育本科國家級規劃教材、普通高等教育“十一五”國家級規劃教材。本書在第一版的基礎上，著重針對中、外文期刊網路資料庫的檢索過程進行了介紹，並擴充了專利文獻與技術標準資料庫的相關內容。全書主要分為四大部分，共12章，其中第1章概述了化學信息學的產生及特點；第2～8章講述了化學信息的來源，包括紙質版的手冊，書籍，搜尋引擎，目前廣為使用的中、外文期刊文獻資料庫以及專利文獻與技術標準資料庫；第9～11章介紹了化學信息的處理工具（即化學軟體）、處理方法（相關化學計量學算法）以及定量構效關係（QSAR）的原理及套用，並新增了部分例子；在第12章中，對生物信息學領域的研究進行了概述。
《化學信息學》（第二版）可作為高等院校化學、化工及相關專業本科“化學信息學”課程的入門教材，另外，書中提供了大量與化學信息學相關的網址，亦可作為研究生的參考書籍。
目錄
第1章 概述1
1.1什麼是化學信息學1
1.2化學信息學的誕生背景1
1.3信息科學在化學領域的套用2
1.4化學信息採集接口2
1.5化學信息的結構和特點3
1.6化學信息的工作方式4
1.7化學信息學的套用4
1.7.1化合物結構繪製4
1.7.2化學資料庫設計與開發4
1.7.3化學反應體系模擬5
1.7.4計算機輔助波譜解析5
1.7.5化合物結構與活性關係預測5
1.7.6實驗室信息管理系統5
1.8展望5
第2章 化學信息來源7
2.1辭典7
2.2手冊7
2.3化學期刊9
2.3.1綜合類期刊10
2.3.2有機化學期刊10
2.3.3分析化學期刊11
2.3.4無機化學期刊12
2.3.5物理化學期刊12
2.4圖書館資源13
2.4.1生命科學圖書館13
2.4.2中國科學院大連化學物理研究所圖書館13
2.4.3中國科學院國家科學圖書館14
2.4.4國家科技圖書文獻中心16
2.4.5清華大學圖書館17
2.4.6中國國家圖書館18
2.4.7哈佛大學圖書館19
2.4.8史丹福大學圖書館19
2.5化學化工資源信息平台20
2.5.1化學信息網20
2.5.2Computer Aided Chemistry Tutorial21
2.5.3Wilton High School Chemistry22
擴展閱讀：信息22
第3章 信息搜尋引擎23
3.1概述23
3.1.1搜尋引擎的原理23
3.1.2搜尋引擎的歷史及發展趨勢24
3.2搜尋引擎的定義及分類27
3.2.1全文搜尋引擎27
3.2.2目錄索引類搜尋引擎27
3.2.3元搜尋引擎27
3.2.4垂直搜尋引擎28
3.3搜尋引擎查詢方法28
3.3.1模糊查詢28
3.3.2精確查詢29
3.3.3邏輯查詢29
3.3.4查詢範圍限制29
3.4常用的全文搜尋引擎30
3.4.1百度30
3.4.2Google中國31
3.4.3維基百科31
3.5常用的學術搜尋引擎33
3.5.1BASE33
3.5.2SciTech Connect34
3.5.3CiteSeerX35
3.6常用的元搜尋引擎35
3.6.1Dogpile35
3.6.2Excite36
3.6.3Ixquick36
3.6.4Mamma37
3.6.5Metacrawler38
3.6.6ProFusion38
3.6.7Savvysearch39
3.7專業搜尋引擎39
3.7.1專業搜尋引擎的優勢39
3.7.2著名的專業搜尋引擎39
擴展閱讀：百度搜尋技巧41
第4章 文獻檢索概述42
4.1文獻檢索的意義42
4.1.1文獻的定義42
4.1.2信息檢索的含義42
4.1.3文獻檢索的意義42
4.2文獻檢索的基礎知識42
4.2.1邏輯運算符42
4.2.2通配符43
4.2.3位置算符43
4.2.4主要檢索欄位44
4.2.5文獻資源分類45
4.2.6主要文獻類型45
4.3文獻檢索基本流程46
4.4文獻檢索途徑及案例47
4.4.1研究類文獻檢索47
4.4.2數據事實檢索50
第5章 中文學術論文資源資料庫65
5.1中國知網65
5.1.1中國知網概況65
5.1.2中國學術期刊(網路版)65
5.1.3中國學術輯刊全文資料庫65
5.1.4中國博士學位論文全文資料庫67
5.1.5中國優秀碩士學位論文全文資料庫71
5.1.6中國重要會議論文全文資料庫71
5.1.7CNKI國家科技成果資料庫72
5.2萬方數據知識服務平台73
5.2.1萬方數據知識服務平台概況73
5.2.2中國學術期刊資料庫74
5.2.3中國學位論文全文資料庫74
5.2.4中國學術會議文獻資料庫75
5.2.5中文科技報告資料庫76
5.3維普網77
5.3.1維普期刊資源整合服務平台概況77
5.3.2中文科技期刊資料庫77
5.3.3中國科學指標資料庫79
第6章 外文學術論文資源資料庫81
6.1Web of Science81
6.1.1Web of Science概況81
6.1.2Web of Science Core Collection83
6.1.3Derwent Innovations Index91
6.1.4INSPEC93
6.1.5Chinese Science Citation Database93
6.1.6Journal Citation Reports94
6.2美國《化學文摘》94
6.2.1美國化學文摘概況94
6.2.2美國《化學文摘》(網路版)95
6.2.3SciFinder檢索方式及檢索結果95
6.3《工程索引》104
6.3.1Engineering Village概況104
6.3.2Ei Compendex檢索方式及檢索結果105
6.4ScienceDirect109
6.4.1ScienceDirect資料庫簡介109
6.4.2ScienceDirect檢索方式及結果109
6.5Wiley Online Library113
6.5.1Wiley Online Library 資料庫簡介113
6.5.2Wiley Online Library檢索方式及檢索結果114
6.6SpringerLink118
6.6.1SpringerLink資料庫簡介118
6.6.2SpringerLink檢索方式及檢索結果118
6.7其他外文文獻資料庫120
6.7.1Online Computer Library Center120
6.7.2ProQuest 平台121
第7章 專利文獻與技術標準123
7.1專利文獻123
7.1.1專利概述123
7.1.2美國專利文獻概述125
7.1.3中國專利文獻概述128
7.1.4中國專利全文資料庫129
7.1.5萬方中外專利資料庫129
7.1.6SIPO中國及多國專利查詢系統130
7.2技術標準132
7.2.1技術標準概述132
7.2.2國際標準化組織(ISO)簡介132
7.2.3ISO9000族標準及ISO14000族標準簡介132
7.2.4中國標準的分類133
7.2.5國家標準全文資料庫134
7.2.6中國行業標準全文資料庫134
7.2.7中外標準資料庫135
第8章 化學信息資料庫資源136
8.1資料庫簡介136
8.1.1數據136
8.1.2資料庫136
8.1.3資料庫管理系統136
8.1.4資料庫系統(database system)137
8.2資料庫歷史及分類137
8.2.1資料庫歷史137
8.2.2資料庫的模型分類139
8.3三類化學信息資料庫139
8.3.1文獻資料庫139
8.3.2事實資料庫140
8.3.3結構資料庫140
8.4Internet上的化學化工資料庫140
8.4.1Spectral Database for Organic Compounds140
8.4.2NIST Chemistry WebBook141
8.4.3NIST Atomic Spectra Database142
8.4.4Reaxys資料庫143
8.4.5劍橋晶體資料庫144
第9章 化學軟體147
9.1概述147
9.2化學軟體的分類148
9.3語言軟體和依託算法的化學計算軟體149
9.3.1MATLAB149
9.3.2R語言161
9.4繪圖軟體170
9.4.1ChemBioOffice170
9.4.2ACD/ChemSketch5.0171
9.4.3Symyx Draw173
9.5化學分析儀器數據處理軟體174
9.5.1GRAMS174
9.5.2MestReNova177
9.5.3Origin178
9.6分子模擬軟體179
9.6.1分子對接軟體AutoDock179
9.6.2量子化學計算軟體——Gaussian程式180
9.6.3分子動力學模擬軟體182
第10章 信息處理與數據挖掘185
10.1概述185
10.2數據的標準化186
10.3特徵提取與最佳化186
10.3.1主成分分析186
10.3.2偏最小二乘法189
10.3.3逐步回歸分析189
10.3.4遺傳算法191
10.4信號處理方法192
10.4.1協方差與相關係數193
10.4.2自、互相關分析193
10.4.3功率譜密度194
10.4.4傅立葉變換194
10.4.5小波變換195
10.5機器學習方法198
10.5.1K最近鄰法198
10.5.2機率神經網路198
10.5.3分類回歸樹199
10.5.4助推法200
10.5.5人工神經網路201
10.5.6支持向量機204
10.6資料庫挖掘技術206
10.6.1聚類算法206
10.6.2決策樹算法207
10.7Web數據挖掘技術207
10.7.1Web內容挖掘207
10.7.2Web結構挖掘207
10.7.3Web日誌挖掘208
擴展閱讀：化學計量學208
第11章 QSAR及藥物設計209
11.1概述209
11.2QSAR模型的分類210
11.2.1二維定量構效關係(2D-QSAR)210
11.2.2三維定量構效關係(3D-QSAR)212
11.2.3多維定量構效關係214
11.2.4方法評價215
11.3定量構效關係研究中常用的回歸分析法216
11.3.1多元線性回歸216
11.3.2主成分回歸217
11.3.3偏最小二乘回歸217
11.3.4投影尋蹤回歸218
11.3.5非線性方法219
11.4藥物設計219
11.4.1類藥性220
11.4.2脂水分布係數lgP220
11.4.3腦血分配係數220
11.4.4腸穿透性221
11.4.5水溶性221
11.4.6毒性221
11.5精準醫療221
11.6高通量篩選222
11.7QSAR方法的套用示例222
擴展閱讀：定量構效關係226
第12章 生物信息學227
12.1什麼是生物信息學227
12.2生物信息學的發展歷程228
12.3生物信息學的研究內容230
12.3.1生物信息挖掘230
12.3.2藥物設計231
12.3.3基因組學231
12.3.4蛋白質組學232
12.3.5代謝組學234
12.4生物信息學的研究方法235
12.4.1數學統計方法235
12.4.2動態規劃方法235
12.4.3模式識別技術235
12.4.4資料庫技術235
12.4.5分子模型化技術235
12.4.6分子力學和量子力學計算236
12.4.7分子動力學模擬236
12.5生物信息學的套用236
12.6生物信息學的研究趨勢及未來挑戰237
12.7蛋白質功能研究238
12.8蛋白質資料庫簡介239
12.8.1綜合性蛋白質資料庫240
12.8.2專用性蛋白質資料庫241
12.9蛋白質序列的特徵提取方法242
12.9.1基於胺基酸組成和位置的特徵提取方法243
12.9.2基於胺基酸物理化學特性的特徵提取方法244
12.9.3基於資料庫信息挖掘的特徵提取方法245
12.10蛋白質相互作用247
12.11蛋白質網路252
12.11.1蛋白質-蛋白質相互作用網路252
12.11.2胺基酸殘基網路254
擴展閱讀：高通量基因表達檢測技術255
參考文獻256
