劉洪波[哈爾濱醫科大學副教授]

劉洪波，男，博士，副教授。主要研究方向是生物信息學和計算表觀遺傳學。目前的研究工作主要集中於癌症幹細胞的表觀遺傳調控機制。整合高通量的基因組和表觀基因組學數據，基於生物信息學的方法和策略挖掘與癌症發生髮現密切相關的表觀遺傳調控元件，並研究各種調控元件協同調控腫瘤的生成、轉移的分子機制。自2007年從事生物信息學研究至今已累計發表SCI論文22篇，總SCI影響因子118.8。通訊/(並列)第一作者論文11篇，其中有6篇SCI論文發表在影響因子為9.112的國際著名期刊《Nucleic Acids Research》上。目前已主持國家自然科學基金1項，完成省級、校級課題兩項，先後參加國家級、省級課題5項。獲得黑龍江省科學技術學術成果獎一等獎2項，於哈爾濱工業大學攻讀博士期間獲得博士國家獎學金1項。

人物生平

劉洪波，男，哈爾濱醫科大學副教授。於2007年7月在曲阜師範大學數學科學學院信息與計算科學專業獲得學士學位，同年九月進入哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術 學院攻讀碩士學位，主修專業是生物醫學工程（生物信息學方向），師從日本留學歸國的張岩教授從事計算表觀遺傳學的科學研究。2010年7月獲得碩士學位， 被授予“黑龍江省優秀畢業研究生”的光榮稱號，並留校任教，繼續從事計算表觀遺傳學的科學研究。自2012年10份至今於哈爾濱工業大學生命科學學院在吳瓊教授指導下攻讀博士學位，主要研究方向是發育過程中的表觀遺傳調控機制研究。

主要成就

劉洪波致力於表觀遺傳領域的高通量數 據挖掘的算法和軟體開發，可視化網路平台及資料庫構建。主要的研究成果包括差異甲基化區域的篩選、人類組蛋白修飾資料庫的構建、DNA甲基化高通量數據的 分析方法構建、癌症和發育過程中表觀遺傳修飾的動態變化分析等。基於香農信息熵理論，將生物信息學和表觀遺傳學結合，開發了用於篩選多個樣本間差異甲基化 區域的方法QDMR ，該方法在定量甲基化差異、篩選差異甲基化區域、及計算差異甲基化區域的樣本特異性方面都取得了很好的效果，並開發了可視化軟體和網站，該研究成果已經發表在2011年的《Nucleic Acids Research》(SCI影響因子:8.278)上；構建了小鼠發育甲基化資料庫DevMouse等 ，同時還參與了人類組蛋白修飾庫、哺乳動物基因組功能CpG島的預測方法CpG_MI的開發、基於臨近性測度研究組蛋白修飾之間協同調控關係 的研究、通過對表觀遺傳互作網路的整合分析揭示基因調控的表觀遺傳模式、基於特徵挖掘方法識別了乳腺癌相關的新的超甲基化基因等工作，這些工作已經分別發 表在《Nucleic Acids Research》、《Scientific reports》、《 Database 》、《PLoS ONE》、《Molecular Biology Reports》和《Computers in Biology and Medicine》上。

自2007年從事生物信息學研究至今已累計發表SCI論文18篇，總SCI影響因子 85.6，其中有6篇SCI論文發表在影響因子為8.278的國際著名期刊《Nucleic Acids Research》上。自2010年至今已主持完成省級、校級課題兩項，先後參加國家級、省級課題5項，並獲得黑龍江省科學技術學術成果獎一等獎2項。

出版著作

1) Liu H, Zhu R, Lv J, He H, Yang L, Huang Z, Su J, Zhang Y, Yu S, Wu Q*, DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools. Database (Oxford), 2014:bat084, 2014.(SCI收錄, IF 4.5)

2) Liu H, Chen Y, Lv J, Zhu R, Su J, Liu X, Zhang Y*, Wu Q*, Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes. Sci Rep, 3,2576, 2013.(SCI收錄, IF 5.1)

3) Lv J, Liu H, Huang Z, Su J, He H, Xiu Y, Zhang Y, Wu Q*, Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features. Nucleic Acids Res, 41,10044-10061, 2013.(並列一作, SCI收錄, IF 8.3)

4) Zhang Y*, Liu H, Lv J, Xiao X, Zhu J, Liu X, Su J, Li X, Wu Q, Wang F, Cui Y, QDMR, a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy. Nucleic Acids Res, 39,e58, 2011. (並列一作, SCI收錄, IF 8.3)

科研項目

基於高通量組學數據的幹細胞多能性相關DNA甲基化調控元件識別及其功能分析

*劉洪波; 劉曉娟; 李喆; 嚴海丹; 張春龍; 賈珊珊; 黎松

國家自然科學基金委員會, RMB 250,000.00, 2015/1/1 - 2017/12/30.

整合高通量DNA甲基化數據識別疾病相關的生物標記

*劉洪波; 李喆; 丁靜; 黃文杰; 劉傑

黑龍江省教育廳科學技術研究項目, RMB 10,000.00, 2012/1 - 2014/12.