凝膠柱色譜的支持物是多孔凝膠,當不同分子流經凝膠色譜柱時,每個分子不僅是向下移動,而且還在做無定向的擴散運動。分子直徑比凝膠孔徑大的蛋白質分子,不能進入凝膠顆粒的微孔,只能通過凝膠顆粒之間的空隙,這樣的分子是隨溶劑一起移動而分子直徑比凝膠孔徑小的蛋白質分子,能夠自由進人凝膠顆的,故此最先流出柱外。
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