職責調整
（一）將原特區交通局職責、特區建設局（城市管理局）指導和管理城市客運的職責，整合劃入特區交通運輸局。
（二）取消航道養護費、公路運輸管理費、公路客貨運附加費、水路運輸管理費、水路客貨運附加費等五項交通規費徵收管理職責。
（三）加強統籌城鄉交通運輸協調發展職責，優先發展公共運輸，大力發展農村交通，加快推進城鄉交通運輸一體化。
（四）加強綜合運輸體系的規劃協調職責，最佳化交通運輸布局，促進各種運輸方式相互銜接，加快形成便捷、暢通、高效、安全的綜合運輸體系。
主要職責
（一）貫徹執行國家、省、市交通運輸行業發展的方針政策和法律法規；擬定公路、水路、交通運輸業發展規劃、中長期規劃和年度計畫並監督實施；參與擬定物流業發展戰略和規劃，監督實施有關政策和標準；培育和規範物流市場；負責公路、水路交通運輸行業統計和引導交通運輸信息化建設。
（二）承擔道路、水路運輸市場監管責任。監督實施道路、水路運輸相關政策、準入制度、技術標準和運營規範；負責提出區內公路、水路固定資產投資規模、方向和財政性資金的安排建議，接規定許可權審批、核准年度計畫規模內固定資產投資項目。
（三）指導交通運輸業體制改革工作。培育和管理交通運輸市場以及交通建設市場，維護道路、水路交通運輸業的平等競爭秩序；指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作，管理城市客運（城市公共運輸和計程車）；引導交通運輸業最佳化結構和協調發展。
（五）承擔公路、水路建設市場監管責任。負責公路及水路交通基礎設施建設、維護、質量與安全監督和造價管理；組織實施國家重點公路及水路交通工程建設，監督交通基礎設施建設資金的使用；負責交通規費徵收稽查和審計監督工作。
(六)負責重點幹線路網的運行監測、協調和車輛超限超載治理工作；歸口管理公路、水路的收費站（卡）和車輛超限運輸檢測站點的設定申報及收費工作。
（七）承擔水上交通安全監管責任。負責水上交通安全監督、船舶及水上設施檢驗、水上消防、救助打撈、防止船舶污染、航道、港口及岸線管理工作；歸口管理船員培訓考核。
（八）負責汽車維修市場、汽車駕駛學校和駕駛員培訓的行業管理；實施汽車綜合性能檢測行業管理。
（九）推廣交通科技新技術、新產品，實施科技開發，推動行業科技進步、環境保護和節能減排工作。
（十）承辦特區人民政府和市交通運輸局交辦的其他事項。
內設機構
一、辦公室
負責機關文電、會務、機要、信訪、檔案、安全保密、信息、統計、後勤保障、議案建議及提案辦理、綜合性文稿起草和外事等工作；負責局機關及所屬單位的機構編制、人事、目標績效管理、培訓、黨群工作；會同有關部門抓好專業技術職務評聘以及交通行業技術工人等級標準、培訓考核、技術考評工作，；負責專項資金非稅收入、外匯、信貸、利用外資、政府採購初審等有關工作；編報本部門預算、決算，負責機關財務會計制度建設、資金（資產）管理與監督工作；指導交通運輸業會計核算、財務管理工作。
二、安全法規股
負責全區道路、水上交通安全和交通企事業單位的安全生產監督管理工作，擬定行業安全生產、勞動保護規章制度並監督執行；對安全事故進行統計分析，參與重大事故的調查處理；負責交通運輸業行政執法、行政複議、行政應訴、政策宣傳、諮詢、社會治安綜合治理和有關規範性檔案的合法性審核工作；指導交通行業的法制建設工作；負責政務服務工作。
三、交通運輸股
擬定交通運輸行業發展規劃，編制交通運輸中長期發展規劃和年度計畫；參與擬定物流業發展戰略和規劃，監督實施有關政策和標準；監管道路、水路運輸市場；培育和規範物流市場；指導交通運輸業成人教育、職業技術教育和體制改革工作；負責公路、水路交通運輸行業統計和引導交通運輸信息化建設；指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作；引導交通運輸業最佳化結構和協調發展。
四、公路股
監督全區公路、水路交通基礎設施建設市場；監督檢查交通基礎設施建設、養護計畫執行情況；負責全區交通建設項目的行業審查和報批工作；負責交通養護技術、質量、工程技術標準、規範、定額等管理工作；承辦勘測、設計、施工、工程諮詢監理單位的資格審核及管理工作；負責交通工程建設項目的竣工驗收等工作；實施重大交通科技項目攻關、技術引進和開發、科技成果鑑定、推廣套用等工作；指導農村公路建設工作。
五、計畫統計股
負責擬定全區公路和水路建設規劃，擬定公路、水路、道路運輸基礎設施建設年度計畫，完成交通運輸業務統計工作，負責編制公路養護計畫，會同紀檢組承擔工程建設招投標工作，負責審批統計上報工作。
紀檢監察機構特區紀委派駐特區交通運輸局紀檢組。
