歷史沿革
1991年，經中華人民共和國公安部批准，籌建公安邊防部隊廣州指揮學校。
1994年6月28日，組建公安邊防部隊廣州指揮學校。
1995年9月1日，學校開學。
2003年，學校由廣東省公安邊防總隊領導下的副師級編制，提升成公安部邊防管理局直接領導的正師級編制。公安邊防部隊廣州指揮學校是培養大、中專初級指揮警官的學校，是面向全國公安邊防部隊招生，培養基層指揮管理幹部、培訓中、高級領導的具有公安邊防教育特色的大專院校。
1992年3月，公安部批准在新疆公安邊防總隊教導大隊的基礎上成立公安邊防部隊烏魯木齊指揮學校。
1993年之前，組建公安邊防部隊呼和浩特指揮學校。
2009年，中央機構編制委員會辦公室做出《關於公安現役部隊學校整合併核定編制的批覆》，批准在公安邊防部隊廣州指揮學校的基礎上，整合烏魯木齊邊防指揮學校、呼和浩特邊防指揮學校，籌建公安邊防部隊指揮學院，行政編制提升為副軍級。
2010年，公安部做出《關於組建公安邊防部隊指揮學院的批覆》，決定在公安邊防部隊廣州指揮學校基礎上籌建公安邊防部隊指揮學院。
2014年6月，中華人民共和國教育部、中華人民共和國公安部和公安部邊防管理局黨委決定啟動公安邊防部隊高等專科學校申辦工作。
2015年10月17日，公安邊防部隊廣州指揮學校、烏魯木齊指揮學校、呼和浩特指揮學校完成歷史使命，公安邊防部隊高等專科學校在廣州揭牌成立。公安部現役工作辦公室主任牟玉昌在揭牌儀式上宣讀教育部關於同意建立公安邊防部隊高等專科學校的函和學校領導任職命令，公安部邊防管理局政委李樂民、財政部國防司巡視員李軍、廣東省公安廳副廳長郭少波出席揭牌儀式並發表講話。
學校事件
公安邊防部隊高等專科學校2016年6月30日是公安邊防部隊高等專科學校2016屆畢業學員躊躇滿志奔赴基層單位報到的日子。這一天，學有所成的喜悅與依依惜別之情交織在一起，瀰漫著整個校園。
當天上午，學校舉行歡送儀式，歡送2016屆畢業學員踏上軍旅生涯的新征程。現場鑼鼓喧天，氣氛熱烈，全校師生早早來到校門大道兩側，夾道歡送。
現任領導
公安邊防部隊高等專科學校校長：潘清義
政委：蓋金東
