節目板塊
節目用“離台灣最近的大陸視角”觀察兩岸，重點報導“兩岸人關切的兩岸事務;兩岸人關心的兩岸資訊;兩岸人關注的國際新聞”。全新改版後的節目由新聞資訊、新聞速評、真像時刻三個部分組成，另有南台灣新發現板塊和周末特別節目。
新聞資訊
包括大陸、台灣、國際時事等內容，著重在兩岸財經、台商以及陸生等兩岸人民關注的事件。
新聞速評
以“超（播）音速”的語言節奏，短、平、快的評述方式呈現核心觀點，囊括大陸、台灣等各方聲音，力求以獨家觀點，看到新聞背後的新聞。
真像時刻
通過蒐證、評述、舉證等評論方式，追求“證據會說話”，給觀眾一個無限接近的真相。
南台灣新發現
常態化深入台灣南部採訪，資訊量增加1/3以上。閩南出身的記者，使用閩南話採訪將更深入更貼近當地民眾，告訴觀眾一個平常在大陸電視節目中看不到的不一樣的台灣。
每周末，《兩岸新新聞》推出特別節目，攜手台灣中視聯合制播，選取當周兩岸熱點話題，邀請兩岸嘉賓，通過衛星連線的方式，形成觀點的闡述和交鋒。
節目陣容
兩岸新新聞張召忠國防大學教授
蔣昌建復旦大學國際關係與公共事務學院教授
林楚方《壹讀》出品人兼主編
閆肖鋒《新周刊》總主筆
石述思優酷財經《老友記》主持人
劉新宇知名媒體人
羅振宇《決戰商場》、優酷《羅輯思維》主持人
朱學東《中國周刊》總編輯
曹林《中國青年報》評論部副主任
馬勇社科院近代史研究所研究員
許慶亮《南都周刊》執行主編
張斌時事評論員
欄目大事記
2009年11月1日：廈門衛視《海峽報導》改版升級為《兩岸新新聞》時長由原來的30分鐘，延長至50分鐘。
2010年1月：率先提出“兩岸共同新聞”的概念，在兩岸傳媒界創造了第一檔由兩岸媒體共同製作、共同播出新聞的記錄。
2010年4月28日：作為大陸第一個城市媒體，廈門衛視獲準派記者前往到台灣駐點，以大陸媒體人的視野解讀台灣，為兩岸交流架起深度溝通的橋樑。
2010年12月6日：《兩岸新新聞》改版，全年365天帶狀直播。改版後推出“新聞頭條”、“駐點觀察”、“兩岸”、“主播時間”等板塊，並與台灣中視、華視同步采編、同步製作、同步播出。
2012年12月28日：《兩岸新新聞》周末版推出兩岸歷史揭秘類節目——《兩岸那些事》，包括《國共諜戰風雲》《兩岸水鬼傳奇》《兩岸劫機秘辛》《國寶遷徙大揭秘》《故宮遷台秘史》《兩岸文物收藏熱》《海基會的廈門初體驗》《兩岸新聞交流如何破冰起航》，重量級嘉賓海協會副會長張銘清作為特邀嘉賓主持，邀請兩岸當事人、見證者揭秘台灣訓練特務潛入大陸蒐集情報、兩岸水鬼互相摸哨、兩岸劫機、故宮文物大遷徙等往事。大量鏡頭為珍貴的歷史資料以及紀錄片，是大陸觀眾第一次看到的。
2013年5月6日：欄目全新改版再出發，運用高清模式製作，節目包裝和虛擬前景技術成為亮點。在常態節目中，加大新聞、評論等涉台報導，並全新提出“兩岸速評員”概念，構建上星衛視評論員隊伍，以獨家觀點引領兩岸風潮。透過語言樣態、語法體系的改變，實現“速評兩岸深讀中國”的節目定位。
2013年6月：《兩岸新新聞》在大陸率先實現常態化深入台灣南部採訪，推出《南台灣新發現》版塊，閩南出身的記者、閩南話的採訪更深入更貼近當地民眾，告訴觀眾一個平常在大陸電視節目中看不到的不一樣的台灣。
2014年5月5日調整，立足福建，關注台海，縱覽全球，將繼續“速評兩岸、深讀中國”，致力於“用大陸視角看台灣、用台灣視角看大陸、用兩岸視角看國際、在國際框架中看兩岸”，並大幅增加資訊量，涵蓋時政、民生、財經等各個領域。欄目將緊扣當天兩岸乃至國內外的新聞熱點、焦點，多角度、多方位聚焦解讀，解析台海局勢，縱論國際格局。
