主要職責
1、制訂本旗中、長期衛生事業發展規劃和年度實施計畫，衛生資源配置標準和衛生區域發展規劃，制訂本旗農村初級衛生保健、城鎮社區衛生服務、疾病預防控制、地方病防治、母嬰保健、中蒙醫藥、醫學科技教育等領域的發展規劃和年度計畫，出台相關配套政策，用法律、行政、經濟、政策等手段加強巨觀管理，調控衛生資源配置，實行衛生工作全行業管理。
2、依據有關法律法規和管理制度，對衛生機構、從業人員、醫療技術套用、大型醫療設備等醫療服務要素以及相關的健康產品實行準入制度，保護人民民眾的健康和安全。
3、執行各項衛生法律法規，實行依法行政和衛生行政法制化管理。依法實施各項衛生監督，規範醫療衛生服務行為，加強服務質量監控，打擊非法行醫，整頓醫療秩序以及規範醫療廣告等市場行為。
4、制定和實施本旗衛生資源等衛生經濟政策，確保公共衛生服務和弱勢人群基本醫療服務的供給，提高健康水平；協調落實醫療衛生事業的補助政策、稅收政策和價格政策。
5、定期發布本旗醫療機構服務數量、質量、價格和費用信息，引導病人選擇醫院、醫生，減少醫務人員與患者之間因信息不對稱而帶來的市場缺陷。
6、促進多樣化和競爭，營造和推動醫療服務領域有序、平等競爭環境。
7、加強衛生行業中介組織建設，發揮醫學會、醫院管理學會、醫師協會等中介組織和學術團體的作用，加強行業自律、質量監督和醫療技術管理工作。
8、實行衛生工作檢查、督查、指導制度和重大工作專項推進制度，發揮組織、協調作用，推進整體工作和專項重點工作健康發展。
9、加強衛生系統黨的建設、精神文明建設、思想政治工作，推進黨風廉政建設、作風建設、行業作風建設。
10、承辦旗政府交辦的其他事宜。
職能科室
1、辦公室：
協助局領導處理日常工作，綜合協調機關政務工作，負責會議組織，綜合性材料起草和機關文秘檔案、保密、信息、信訪、普法和綜合治理；負責和聯繫對外交流合作、對口支援；負責新聞宣傳等工作；負責局機關和直屬衛生單位黨務工作的綜合、協調、督察、宣傳等項工作；負責機關車輛管理、公務往來的接待等項工作。研究制定全旗衛生人才發展規劃，並組織實施；負責全旗衛生人員的巨觀管理和衛生專業技術資格考評、認定及聘任工作；負責局機關及直屬單位人事、勞動工資、機構編制、考核、獎懲、任免工作；負責大中專畢業生分配、復員轉業軍人的安置、幹部和專業技術人員及工人的錄用與調配等；負責離退休幹部管理。
2、財會審計股
統籌規劃與協調全旗衛生資源配置，擬定財務管理規章，協調各項衛生經費的利用，負責全旗衛生單位的財務審計和指導衛生單位財務工作，管理機關財務。
3、疾病控制與婦幼保健股
研究擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施。組織對重大傳染病、地方病的綜合防治，發布檢疫傳染病和檢測傳染病情況，組織調度全旗衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制病情、疾病的發生和蔓延，承辦全旗愛國衛生運動委員會辦公室的日常工作。?研究擬定農村牧區衛生服務的發展規劃和服務標準，指導和落實初級衛生保健規劃，研究全旗基層衛生服務體系的改革和建設，制定並指導實施婦幼衛生和提高出生人口素質工作的發展規劃、政策措施和技術標準，監督母嬰保健專項技術的實施。
4、醫政股
研究指導醫療機構改革，擬定醫療機構的發展規劃、管理辦法和服務標準；擬定醫護等專業技術人員職業標準、醫療質量標準、服務規範，並監督實施；監督醫療機構質量和服務質量；依法監督管理血站、血庫采供血及臨床用血質量；組織重大人員傷亡事故的緊急救護工作；負責全旗中蒙醫工作。研究擬定全旗重點醫學科技發展規劃，確定衛生科技優先發展領域；制定基礎研究、套用研究的政策和措施；組織協調重點醫藥領域科研攻關，指導醫學科技成果的推廣、普及、套用工作；擬定醫學教育發展規劃和指導實施，指導全旗醫學專業教育工作。組織醫療事故鑑定等工作。組織協調與旗外組織的醫學領域的交流與合作，組織全旗醫藥衛生團體工作。
5、衛生執法與監督股
貫徹執行國家和自治區有關衛生方面的法律、法規、規範技術標準的監督執行；負責衛生法制建設，做好衛生執法監督和衛生行政複議工作；監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生，組織制定全旗食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
