1958年原江蘇省寶山縣劃歸上海市管轄，建立寶山血吸蟲病防治站，後併入上海市北效區，組建了上海市寶山縣衛生防疫站。1979年由於寶山鋼鐵總廠建設需要，新建了吳淞區，並另建吳淞區衛生防疫站。1988年7月年經國務院批准，原寶山縣和吳淞區“撤二建一”為寶山區，1989年3月二站合併更名為寶山區衛生防疫站。1999年4月經衛生體制改革把原寶山區衛生防疫站衛生監督職能分離出去後建立了寶山區疾病預防控制中心，綜觀本區衛生防病機構的歷史變遷是在歷屆政府重視下，隨著社會進步和衛生事業發展而成長起來 。在區政府、區衛生局領導重視下，信息化建設不斷加強，先後建成了協同辦公系統、中心網站，啟動了網路報表傳遞系統和遠程（移動）辦公系統，開發套用健康質檢管理系統並成功套用流媒體視頻技術開展業務教學服務等，達到了信息資源共享，大大提高了工作效率。2007年5月28日寶山區疾病預防控制中心正式遷入區公共衛生中心新大樓內。區公共衛生中心基建投入1.3億，建築面積17026平方米，疾控中心在主樓的1－2層和3－8層，1－3層為行政和業務用房，建築面積3214平方米，東4－8層市檢驗用房，建築面積3628平方米。中心加大技術能力裝備的建設力度，添置了進口氣相色譜儀和全自動藥敏計數儀等高精密儀器，同時完成了中心實驗室國家認可評審，使寶山區的疾病預防控制能力和水平得到了全面提高 。
寶山區疾病預防控制中心始終堅持“求真務實、開拓創新、科學嚴謹、高效有序”的創建理念，艱苦創業，不斷加強自身建設，提高科學管理水平和業務技術，兩個文明建設取得顯著成就，曾榮獲衛生部“全國衛生先進集體”、“全國計畫免疫先進單位”和國家檔案局“科技事業單位國家二級檔案管理”，以及“上海市優秀基層黨組織標兵單位”、“上海市百佳愛心助老特色基地”、“上海市衛生系統抗擊非典先進集體”等多項市級以上的榮譽稱號，並屢獲“衛生系統五好班子”、“基層領導考核先進單位”和“區級文明單位”等區級集體榮譽稱號，另外在全市業務工作年終考核中已連續12年成績“優秀”。中心實驗室連續多年經市技術監督局的計量認證考評合格，2005年又通過中國實驗室國家認可評審。
區疾控中心堅持科學發展觀，以科學進步為動力，重視科學研究、素質教育與人才培養。單位正在參與或主持的國家或市、區級科研課題10多項，歷年來已獲區級科技進步獲五項。其中《寶山區推廣A肝疫苗接種控制病毒肝炎的研究與效果評價》獲寶山科技進步一等獎。區政府成立以來，確定傳染病和慢性非傳染病的重點項目，加快了衛生技術隊伍人才和能力建設，大力引進、選拔、培養高學歷人才，提高了業務人員的自主創新能力，在國家、市級專業雜誌上撰寫發表的論文超過百篇。寶山區疾控中心已被聘為“同濟大學醫學院預防醫學實習基地”和“遵義醫學院管理學教學基地”。
